4v7q

Atomic model of an infectious rotavirus particle

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core scaffold protein

Simian rotavirus A

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 1860 其他聚合物 420	Intermediate capsid protein VP6 × 780 （B2BN53） Outer layer protein VP7 × 780 （C3RX25） Outer capsid protein VP4 × 180 （C3RX20） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 420 ZINC ION × 300 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B3F2X3_9REOV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AA； PDB构建体 1–800； UniProt 88–887 作者链 AB； PDB构建体 1–800； UniProt 88–887

Intermediate capsid protein VP6

Rhesus rotavirus

UniProt B2BN53

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 1860 其他聚合物 420	Core scaffold protein × 120 （B3F2X3） Outer layer protein VP7 × 780 （C3RX25） Outer capsid protein VP4 × 180 （C3RX20） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 420 ZINC ION × 300 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP6_ROTRH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 AC； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 AD； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 AE； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 AF； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 AG； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 AH； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 AI； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 AJ； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 AK； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 AL； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 AM； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 AN； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 AO； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397

Outer layer protein VP7

Simian rotavirus A

UniProt C3RX25

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 1860 其他聚合物 420	Core scaffold protein × 120 （B3F2X3） Intermediate capsid protein VP6 × 780 （B2BN53） Outer capsid protein VP4 × 180 （C3RX20） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 420 ZINC ION × 300 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3RX25_9REOV
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 BA； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326 作者链 BF； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326 作者链 BG； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326 作者链 BH； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326 作者链 BI； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326 作者链 BJ； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326 作者链 BK； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326 作者链 BL； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326 作者链 BM； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326 作者链 BN； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326 作者链 BO； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326 作者链 BP； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326 作者链 BQ； PDB构建体 1–276； UniProt 51–326

Outer capsid protein VP4

Simian rotavirus A

UniProt C3RX20

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 1860 其他聚合物 420	Core scaffold protein × 120 （B3F2X3） Intermediate capsid protein VP6 × 780 （B2BN53） Outer layer protein VP7 × 780 （C3RX25） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 420 ZINC ION × 300 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3RX20_9REOV
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 BX； PDB构建体 1–776； UniProt 1–776 作者链 BY； PDB构建体 1–776； UniProt 1–776 作者链 BZ； PDB构建体 1–776； UniProt 1–776

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4v7q
沉积日期 deposition_date	2010-05-13
结构标题 title	Atomic model of an infectious rotavirus particle
关键词 keywords	;Rotavirus, Triple Layered Particle, Near Atomic Resolution, VP2, VP6, VP4, VP7, Double layered particle, de novo, Infectious, Virus, DLP, ICOSAHEDRAL VIRUS ;; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4v7q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4v7q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4v7q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	331.50 Å
总 Rg	331.30 Å
原子数	5837220
残基数	731880
排除体积	103820000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4v7q__assembly_1__model_1`	1860-meric （1860）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Core scaffold protein
分子量 formula_weight	93190.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,AB
原子数 atom_count	97287

EHQKEVQYEILQKTIPTFEPKESILKKLEDIKPEQVKKQTKLFRIFEPRQLPVYRANGEKELRNRWYWKLKRDTLPDGDYDVREYFLNLYDQVLTEMPDYLLLKDMAVENKNSRDAGKVVDSETAAICDAIFQDEETEGVVRRFIAEMRQRVQADRNVVNYPSILHPIDHAFNEYFLQHQLVEPLNNDIIFNYIPERIRNDVNYILNMDRNLPSTARYIRPNLLQDRLNLHDNFESLWDTITTSNYILARSVVPDLKELVSTEAQIQKMSQDLQLEALTIQSETQFLTGINSQAANDCFKTLIAAMLSQRTMSLDFVTTNYMSLISGMWLLTVVPNDMFIRESLVACQLAIINTIIYPAFGMQRMHYRNGDPQTPFQIAEQQIQNFQVANWLHFVNNNQFRQVVIDGVLNQVLNDNIRNGHVVNQLMEALMQLSRQQFPTMPVDYKRSIQRGILLLSNRLGQLVDLTRLLAYNYETLMACITMNMQHVQTLTTEKLQLTSVTSLCMLIGNATVIPSPQTLFHYYNVNVNFHSNYNERINDAVAIITAANRLNLYQKKMKSIVEDFLKRLQIFDISRVPDDQMYRLRDRLRLLPVEIRRLDIFNLILMNMEQIERASDKIAQGVIIAYRDMQLERDEMYGYVNIARNLDGFQQINLEELMRTGDYAQITNMLLNNQPVALVGALPFITDSSVISLVAKLDATVFAQIVKLRKVDTLKPILYKINSDSNDFYLVANYDWVPTSTTKVYKQIPQQFDFRASMHMLTSNLTFTVYSDLLAFVSADTVEPINAVAFDNMRIMNEL

