4wzv

Crystal structure of a hydroxamate based inhibitor EN140 in complex with the MMP-9 catalytic domain

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2R)-4-(1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-N-hydroxy-2-{[(4'-methoxybiphenyl-4-yl)sulfonyl](propan-2-yloxy)amino}butanamide × 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 3 1,2-ETHANEDIOL × 1 S-1,2-PROPANEDIOL × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2R)-4-(1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-N-hydroxy-2-{[(4'-methoxybiphenyl-4-yl)sulfonyl](propan-2-yloxy)amino}butanamide × 1 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 3 1,2-ETHANEDIOL × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 AZIDE ION × 1 SODIUM ION × 7 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MMP9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–107； UniProt 110–216 作者链 A； PDB构建体 108–160； UniProt 392–444 作者链 B； PDB构建体 1–107； UniProt 110–216 作者链 B； PDB构建体 108–160； UniProt 392–444

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4wzv
沉积日期 deposition_date	2014-11-20
结构标题 title	Crystal structure of a hydroxamate based inhibitor EN140 in complex with the MMP-9 catalytic domain
关键词 keywords	MMP9 Inhibitor complex, Thyroid hormone-binding protein, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4wzv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4wzv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4wzv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.96 Å
Rg（电子密度）	14.74 Å
总 Rg	16.00 Å
原子数	1326
残基数	158
排除体积	23496 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4wzv__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4wzv__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
分子量 formula_weight	17904.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.35,3.4.24.35
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3442

FEGDLKWHHHNITYWIQNYSEDLPRAVIDDAFARAFALWSAVTPLTFTRVYSRDADIVIQFGVAEHGDGYPFDGKDGLLAHAFPPGPGIQGDAHFDDDELWSLGKGVGYSLFLVAAHEFGHALGLDHSSVPEALMYPMYRFTEGPPLHKDDVNGIRHLYG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2R)-4-(1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-N-hydroxy-2-{[(4'-methoxybiphenyl-4-yl)sulfonyl](propan-2-yloxy)amino}butanamide
分子量 formula_weight	567.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	S-1,2-PROPANEDIOL
分子量 formula_weight	76.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	AZIDE ION
分子量 formula_weight	42.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	630

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4wzva_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d4wzvb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4wzvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	4wzvB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

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晶胞边长 a length_a	39.950 Å
晶胞边长 b length_b	97.390 Å
晶胞边长 c length_c	45.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	42.126 Å
R 因子 r_factor	0.1787
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2295

Crystal structure of a hydroxamate based inhibitor EN140 in complex with the MMP-9 catalytic domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wzv__assembly_1__model_1

4wzv__assembly_1__model_1 | I(q)

4wzv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a hydroxamate based inhibitor EN140 in complex with the MMP-9 catalytic domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wzv__assembly_1__model_1

4wzv__assembly_1__model_1 | I(q)

4wzv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)