SAXSdb — 4v5i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN

LACTOCOCCUS PHAGE P2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 27	ORF16 × 3 ORF15 × 6 CALCIUM ION × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 27	ORF16 × 3 ORF15 × 6 CALCIUM ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q1RNF7_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 AA； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AB； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AC； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AD； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AE； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AF； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AG； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AH； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AI； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AJ； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AK； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AL； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AM； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AN； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AO； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AP； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AQ； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 AR； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BA； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BB； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BC； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BD； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BE； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BF； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BG； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BH； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BI； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BJ； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BK； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BL； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BM； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BN； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BO； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BP； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BQ； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264 作者链 BR； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4v5i
沉积日期 deposition_date	2010-02-05
结构标题 title	Structure of the Phage P2 Baseplate in its Activated Conformation with Ca
关键词 keywords	VIRAL PROTEIN, SIPHOVIRIDAE, LACTOCOCCUS LACTIS; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4v5i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4v5i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4v5i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	76.19 Å
Rg（电子密度）	75.54 Å
总 Rg	75.58 Å
原子数	59742
残基数	7638
排除体积	1060700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4v5i__assembly_1__model_1`	27-meric （27）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4v5i__assembly_2__model_1`	27-meric （27）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ORF16
分子量 formula_weight	42542.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A0,AY,AZ,B0,BY,BZ
原子数 atom_count	119484

MLEANVYDNFNPNYYNISDFSMPNGKKEKRGLPIPKARCQVINYELWETGYLYTSSATLTVSVEVGDIVQILFPEVVPIEEALGKKKKLNLDMVYLVTDVDESNKATLKNYFWAMIESLDVPNAITKTTNFAIIDYLIDPNKNNLMSYGYFFNSSIFAGKATINRKAETSSAHDVAKRIFSKVQFQPTTTIQHAPSETDPRNLLFINFASRNWNRKRITTRVDIKQSVTMDTETIVDRSAYNFAVVFVKNKATDDYTDPPKMYIAKNNGDVIDYSTYHGDGTDLPDVRTAKTLFYDRDDHGNPPELSTIKVEISPSTIVTRLIFNQNELLPLYVNDLVDIWYEGKLYSGYIADRVKTEFNDRLIFVESGDKP

来源 Source

来源生物 organism	LACTOCOCCUS PHAGE P2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	254252
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN
分子量 formula_weight	28536.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	36

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,AB,AC,AD,AE,AF,AG,AH,AI,AJ,AK,AL,AM,AN,AO,AP,AQ,AR,BA,BB,BC,BD,BE,BF,BG,BH,BI,BJ,BK,BL,BM,BN,BO,BP,BQ,BR

TIKNFTFFSPNSTEFPVGSNNDGKLYMMLTGMDYRTIRRKDWSSPLNTALNVQYTNTSIIAGGRYFELLNETVALKGDSVNYIHANIDLTQTANPVSLSAETANNSNGVDINNGSGVLKVCFDIVTTSGTGVTSTKPIVQTSTLDSISVNDMTVSGSIDVPVQTLTVEAGNGLQLQLTKKNNDLVIVRFFGSVSNIQKGWNMSGTWVDRPFRPAAVQSLVGHFAGRDTSFHIDINPNGSITWWGANIDKTPIATRGNGSYFIK

来源 Source

来源生物 organism	LACTOCOCCUS PHAGE P2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	254252
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ORF15
分子量 formula_weight	34512.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AS,AT,AU,AV,AW,AX,BS,BT,BU,BV,BW,BX

MVRQYKIHTNLDGTDDKVWDVTNGKVRFYQPSNLGLQSTNNIWQSNGIGVMGTRSITQPQIEFKLETFGESLEENYQLMKDFVNDILSKKFVTLEYQTEIFQVYADLALADVTKTEGYGKNGTFSEKITFDIITKWYTYENLTFDKIQNGKVIAGMSKIYGGTAPGNYKYIKGTSYTYYGESDIDRLSRWDIKEEIFSFMGILYPKLPKTPAGVRFLDDIGNEYTAIVFKTEQVQDYILINTDVNDETYQGWKGTTALNLFPVMDFERYRTRIIEKGQMELINLSKAEFKIKRKADFV

来源 Source

来源生物 organism	LACTOCOCCUS PHAGE P2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	254252
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

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晶胞边长 a length_a	219.521 Å
晶胞边长 b length_b	219.337 Å
晶胞边长 c length_c	392.432 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.464 Å
最低分辨率 resolution_low	44.563 Å
R 因子 r_factor	0.2912
R_work r_work	0.2908
R_free r_free	0.2974

Structure of the Phage P2 Baseplate in its Activated Conformation with Ca

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4v5i__assembly_1__model_1

4v5i__assembly_1__model_1 | I(q)

4v5i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of the Phage P2 Baseplate in its Activated Conformation with Ca

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTATIVE RECEPTOR BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4v5i__assembly_1__model_1

4v5i__assembly_1__model_1 | I(q)

4v5i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)