来源 Source

来源生物 organism	Simian rotavirus A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	444185
宿主生物 host_organism	Chlorocebus sabaeus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Intermediate capsid protein VP6
分子量 formula_weight	44934.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AC,AD,AE,AF,AG,AH,AI,AJ,AK,AL,AM,AN,AO

MDVLYSLSKTLKDARDKIVEGTLYSNVSDLIQQFNQMIITMNGNEFQTGGIGNLPIRNWNFDFGLLGTTLLNLDANYVETARNTIDYFVDFVDNVCMDEMVRESQRNGIAPQSDSLRKLSGIKFKRINFDNSSEYIENWNLQNRRQRTGFTFHKPNIFPYSASFTLNRSQPAHDNLMGTMWLNAGSEIQVAGFDYSCAINAPANIQQFEHIVQLRRVLTTATITLLPDAERFSFPRVINSADGATTWYFNPVILRPNNVEVEFLLNGQIINTYQARFGTIIARNFDTIRLSFQLMRPPNMTPAVAALFPNAQPFEHHATVGLTLRIESAVCESVLADASKTMLANVTSVRQEYAIPVGPVFPPGMNWTDLITNYSPSREDNLQRVFTVASIRSMLVK

来源 Source

来源生物 organism	Rhesus rotavirus
通用名 common_name	RV-A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10969
宿主生物 host_organism	Chlorocebus sabaeus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Outer layer protein VP7
分子量 formula_weight	31232.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BA,BF,BG,BH,BI,BJ,BK,BL,BM,BN,BO,BP,BQ

QNYGINLPITGSMDTAYANSTQEETFLTSTLCLYYPTEAATEINDNSWKDTLSQLFLTKGWPTGSVYFKEYTDIASFSVDPQLYCDYNVVLMKYDATLQLDMSELADLILNEWLCNPMDITLYYYQQTDEANKWISMGSSCTIKVCPLNTQTLGIGCLTTDTATFEEVATAEKLVITDVVDGVNHKLDVTTATCTIRNCKKLGPRENVAVIQVGGSDVLDITADPTTAPQTERMMRINWKKWWQVFYTVVDYVNQIIQAMSKRSRSLNSAAFYYRI

来源 Source

来源生物 organism	Simian rotavirus A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	444185
宿主生物 host_organism	Chlorocebus sabaeus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Outer capsid protein VP4
分子量 formula_weight	86655.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BX,BY,BZ

MASLIYRQLLTNSYTVDLSDEIQEIGSTKTQNVTINLGPFAQTGYAPVNWGPGETNDSTTVEPVLDGPYQPTTFNPPVDYWMLLAPTAAGVVVEGTNNTDRWLATILVEPNVTSETRSYTLFGTQEQITIANASQTQWKFIDVVKTTQNGSYSQYGPLQSTPKLYAVMKHNGKIYTYNGETPNVTTKYYSTTNYDSVNMTAFCDFYIIPREEESTCTEYINNGLPPIQNTRNIVPLALSARNIISHRAQANEDIVVSKTSLWKEMQYNRDITIRFKFASSIVKSGGLGYKWSEISFKPANYQYTYTRDGEEVTAHTTCSVNGMNDFNFNGGSLPTDFVISRYEVIKENSYVYVDYWDDSQAFRNMVYVRSLAANLNSVICTGGDYSFALPVGQWPVMTGGAVSLHSAGVTLSTQFTDFVSLNSLRFRFRLTVEEPSFSITRTRVSRLYGLPAANPNNGKEYYEVAGRFSLISLVPSNDDYQTPITNSVTVRQDLERQLGELREEFNALSQEIAMSQLIDLALLPLDMFSMFSGIKSTIDAAKSMATSVMKKFKKSGLANSVSTLTDSLSDAASSISRGASIRSVGSSASAWTDVSTQITDVSSSVSSISTQTSTISRRLRLKEMATQTEGMNFDDISAAVLKTKIDRSTQISPNTLPDIVTEASEKFIPNRAYRVINNDEVFEAGTDGRFFAYRVETFDEIPFDVQKFADLVTDSPVISAIIDFKTLKNLNDNYGISRQQAFNLLRSDPRVLREFINQDNPIIRNRIEQLIMQCRL

来源 Source

来源生物 organism	Simian rotavirus A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	444185
宿主生物 host_organism	Chlorocebus sabaeus

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	projection matching
颗粒数 num_particles	4187

Atomic model of an infectious rotavirus particle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core scaffold protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Intermediate capsid protein VP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer layer protein VP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer capsid protein VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4v7q__assembly_1__model_1

4v7q__assembly_1__model_1 | I(q)

4v7q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Atomic model of an infectious rotavirus particle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core scaffold protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Intermediate capsid protein VP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer layer protein VP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer capsid protein VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4v7q__assembly_1__model_1

4v7q__assembly_1__model_1 | I(q)

4v7q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)