4wbb

Single Turnover Autophosphorylation Cycle of the PKA RIIb Holoenzyme

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase type II-beta regulatory subunit

Mus musculus

UniProt P31324

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–416 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 (P05132) CA CALCIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:BATCH MODE;298 K;The RIIb (R230K):C apo complex was crystallized in 20%PEG8000, 8% Ethylene Glycol, 20mM MESpH7.5 HEPES . To make CaATP binding holoenzyme crystals, the apo holoenzyme crystals were soaked with 20%PEG8000, 8% Ethylene Glycol, 20mM MESpH7.5 HEPES, 5mM CaCl2 and 1mM ATP at pH5.8 solution overnight 分辨率 2.80 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAP3_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–416; UniProt 1–416

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

Mus musculus

UniProt P05132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–351 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) cAMP-dependent protein kinase type II-beta regulatory subunit × 1 (P31324) CA CALCIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:BATCH MODE;298 K;The RIIb (R230K):C apo complex was crystallized in 20%PEG8000, 8% Ethylene Glycol, 20mM MESpH7.5 HEPES . To make CaATP binding holoenzyme crystals, the apo holoenzyme crystals were soaked with 20%PEG8000, 8% Ethylene Glycol, 20mM MESpH7.5 HEPES, 5mM CaCl2 and 1mM ATP at pH5.8 solution overnight 分辨率 2.80 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 84 个其他 PDB 条目、99 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–350; UniProt 2–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4wbb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4wbb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4wbb
沉积日期 deposition_date2014-09-02
结构标题 titleSingle Turnover Autophosphorylation Cycle of the PKA RIIb Holoenzyme
关键词 keywordsPKA, complex, single turnover, Oscillations, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.90
零角强度 I(0) i079377700.00
分子量 molecular_weight70426.0 kDa
排除体积 excluded_volume88499 ų
包络体积 envelope_volume109640 ų
水化壳体积 shell_volume33893 ų
包络直径 envelope_diameter96.3
壳层 Rg shell_rg34.25
包络 Rg envelope_rg27.07
形状 Rg shape_rg26.88
总 Rg total_rg27.74
总原子数 total_atoms4943
残基数 n_residues601
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.3
Rg (实空间) rg_real27.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real7.9380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal79380000.0000
解质量估计 total_estimate0.8999
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.3
偏度 Skewness skewness0.235
峰度 Kurtosis kurtosis-0.437
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15170000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.965

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4wbbb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4wbbA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls
结构域编号 domain_id4wbbA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls
结构域编号 domain_id4wbbB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id4wbbB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)