4waa

Crystal structure of Nix LIR-fused human LC3B_2-119

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：Monomeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–119 链 B； UniProt 2–119	片段：UNP residues 2-119	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；300 K；20% PEG3350, 8% Tacsimate pH 4	分辨率 2.35 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4WAA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1V49 Solution structure of microtubule-associated protein light chain-3 提交 2003-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 0–119（120 aa）片段：residues 1-120	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）230；压力 1 NMR样品组成 0.8mM protein U-15N, 13C; 25mM phosphate buffer NA; 100mM NACL; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8mM protein U-15N, 13C; 25mM phosphate buffer NA; 100mM NACL; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2LUE LC3B OPTN-LIR Ptot complex structure 提交 2012-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–119（115 aa）片段：UNP RESIDUES 5-119	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] entity_1-1, 4.9 mM entity_2-2, 70 mM sodium phosphate-3, 30 mM sodium chloride-4, 0.3 mM DSS-5, 5 mM Protease inhibitors cocktail-6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 2.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] entity_1-7, 0.4 mM entity_2-8, 70 mM sodium phosphate-9, 30 mM sodium chloride-10, 0.3 mM DSS-11, 5 mM Protease inhibitors cocktail-12, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2N9X LC3 FUNDC1 complex structure 提交 2015-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 0.9 mM [U-13C; U-15N] entity_1-1, 1.8 mM entity_2-2, 100 mM sodium chloride-3, 25 mM sodium phosphate-4, 10 % [U-2H] D2O-5, 1 % DSS-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2ZJD Crystal Structure of LC3-p62 complex 提交 2008-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.56 Å R-free 0.238
2ZJD Crystal Structure of LC3-p62 complex 提交 2008-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.56 Å R-free 0.238
2ZJD Crystal Structure of LC3-p62 complex 提交 2008-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.56 Å R-free 0.238
2ZJD Crystal Structure of LC3-p62 complex 提交 2008-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.56 Å R-free 0.238
3VTU Crystal structure of human LC3B_2-119 提交 2012-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–119（118 aa）片段：UNP RESIDUES 2-119	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Tri-sodium citrate, 0.2M Potassium sodium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.231
3VTV Crystal structure of Optineurin LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2012-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–119（118 aa）片段：UNP RESIDUES 170-181, RESIDUES 2-119	突变：S170E, S171E, S173E, S174E, S177E	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.05M Tri-sodium citrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 10% PEG 3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
3VTW Crystal structure of T7-tagged Optineurin LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2012-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–119（118 aa）片段：UNP RESIDUES 170-181, RESIDUES 2-119	突变：S170E, S171E, S173E, S174E, S177E	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.05M Tri-sodium citrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.52 Å R-free 0.280
3VTW Crystal structure of T7-tagged Optineurin LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2012-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–119（118 aa）片段：UNP RESIDUES 170-181, RESIDUES 2-119	突变：S170E, S171E, S173E, S174E, S177E	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.05M Tri-sodium citrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.52 Å R-free 0.280
3VTW Crystal structure of T7-tagged Optineurin LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2012-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–119（118 aa）片段：UNP RESIDUES 170-181, RESIDUES 2-119	突变：S170E, S171E, S173E, S174E, S177E	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.05M Tri-sodium citrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.52 Å R-free 0.280
3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–119（118 aa）片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–119（118 aa）片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–119（118 aa）片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–119（118 aa）片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3X0W Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2014-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–119（118 aa）片段：UNP RESIDUES 2-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M Acetate, pH 5.0, 1.4M Ammonium Sulfate, 0.1M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.71 Å R-free 0.294
3X0W Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2014-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–119（118 aa）片段：UNP RESIDUES 2-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M Acetate, pH 5.0, 1.4M Ammonium Sulfate, 0.1M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.71 Å R-free 0.294
5D94 Crystal structure of LC3-LIR peptide complex 提交 2015-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Potassium thiocyanate, 30%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2000	分辨率 1.53 Å R-free 0.215
5DCN Crystal structure of LC3 in complex with TECPR2 LIR 提交 2015-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–119（118 aa）片段：UNP residues 2-119	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8M Lithium sulphate, 0.01M Magnesium chloride, 0.05M MES monohydrate, pH5.6	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
5GMV LC3B-FUNDC1 complex 提交 2016-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1mM sodium cacodylate (pH 6.0)	分辨率 2.25 Å R-free 0.272
5GMV LC3B-FUNDC1 complex 提交 2016-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1mM sodium cacodylate (pH 6.0)	分辨率 2.25 Å R-free 0.272
5MS2 Crystal structure of the Legionella pneumophila effector protein RavZ in complex with human LC3B 提交 2016-12-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–119（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277.15 K；0.17 M ammonium acetate, 0.085M tri sodium citrate, 25.5% PEG 4000 and 15% glycerol	分辨率 2.47 Å R-free 0.238
5MS5 Low-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B 提交 2016-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–119（118 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M citric acid anhydrous and 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 1.53 Å R-free 0.242
5MS5 Low-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B 提交 2016-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–119（118 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M citric acid anhydrous and 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 1.53 Å R-free 0.242
5MS6 High-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B 提交 2016-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–119（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M sodium acetate and 3 M NaCl	分辨率 1.90 Å R-free 0.261
5MS6 High-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B 提交 2016-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–119（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M sodium acetate and 3 M NaCl	分辨率 1.90 Å R-free 0.261
5V4K Crystal structure of NEDD4 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2017-03-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–119（118 aa）片段：UNP residues 2-119,UNP residues 2-119,UNP residues 2-119,UNP residues 2-119 链 B 2–119（118 aa）片段：UNP residues 2-119,UNP residues 2-119,UNP residues 2-119,UNP residues 2-119	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1M Sodium Acetate pH 5.0, 1.2M Ammonium Sulfate	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
5W9A The structure of the Trim5alpha Bbox- coiled coil in complex LC3B 提交 2017-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 4–117（114 aa）片段：UNP residues 2-119 链 D 4–117（114 aa）片段：UNP residues 2-119	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.2 M NH4Cl, 0.1 M Tris pH8, 20% PEG 6,000	分辨率 2.74 Å R-free 0.274
5XAC CLIR - LC3B 提交 2017-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–120（119 aa）链 B 2–120（119 aa）链 C 2–120（119 aa）链 D 2–120（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3,350, 0.1M HEPES pH 7.5, 200mM NaCl.	分辨率 1.70 Å R-free 0.245
5XAD NLIR - LC3B fusion protein 提交 2017-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–120（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；1.0 M Ammonium sulfate, 100mM CHES/NaOH pH 9.5, 200mM NaCl.	分辨率 1.88 Å R-free 0.253
