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4wf2

Structure of E. coli BirA G142A bound to biotinol-5'-AMP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 77.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional ligase/repressor BirA

Escherichia coli

UniProt P06709

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–321 突变：G142A BTX ((2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHYL 5-((3AS,4S,6AR)-2-OXO-HEXAHYDRO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-4-YL)PENTYL HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M TrisHCl, pH 8.0 and 12.5% (w/v) PEG 8K (Hampton) at 20 deg C 分辨率 2.31 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4WF2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BIA THE E. COLI BIOTIN HOLOENZYME SYNTHETASE(SLASH)BIO REPRESSOR CRYSTAL STRUCTURE DELINEATES THE BIOTIN AND DNA-BINDING DOMAINS 提交 1992-07-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–321（321 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1BIB THE E. COLI BIOTIN HOLOENZYME SYNTHETASE(SLASH)BIO REPRESSOR CRYSTAL STRUCTURE DELINEATES THE BIOTIN AND DNA-BINDING DOMAINS 提交 1992-07-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–321（321 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1HXD CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI BIOTIN REPRESSOR WITH BOUND BIOTIN 提交 2001-01-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–321（321 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1HXD CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI BIOTIN REPRESSOR WITH BOUND BIOTIN 提交 2001-01-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–321（321 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
2EWN Ecoli Biotin Repressor with co-repressor analog 提交 2005-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–321（321 aa）
链 B 1–321（321 aa）
未记录 BTX ((2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHYL 5-((3AS,4S,6AR)-2-OXO-HEXAHYDRO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-4-YL)PENTYL HYDROGEN PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；20% PEG 4K, 100mM Tris-HCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.264

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BIRA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4wf2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4wf2
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4wf2
沉积日期 deposition_date2014-09-11
结构标题 titleStructure of E. coli BirA G142A bound to biotinol-5'-AMP
关键词 keywords;biotin protein ligase, biotin repressor, G142A mutant, complex with biotinol-5'-AMP, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.22 Å
零角强度 I(0) i019152400.00
分子量 molecular_weight33938.0 kDa
排除体积 excluded_volume42939 ų
包络体积 envelope_volume50576 ų
水化壳体积 shell_volume20761 ų
包络直径 envelope_diameter81.3 Å
壳层 Rg shell_rg27.27 Å
包络 Rg envelope_rg21.68 Å
形状 Rg shape_rg21.23 Å
总 Rg total_rg22.03 Å
总原子数 total_atoms4834
残基数 n_residues304
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.4 Å
Rg (实空间) rg_real22.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19150000.0000
解质量估计 total_estimate0.5669
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.3 Å
偏度 Skewness skewness0.510
峰度 Kurtosis kurtosis-0.015
角度范围 angular_range— – 0.3600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4502000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.682; Stabil: 0.997; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 0.894; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd4wf2a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family familya.4.5.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4wf2a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamilyd.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family familyd.104.1.2 — Biotin holoenzyme synthetase
结构域编号 domain_idd4wf2a3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.1 — C-terminal domain of transcriptional repressors
家族 Family familyb.34.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4wf2A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id4wf2A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2
结构域编号 domain_id4wf2A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)