4x1c

Crystal structure of 4-OT from Pseudomonas putida mt-2 with an enamine adduct on the N-terminal proline at 1.7 Angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 114.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-hydroxymuconate tautomerase

Pseudomonas putida

UniProt Q01468

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–63 链 B; UniProt 2–63 链 C; UniProt 2–63 链 D; UniProt 2–63 链 E; UniProt 2–63 链 F; UniProt 2–63 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) NCO COBALT HEXAMMINE(III) × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;Hexaamine cobalt chloride, Bis-Tris Propane, 20% PEG3350, co-crystallised with Acetaldehyde 分辨率 1.70 Å R-free 0.227
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 2–63 链 H; UniProt 2–63 链 I; UniProt 2–63 链 J; UniProt 2–63 链 K; UniProt 2–63 链 L; UniProt 2–63 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;Hexaamine cobalt chloride, Bis-Tris Propane, 20% PEG3350, co-crystallised with Acetaldehyde 分辨率 1.70 Å R-free 0.227
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 2–63 链 N; UniProt 2–63 链 O; UniProt 2–63 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;Hexaamine cobalt chloride, Bis-Tris Propane, 20% PEG3350, co-crystallised with Acetaldehyde 分辨率 1.70 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 4OT1_PSEPU
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 B; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 D; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 E; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 F; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 I; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 J; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 M; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 N; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 O; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 C; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 G; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 H; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 K; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63 作者链 L; PDB构建体 1–62; UniProt 2–63

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4x1c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4x1c
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4x1c
沉积日期 deposition_date2014-11-24
结构标题 titleCrystal structure of 4-OT from Pseudomonas putida mt-2 with an enamine adduct on the N-terminal proline at 1.7 Angstrom resolution
关键词 keywordsenamine formation, isomerase; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.18
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.90
零角强度 I(0) i0142084000.00
分子量 molecular_weight94856.0 kDa
排除体积 excluded_volume118950 ų
包络体积 envelope_volume151980 ų
水化壳体积 shell_volume40456 ų
包络直径 envelope_diameter119.3
壳层 Rg shell_rg38.14
包络 Rg envelope_rg33.02
形状 Rg shape_rg32.89
总 Rg total_rg33.31
总原子数 total_atoms6655
残基数 n_residues861
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.0
Rg (实空间) rg_real33.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97
I(0) (实空间) i0_real1.4210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal142100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8237
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.6
偏度 Skewness skewness0.594
峰度 Kurtosis kurtosis-0.090
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21830000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.675; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.927; Smooth: 0.752

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

结构域编号 domain_idd4x1ca_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1cb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1cc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1cd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1ce_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1cf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1cg_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1ch_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1ci_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1cj_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1ck_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1cl_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1cm_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1cn_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4x1co_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id4x1cA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cL00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cM00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cN00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4x1cO00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)