SAXSdb — 4uoy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTRESCINE AMINOTRANSFERASE

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–459 链 B； UniProt 1–459 链 C； UniProt 1–459 链 D； UniProt 1–459	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 FMT FORMIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5 15% PEG 3350 0.2 M SODIUM FORMATE 0.1 MM N-DODECYL-N,N-DIMETHYLGLYCINE	分辨率 2.31 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4UOY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4UOX Crystal structure of YgjG in complex with Pyridoxal-5'-phosphate and putrescine 提交 2014-06-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–459（459 aa）链 B 1–459（459 aa）链 C 1–459（459 aa）链 D 1–459（459 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 3 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 15% PEG 3350, 0.2 M SODIUM FORMATE, 0.1 MM N-DODECYL-N,N-DIMETHYLGLYCINE	分辨率 2.08 Å R-free 0.245
5H7D Crystal structure of the YgjG-protein A-Zpa963-calmodulin complex 提交 2016-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 7–453（447 aa）片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267 链 B 7–453（447 aa）片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267 链 C 7–453（447 aa）片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267 链 D 7–453（447 aa）片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267	突变：N222V, G240A 突变：N222V, G240A 突变：N222V, G240A 突变：N222V, G240A	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；0.1M HEPES pH 7.5, 20.7% PEG 300, 99mM calcium chloride	分辨率 2.57 Å R-free 0.241
5H7D Crystal structure of the YgjG-protein A-Zpa963-calmodulin complex 提交 2016-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 I 7–453（447 aa）片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267 链 J 7–453（447 aa）片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267 链 M 7–453（447 aa）片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267 链 N 7–453（447 aa）片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267	突变：N222V, G240A 突变：N222V, G240A 突变：N222V, G240A 突变：N222V, G240A	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；0.1M HEPES pH 7.5, 20.7% PEG 300, 99mM calcium chloride	分辨率 2.57 Å R-free 0.241
5X3F Crystal structure of the YgjG-Protein A-Zpa963-PKA catalytic domain 提交 2017-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 7–453（447 aa）片段：UNP RESIDUES 7-453,220-269	突变：N222V, G240A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；91mM MES pH 5.5, 2.33M Na formate	分辨率 3.38 Å R-free 0.227
8CPL YZw2 a scaffold for cryo-EM of small proteins of interest 提交 2023-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 7–457（451 aa）链 B 7–457（451 aa）链 C 7–457（451 aa）链 D 7–457（451 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16.6% w/v PEG3350, 0.2M NaF and 0.1M Bis-Tris Propane pH 5.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.210
8R2P YZwIdeal x16 a scaffold for cryo-EM of small proteins of interest crystallizing in space group 19 (P 21 21 21) 提交 2023-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 7–457（451 aa）链 B 7–457（451 aa）链 C 7–457（451 aa）链 D 7–457（451 aa）	突变：G487A 突变：G487A 突变：G487A 突变：G487A	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；50% w/v PEG200, 0.2M MgCl2 and 0.1M Sodium Cacodylate buffer pH 6.5	分辨率 2.22 Å R-free 0.230

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAT_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–459； UniProt 1–459 作者链 B； PDB构建体 1–459； UniProt 1–459 作者链 C； PDB构建体 1–459； UniProt 1–459 作者链 D； PDB构建体 1–459； UniProt 1–459

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4uoy
沉积日期 deposition_date	2014-06-11
结构标题 title	Crystal structure of YgjG in complex with Pyridoxal-5'-phosphate
关键词 keywords	TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.22 Å
零角强度 I(0) i0	560125000.00
分子量 molecular_weight	196740.0 kDa
排除体积 excluded_volume	247350 Å³
包络体积 envelope_volume	291580 Å³
水化壳体积 shell_volume	61832 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.2 Å
壳层 Rg shell_rg	45.71 Å
包络 Rg envelope_rg	38.14 Å
形状 Rg shape_rg	38.20 Å
总 Rg total_rg	38.68 Å
总原子数 total_atoms	13807
残基数 n_residues	1810
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.6 Å
Rg (实空间) rg_real	38.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	560200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9037
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.233
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.716
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	194700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.931

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PUTRESCINE AMINOTRANSFERASE
分子量 formula_weight	50785.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.6.1.82
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14158

MNRLPSSASALACSAHALNLIEKRTLDHEEMKALNREVIEYFKEHVNPGFLEYRKSVTAGGDYGAVEWQAGSLNTLVDTQGQEFIDCLGGFGIFNVGHRNPVVVSAVQNQLAKQPLHSQELLDPLRAMLAKTLAALTPGKLKYSFFCNSGTESVEAALKLAKAYQSPRGKFTFIATSGAFHGKSLGALSATAKSTFRKPFMPLLPGFRHVPFGNIEAMRTALNECKKTGDDVAAVILEPIQGEGGVILPPPGYLTAVRKLCDEFGALMILDEVQTGMGRTGKMFACEHENVQPDILCLAKALGGGVMPIGATIATEEVFSVLFDNPFLHTTTFGGNPLACAAALATINVLLEQNLPAQAEQKGDMLLDGFRQLAREYPDLVQEARGKGMLMAIEFVDNEIGYNFASEMFRQRVLVAGTLNNAKTIRIEPPLTLTIEQCELVIKAARKALAAMRVSVEEALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	351

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	4uoyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	4uoyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	4uoyB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	4uoyC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	4uoyD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	120.945 Å
晶胞边长 b length_b	129.319 Å
晶胞边长 c length_c	131.102 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

分辨率 resolution	2.305 Å
最低分辨率 resolution_low	29.746 Å
R 因子 r_factor	0.1818
R_work r_work	0.1806
R_free r_free	0.2334

fit	/app/data/saxs_computation/uo/4uoy/4uoy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uo/4uoy/4uoy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uo/4uoy/4uoy.dat

Crystal structure of YgjG in complex with Pyridoxal-5'-phosphate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTRESCINE AMINOTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction