SAXSdb — 4wk8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Forkhead box protein P3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 336–417 链 G； UniProt 336–417	片段：UNP residues 336-417	;DNA (5'-D(TPTPAPGPGPAPAPAPAPTPTPTPGPTPTPTPCPAPTPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APAPCPTPAPTPGPAPAPAPCPAPAPAPTPTPTPTPCPCPT)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 8000	分辨率 3.40 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4WK8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3QRF Structure of a domain-swapped FOXP3 dimer 提交 2011-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 336–417（82 aa）片段：human FOXP3 DNA Binding Domain 链 G 336–417（82 aa）片段：human FOXP3 DNA Binding Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.63；291 K；5 mM HEPES, pH 7.63, 2 mM dithiothreitol (DTT), 0.5 mM EDTA, and 150 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
3QRF Structure of a domain-swapped FOXP3 dimer 提交 2011-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 336–417（82 aa）片段：human FOXP3 DNA Binding Domain 链 I 336–417（82 aa）片段：human FOXP3 DNA Binding Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.63；291 K；5 mM HEPES, pH 7.63, 2 mM dithiothreitol (DTT), 0.5 mM EDTA, and 150 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FOXP3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–82； UniProt 336–417 作者链 G； PDB构建体 1–82； UniProt 336–417

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4wk8
沉积日期 deposition_date	2014-10-01
结构标题 title	FOXP3 forms a domain-swapped dimer to bridge DNA
关键词 keywords	FOXP3, regulatory T cells, DNA bridging, transcription regulation, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.91 Å
零角强度 I(0) i0	27128800.00
分子量 molecular_weight	32416.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37361 Å³
包络体积 envelope_volume	49168 Å³
水化壳体积 shell_volume	19939 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.3 Å
壳层 Rg shell_rg	27.36 Å
包络 Rg envelope_rg	22.24 Å
形状 Rg shape_rg	21.78 Å
总 Rg total_rg	22.84 Å
总原子数 total_atoms	2243
残基数 n_residues	202
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8212
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.310
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.430
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1918000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPAPGPGPAPAPAPAPTPTPTPGPTPTPTPCPAPTPAP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	6491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2243

TTAGGAAAATTTGTTTCATAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPCPTPAPTPGPAPAPAPCPAPAPAPTPTPTPTPCPCP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	6389.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AACTATGAAACAAATTTTCCT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Forkhead box protein P3
分子量 formula_weight	10082.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

MRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTLNEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNAIRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4wk8F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4wk8G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.431 Å
晶胞边长 b length_b	84.837 Å
晶胞边长 c length_c	68.310 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.401 Å
最低分辨率 resolution_low	44.541 Å
R 因子 r_factor	0.1964
R_work r_work	0.1903
R_free r_free	0.2525

fit	/app/data/saxs_computation/wk/4wk8/4wk8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wk/4wk8/4wk8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wk/4wk8/4wk8.dat

FOXP3 forms a domain-swapped dimer to bridge DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Forkhead box protein P3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)