SAXSdb — 4wzs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ECU11_1470 protein

Encephalitozoon cuniculi (strain GB-M1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	TATA-binding protein-associated phosphoprotein × 1 （M1K2J7） Similarity to HELICASE MOT1 × 1 （Q8SVZ5） ECU04_1440 protein × 1 （Q8ST28） ;DNA (5'-D(PCPCPAPCPCPCPCPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPCPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPGPGPGPGPTPGP*G)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8SQT6_ENCCU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–95； UniProt 2–95

TATA-binding protein-associated phosphoprotein

Encephalitozoon cuniculi

UniProt M1K2J7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	ECU11_1470 protein × 1 （Q8SQT6） Similarity to HELICASE MOT1 × 1 （Q8SVZ5） ECU04_1440 protein × 1 （Q8ST28） ;DNA (5'-D(PCPCPAPCPCPCPCPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPCPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPGPGPGPGPTPGP*G)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M1K2J7_ENCCN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–149； UniProt 2–147

Similarity to HELICASE MOT1

Encephalitozoon cuniculi (strain GB-M1)

UniProt Q8SVZ5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	ECU11_1470 protein × 1 （Q8SQT6） TATA-binding protein-associated phosphoprotein × 1 （M1K2J7） ECU04_1440 protein × 1 （Q8ST28） ;DNA (5'-D(PCPCPAPCPCPCPCPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPCPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPGPGPGPGPTPGP*G)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8SVZ5_ENCCU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–780； UniProt 2–778

ECU04_1440 protein

Encephalitozoon cuniculi (strain GB-M1)

UniProt Q8ST28

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	ECU11_1470 protein × 1 （Q8SQT6） TATA-binding protein-associated phosphoprotein × 1 （M1K2J7） Similarity to HELICASE MOT1 × 1 （Q8SVZ5） ;DNA (5'-D(PCPCPAPCPCPCPCPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPCPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPGPGPGPGPTPGP*G)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8ST28_ENCCU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 4–200； UniProt 2–198

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4wzs
沉积日期 deposition_date	2014-11-20
结构标题 title	Crystal structure of the Mot1 N-terminal domain in complex with TBP and NC2 bound to a promoter DNA fragment
关键词 keywords	Transcription, protein-DNA complex, Swi2/Snf2; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4wzs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4wzs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4wzs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.02 Å
Rg（电子密度）	36.24 Å
总 Rg	36.70 Å
原子数	9037
残基数	1093
排除体积	159230 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4wzs__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ECU11_1470 protein
分子量 formula_weight	11173.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9037

MPKQESQKKKLTRFPISRLKRIMQLNEDIGKIGASVPVVASKAIEMFLTEIVGLTLKEARKKSSSRMSSEFIIRATESDPKFAFLKNMEQFKNRE

来源 Source

来源生物 organism	Encephalitozoon cuniculi (strain GB-M1)
通用名 common_name	Microsporidian parasite
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284813
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TATA-binding protein-associated phosphoprotein
分子量 formula_weight	17730.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GHMNMEKNDDENTLPKATVDKMVSSMLPKNSVVPKESKEIFQNACIYFLNMLTLEANKACEEEKKKTISYEHVYKALKNLGFESYVESCMKEHENYESYIKQKPSKIDKFKDSGLTMEELHSQQIKLFQNAKLQFERSFEDDHYGDNDG

来源 Source

来源生物 organism	Encephalitozoon cuniculi
通用名 common_name	Microsporidian parasite
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6035
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Similarity to HELICASE MOT1
分子量 formula_weight	90408.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GHMNRLEKFFTTLNTAQSKVLKGYTTDELVSQIKEYVDFTPYILKQTYRLLCGQASEDRRNGARILRSLMFQFKLVTDFKIEYKESSSIYLSSTGEQFNVQAPSIQEQKRMVRKIAKLEHVEANFLSDIDFKAGSGEAIKRHKVDERPIENVLDFFEQISDNLLSYEWYKRHGAFLAFAAMFSEIDNGGDIQIRVDSKLFSKIYEILVTDKFNDFVDDRTVAPVRDAAAYLLSRIYPLIGPNDIIEQLVGFLDSGDWQVQFSGLIALGYLKEFVEDKDGLCRKLVSLLSSPDEDIKLLSAELLCHFPITDSLDLVLEKCWKNIESEELISVSKTSNLSLLTKIYRENPELSIPPERLKDIFPCFTSPVPEVRTSILNMVKNLSEESIDFLVAEVVLIEEKDEIREMAIKLLKKRRDLPKNLILHFMNVIGGSLYEPYSEDDFVSYEDLYFTKSGINVVGKDEILKNRCLLFECIMKSGLPDLQSTIETTTSRTFISLYRSVQALVKDTPYTPANIEELEYYFDRCKDLKMAPLKEFKKKLSAPGIRSIHPMVDPLYSDYTRMVASIEFPGLERATALFEVETCKQFLHLFSKMITEYYDAEKISIDNFLLKAYEGLASGKDGFLSFFEVFNTRLLAHSFFHKIGSLENRLDFFSKTIHIYTKTSQIQKIGFVFDDALREKNITVINGFMRSLEFNEKFVRKALEDLDVELLDAVLMSGDHSFNPLFVKPLLRNISGNIDREASSKVLSKVIPTLGFSTNTKISKDLLEMIEREKKSLESL

来源 Source

来源生物 organism	Encephalitozoon cuniculi (strain GB-M1)
通用名 common_name	Microsporidian parasite
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284813
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	ECU04_1440 protein
分子量 formula_weight	22760.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GHMDAPDISYEHQETSVPNRSGIIPTLQNVVATVNLSCKLDLKNIALRARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVITGAKSEKSSRMAAQRYAKIIHKLGFNATFDDFKIQNIVSSCDIKFSIRLEGLAYAHSNYCSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSGKIVLTGAKVRDDIYQAFNNIYPVLIQHRKA

来源 Source

来源生物 organism	Encephalitozoon cuniculi (strain GB-M1)
通用名 common_name	Microsporidian parasite
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284813
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPAPCPCPCPCPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	7176.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GCCACCCCCTTTTATAGCCCTACT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPGPGPGPGPTPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	7563.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

AGTAGGGCTATAAAAGGGGGTGGC

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4wzsB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4wzsD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	4wzsD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

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晶胞边长 a length_a	150.629 Å
晶胞边长 b length_b	140.274 Å
晶胞边长 c length_c	90.778 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.780 Å
最低分辨率 resolution_low	49.170 Å
R 因子 r_factor	0.2362
R_work r_work	0.2351
R_free r_free	0.2575

Crystal structure of the Mot1 N-terminal domain in complex with TBP and NC2 bound to a promoter DNA fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ECU11_1470 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TATA-binding protein-associated phosphoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Similarity to HELICASE MOT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ECU04_1440 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wzs__assembly_1__model_1

4wzs__assembly_1__model_1 | I(q)

4wzs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)