SAXSdb — 4wvy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RuvB-like 1

Chaetomium thermophilum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RuvB-like 2 × 6 （G0RYC2） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RuvB-like 2 × 6 （G0RYC2） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	RuvB-like 2 × 3 （G0RYC2） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0RYI5_CHATD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–462； UniProt 1–462

RuvB-like 2

Chaetomium thermophilum

UniProt G0RYC2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RuvB-like 1 × 6 （G0RYI5） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RuvB-like 1 × 6 （G0RYI5） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	RuvB-like 1 × 3 （G0RYI5） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0RYC2_CHATD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 26–513； UniProt 1–488

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4wvy
沉积日期 deposition_date	2014-11-08
结构标题 title	Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo)
关键词 keywords	AAA+ ATPases, hexameric ring, dodecameric assemblies, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4wvy__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4wvy__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4wvy__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	56.67 Å
Rg（电子密度）	56.24 Å
总 Rg	56.49 Å
原子数	38736
残基数	5010
排除体积	692510 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4wvy__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4wvy__assembly_2__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4wvy__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RuvB-like 1
分子量 formula_weight	50451.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6456

MVQISEVRGNTRDHRTAAHTHIKGLGLNSSGIAEKQAAGFVGQCAAREACGVVVDLIKAHKMAGRGVLLAGGPGTGKTALALAISQELGTKIPFCPITGSEIYSTEVKKTEVLMENFRRAIGLRVRETKDVYEGEVTEMTPEEAENPLGGYGKTISTLLIGLKSARGQKKLRLDPSIYEAIQKERVQVGDVIYIETNTGACKRVGRSDAYATEFDLEAEEYVPIPKGEVHKKKEIVQDVTLHDLDVANARPQGGQDIISMMGQLMKPKMTEITDKLRMEINKVVQKYINQGVAELIPGVLFIDEAHMLDIECFTYLNKALESPIAPIVVLASNRGIATIRGADDLKAAHGIPPDFLQRLLIIPTHPYEPDEIRRIVRIRAQTEGVQLTDAAVDRVAEHGVRISLRYCLQLLAPASILARVNGRTQVDVQDIAEAEELFLDARRSANILTSTGESGGLHGFIS

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RuvB-like 2
分子量 formula_weight	55939.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHHHSSGLEVLFQGPGSMAAPLVTSVTETKELRGLNLIAAHSHIRGLGVDADTLEPRPSSQGLVGQEKARKAAAVVLEMIKQGKIAGRAVLIAGPPSTGKTAIAMGMAQSLGQDVPFTTLAASEIFSLEMSKTEALTQAFRKSIGVRIKEESEIMEGEVVEIQIDRSVTGGAKQGKLTIKTTDMEAIYDMGSKMIDAMTKERVMAGDIISIDKSSGKITKLGRSYARSRDYDAMGVDTKFLQCPEGELQKRKEVVHTVSLHEIDVINSRTQGFLALFSGDTGEIRSEIRDQINTKVAEWKEEGKAEIVPGVLFIDEVHMLDIECFSYINRALESDLAPIVIMASNRGVSRIRGTDYKSPHGLPLDFLDRVVIINTHPYTPDELRQILSIRAQEEEVDLTPDALALLTKIGQEAGLRYASNLITTSQLIAAKRRAKQVGVEDVQRSFKLFYDPARSVRFVQESEKRLIGNDGVVDFSYQGAAEAAAPTLPAAAPVDPVGGEKMDMS

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4wvyA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — RuvBL1 DNA/RNA binding domain

结构域编号 domain_id	4wvyA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	4wvyB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4wvyB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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晶胞边长 a length_a	210.348 Å
晶胞边长 b length_b	210.348 Å
晶胞边长 c length_c	137.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.640 Å
最低分辨率 resolution_low	33.690 Å
R 因子 r_factor	0.2229
R_work r_work	0.2214
R_free r_free	0.2506

Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RuvB-like 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RuvB-like 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wvy__assembly_2__model_1

4wvy__assembly_2__model_1 | I(q)

4wvy__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RuvB-like 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RuvB-like 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wvy__assembly_2__model_1

4wvy__assembly_2__model_1 | I(q)

4wvy__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)