4x1i

Discovery of cytotoxic Dolastatin 10 analogs with N-terminal modifications

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Tubulin beta chain × 2 （D0VWY9） Stathmin-4 × 1 （P63043） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide × 2 ;2-methyl-L-alanyl-N-[(3R,4S,5S)-3-methoxy-1-{(2S)-2-[(1R,2R)-1-methoxy-2-methyl-3-oxo-3-{[(1S)-2-phenyl-1-(1,3-thiazol-2-yl)ethyl]amino}propyl]pyrrolidin-1-yl}-5-methyl-1-oxoheptan-4-yl]-N-methyl-L-valinamide ; × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D0VWZ0_SHEEP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451 作者链 C； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt D0VWY9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Tubulin alpha chain × 2 （D0VWZ0） Stathmin-4 × 1 （P63043） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide × 2 ;2-methyl-L-alanyl-N-[(3R,4S,5S)-3-methoxy-1-{(2S)-2-[(1R,2R)-1-methoxy-2-methyl-3-oxo-3-{[(1S)-2-phenyl-1-(1,3-thiazol-2-yl)ethyl]amino}propyl]pyrrolidin-1-yl}-5-methyl-1-oxoheptan-4-yl]-N-methyl-L-valinamide ; × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D0VWY9_SHEEP
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 D； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

Stathmin-4

Rattus norvegicus

UniProt P63043

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Tubulin alpha chain × 2 （D0VWZ0） Tubulin beta chain × 2 （D0VWY9） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide × 2 ;2-methyl-L-alanyl-N-[(3R,4S,5S)-3-methoxy-1-{(2S)-2-[(1R,2R)-1-methoxy-2-methyl-3-oxo-3-{[(1S)-2-phenyl-1-(1,3-thiazol-2-yl)ethyl]amino}propyl]pyrrolidin-1-yl}-5-methyl-1-oxoheptan-4-yl]-N-methyl-L-valinamide ; × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STMN4_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–142； UniProt 49–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4x1i
沉积日期 deposition_date	2014-11-24
结构标题 title	Discovery of cytotoxic Dolastatin 10 analogs with N-terminal modifications
关键词 keywords	;Binding Sites, Competitive, Cattle, Tumor, Colchicine, Humans, Microtubules, Protein Binding, Protein Conformation, Protein Multimerization, Tubulin, Tubulin Modulators, STRUCTURAL PROTEIN-INHIBITOR complex ;; STRUCTURAL PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4x1i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4x1i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4x1i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.56 Å
Rg（电子密度）	52.52 Å
总 Rg	52.31 Å
原子数	14708
残基数	1840
排除体积	259910 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4x1i__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin alpha chain
分子量 formula_weight	50188.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	14720

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLIGQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRTIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin beta chain
分子量 formula_weight	49969.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEATGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVMPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYSIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDSKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEEGEDEA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Stathmin-4
分子量 formula_weight	16719.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

ADMEVIELNKATSGQSWEVILKPPSFDGVPEFNASLPRRRDPSLEEIQKKLEAAEERRKYQEAELLKHLAEKREHEREVIQKAIEENNNFIKMAKEKLAQKMESNKENREAHLAAMLERLQEKDKHAEEVRKNKELKEEASR

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide
分子量 formula_weight	399.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	;2-methyl-L-alanyl-N-[(3R,4S,5S)-3-methoxy-1-{(2S)-2-[(1R,2R)-1-methoxy-2-methyl-3-oxo-3-{[(1S)-2-phenyl-1-(1,3-thiazol-2-yl)ethyl]amino}propyl]pyrrolidin-1-yl}-5-methyl-1-oxoheptan-4-yl]-N-methyl-L-valinamide ;
分子量 formula_weight	743.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d4x1ia1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family family	c.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain

结构域编号 domain_id	d4x1ia2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family family	d.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4x1ib1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family family	c.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain

结构域编号 domain_id	d4x1ib2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family family	d.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4x1ic1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family family	c.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain

结构域编号 domain_id	d4x1ic2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family family	d.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4x1id1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family family	c.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain

结构域编号 domain_id	d4x1id2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family family	d.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4x1ie_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.10 — Stathmin
家族 Family family	a.137.10.1 — Stathmin

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id	4x1iA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	4x1iA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4x1iA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	4x1iB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	4x1iB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4x1iB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	4x1iC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	4x1iC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4x1iC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	4x1iD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	4x1iD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4x1iD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	4x1iE01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

▶

晶胞边长 a length_a	66.140 Å
晶胞边长 b length_b	128.210 Å
晶胞边长 c length_c	255.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.110 Å
最低分辨率 resolution_low	45.300 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1908
R_free r_free	0.2529

Discovery of cytotoxic Dolastatin 10 analogs with N-terminal modifications

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tubulin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Stathmin-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4x1i__assembly_1__model_1

4x1i__assembly_1__model_1 | I(q)

4x1i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (1)

Discovery of cytotoxic Dolastatin 10 analogs with N-terminal modifications

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tubulin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Stathmin-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4x1i__assembly_1__model_1

4x1i__assembly_1__model_1 | I(q)

4x1i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (1)