5XAD NLIR - LC3B fusion protein 提交 2017-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–120（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；1.0 M Ammonium sulfate, 100mM CHES/NaOH pH 9.5, 200mM NaCl.	分辨率 1.88 Å R-free 0.253
5XAE mutNLIR_LC3B 提交 2017-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–120（119 aa）链 B 2–120（119 aa）链 C 2–120（119 aa）链 D 2–120（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Pentaerythritol propoxylate, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.2M Potassium chloride.	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
6J04 Crystal structure of full length human LC3B delta G120 mutant (2_125) 提交 2018-12-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–125（124 aa）片段：UNP residues 2-125 链 C 2–125（124 aa）片段：UNP residues 2-125	突变：deletion mutant G120 突变：deletion mutant G120	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.16M ammonium sulfate, 0.08M sodium acetate pH4.6, 20% (w/v) PEG4000; 20% (v/v) glycerol	分辨率 1.90 Å R-free 0.262
6J04 Crystal structure of full length human LC3B delta G120 mutant (2_125) 提交 2018-12-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）片段：UNP residues 2-125 链 D 2–125（124 aa）片段：UNP residues 2-125	突变：deletion mutant G120 突变：deletion mutant G120	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.16M ammonium sulfate, 0.08M sodium acetate pH4.6, 20% (w/v) PEG4000; 20% (v/v) glycerol	分辨率 1.90 Å R-free 0.262
6LAN Structure of CCDC50 and LC3B complex 提交 2019-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–125（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20% w/v PEG 2000 MME	分辨率 1.41 Å R-free 0.219
7ELG LC3B modificated with a covalent probe 提交 2021-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–119（118 aa）	未记录	8Z6 2-methylidene-5-thiophen-2-yl-cyclohexane-1,3-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；2.0M ammonium sulfate, 0.1M tri-sodium citrate (pH 5.6), 0.2M potassium sodium tartrate	分辨率 1.60 Å R-free 0.231
7GA8 PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1198158918 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	K4R 1H-indazole-3-carbonitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.87 Å R-free 0.274
7GA9 PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1198177230 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	K6U (2M)-2-(2-methoxyphenyl)-1,3,4-oxadiazole × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 2.17 Å R-free 0.246
7GAA PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1198233191 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	K7L (4S)-imidazo[1,2-a]pyrimidine-5,7-diol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 2.03 Å R-free 0.248
7GAB PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1255402624 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	EYK 2-tert-butylbenzene-1,4-diol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 2.23 Å R-free 0.276
7GAC PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1456069604 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	KF8 N-[(3S)-piperidin-3-yl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.91 Å R-free 0.260
7GAD PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1667545918 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	K8L N-[(1,3-thiazol-5-yl)methyl]acetamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.86 Å R-free 0.258
7GAE PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z1688504114 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	GV4 2-cyano-~{N}-(1,3,5-trimethylpyrazol-4-yl)ethanamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.92 Å R-free 0.251
7GAF PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z183352334 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	K96 N-{[(2R)-oxolan-2-yl]methyl}morpholine-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.84 Å R-free 0.245
7GAG PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z198195770 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	LJA N-[3-(carbamoylamino)phenyl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.59 Å R-free 0.215
7GAH PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z2033637875 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	LRF N~2~-(4-cyano-3-methyl-1,2-thiazol-5-yl)-N~2~-methylglycinamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.90 Å R-free 0.254
7GAI PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z212122838 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	K9N N-[(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)methyl]cyclobutanecarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.97 Å R-free 0.281
7GAJ PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z285233820 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	KB3 (5M)-5-(2-methoxyphenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.89 Å R-free 0.229
7GAK PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z287121492 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	KA3 N-(cyclopropylmethyl)-4-methoxypiperidine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.77 Å R-free 0.250
7GAL PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z291279160 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	LV4 1-[2-(trifluoromethyloxy)phenyl]thiourea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.91 Å R-free 0.251
7GAM PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z373768900 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	NUA N-(1-ethyl-1H-pyrazol-4-yl)cyclobutanecarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.75 Å R-free 0.234
7GAN PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z56767614 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	RWP methyl 4-[(trifluoroacetyl)amino]benzoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 2.09 Å R-free 0.256
7GAO PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z57450788 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	RV4 N-{4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.69 Å R-free 0.218
7GAP PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z728939702 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	KCC N-methylquinoxalin-2-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.68 Å R-free 0.244
7GAQ PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z755044716 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	K0J N-ethyl-1H-1,2,3-triazole-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 2.14 Å R-free 0.244
7GAR PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z820676436 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	2NU 2-(4-bromanylpyrazol-1-yl)-~{N}-cyclopropyl-~{N}-methyl-ethanamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 2.07 Å R-free 0.264
7GAS PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of MAP1LC3B in complex with Z952016136 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	KBU 4-chloro-1H-benzimidazole × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.91 Å R-free 0.276
7GAU PanDDA analysis group deposition of ground-state model of MAP1LC3B 提交 2023-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：TruncationafterGly120	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.59 Å R-free 0.217
8Q53 Crystal structure of truncated human Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B (MAP1LC3B) in apo form 提交 2023-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–125（125 aa）	突变：Truncation after Gly120	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；36% PEG 8000, 0.1M acetate pH 4.7	分辨率 1.36 Å R-free 0.210
8Q7K IRGQ LIR2 peptide in complex with LC3B 提交 2023-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；1 M lithium chloride, 0.1 M citrate, 20% PEG 6000	分辨率 1.60 Å R-free 0.213
8Q7K IRGQ LIR2 peptide in complex with LC3B 提交 2023-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–125（125 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；1 M lithium chloride, 0.1 M citrate, 20% PEG 6000	分辨率 1.60 Å R-free 0.213
8YV6 Crystal structure of LC3B in complex with Influenza A virus M2 peptide 提交 2024-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% Jeffamine, 0.1M HEPES, pH 7.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.250
9VUY NMR Structure of LC3B in complex with HBx BH3-like motif 提交 2025-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–119（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.4 mM [U-13C; U-15N] LC3B, 0.5 mM [U-13C; U-15N] HBx BH3-like motif, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.8 mM 1H LC3B, 0.4 mM [U-13, U-15N] HBx BH3-like motif, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-15N] LC3B, 0.5 mM [U-15N] HBx BH3-like motif, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13, U-15N] LC3B, 0.625 mM 1H HBx BH3-like motif, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

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UniProt名称	MLP3B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 17–134； UniProt 2–119 作者链 B； PDB构建体 17–134； UniProt 2–119

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4waa
沉积日期 deposition_date	2014-08-29
结构标题 title	Crystal structure of Nix LIR-fused human LC3B_2-119
关键词 keywords	Autophagy, selective autophagy, degradation, Nix, LC3, recycling, LIR, structural protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.50 Å
零角强度 I(0) i0	15035200.00
分子量 molecular_weight	29524.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37185 Å³
包络体积 envelope_volume	50195 Å³
水化壳体积 shell_volume	19152 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.64 Å
包络 Rg envelope_rg	24.96 Å
形状 Rg shape_rg	23.54 Å
总 Rg total_rg	24.13 Å
总原子数 total_atoms	2082
残基数 n_residues	251
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7864
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.647
峰度 Kurtosis kurtosis	0.017
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2687000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.574; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.549; Smooth: 0.947

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4waaa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d4waaa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4waab1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d4waab2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4waaA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4waaB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.385 Å
晶胞边长 b length_b	67.385 Å
晶胞边长 c length_c	116.875 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	44.150 Å
R 因子 r_factor	0.2031
R_work r_work	0.1997
R_free r_free	0.2728

描述 description	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
分子量 formula_weight	15585.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2194

Crystal structure of Nix LIR-fused human LC3B_2-119

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	112

fit	/app/data/saxs_computation/wa/4waa/4waa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wa/4waa/4waa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wa/4waa/4waa.dat