4xak

Crystal structure of potent neutralizing antibody m336 in complex with MERS Co-V RBD

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 185.1 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

Human coronavirus EMC

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 367–601	片段：Receptor-binding domain (UNP residues 367-601)	Heavy chain of neutralizing antibody m336 × 1 Light chain of neutralizing antibody m336 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 2000MME, 100 mM HEPES, pH7.5	分辨率 2.45 Å R-free 0.249
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 367–601	片段：Receptor-binding domain (UNP residues 367-601)	Heavy chain of neutralizing antibody m336 × 1 Light chain of neutralizing antibody m336 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 2000MME, 100 mM HEPES, pH7.5	分辨率 2.45 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4XAK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4ZPT Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 1) 提交 2015-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 381–588（208 aa）片段：receptor-binging domain, UNP residues 381-588	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 50 mM sodium chloride, 10 % PEG 400, 11 % PEG 8,000	分辨率 2.59 Å R-free 0.244
4ZPT Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 1) 提交 2015-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 381–588（208 aa）片段：receptor-binging domain, UNP residues 381-588	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 50 mM sodium chloride, 10 % PEG 400, 11 % PEG 8,000	分辨率 2.59 Å R-free 0.244
4ZPV Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 2) 提交 2015-05-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 381–588（208 aa）片段：UNP residues 381-588	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 80 mM magnesium acetate, 14.5 % PEG 8,000	分辨率 3.20 Å R-free 0.281
4ZPV Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 2) 提交 2015-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 381–588（208 aa）片段：UNP residues 381-588	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 80 mM magnesium acetate, 14.5 % PEG 8,000	分辨率 3.20 Å R-free 0.281
4ZPW Structure of unbound MERS-CoV spike receptor-binding domain (England1 strain). 提交 2015-05-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 R 381–588（208 aa）片段：receptor-binding domain, UNP residues 381-588	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 10 % MPD, 29 % PEG 1,500	分辨率 3.02 Å R-free 0.259
4ZPW Structure of unbound MERS-CoV spike receptor-binding domain (England1 strain). 提交 2015-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 S 381–588（208 aa）片段：receptor-binding domain, UNP residues 381-588	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 10 % MPD, 29 % PEG 1,500	分辨率 3.02 Å R-free 0.259
6C6Y Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque in complex with MERS Receptor Binding Domain 提交 2018-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 381–588（208 aa）片段：Receptor Binding Domain residues 381-588	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；90 mM CHES pH 9.5, 18% PEG 8,000	分辨率 3.32 Å R-free 0.267
6C6Y Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque in complex with MERS Receptor Binding Domain 提交 2018-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 381–588（208 aa）片段：Receptor Binding Domain residues 381-588	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；90 mM CHES pH 9.5, 18% PEG 8,000	分辨率 3.32 Å R-free 0.267
7M55 B6 Fab fragment bound to the MERS-CoV spike stem helix peptide 提交 2021-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1230–1244（15 aa）片段：residues 1230-1244 of the spike glycoprotein	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Magnesium Chloride and 20% (w/v) PEG3350	分辨率 1.40 Å R-free 0.200
7X27 MERS-CoV spike complex 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 19–1229（1211 aa）链 I 19–1229（1211 aa）链 J 19–1229（1211 aa）	突变：H1020Q, V1060P, L1061P 突变：H1020Q, V1060P, L1061P 突变：H1020Q, V1060P, L1061P	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
8DGV Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC99.103 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1221–1247（27 aa）片段：stem helix domain, residues 1221-1247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295.15 K；19% (v/v) Isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) Glycerol, 0.095 M Sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.30 Å R-free 0.249
8DGX Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC68.109 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1221–1247（27 aa）片段：Stem helix domain, residues 1221-1247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.17 M Sodium acetate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris pH 8.5	分辨率 2.89 Å R-free 0.280
8DGX Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC68.109 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1221–1247（27 aa）片段：Stem helix domain, residues 1221-1247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.17 M Sodium acetate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris pH 8.5	分辨率 2.89 Å R-free 0.280
8XZ6 MERS-CoV S and radixin complex structure 提交 2024-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1334–1346（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.5, and 6% PEG 8000	分辨率 2.12 Å R-free 0.256
8XZ6 MERS-CoV S and radixin complex structure 提交 2024-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1334–1346（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.5, and 6% PEG 8000	分辨率 2.12 Å R-free 0.256
8XZ6 MERS-CoV S and radixin complex structure 提交 2024-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1334–1346（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.5, and 6% PEG 8000	分辨率 2.12 Å R-free 0.256
8XZ6 MERS-CoV S and radixin complex structure 提交 2024-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1334–1346（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Tris, pH 8.5, and 6% PEG 8000	分辨率 2.12 Å R-free 0.256
8Z4O MERS-CoV post-fusion S ectodomain trimer 提交 2024-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 752–1290（539 aa）链 B 752–1290（539 aa）链 C 752–1290（539 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å
8Z4T MERS-CoV S ectodomain trimer in complex with receptor DPP4-750E 提交 2024-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–1224（1206 aa）链 B 19–1224（1206 aa）链 C 19–1224（1206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
9IXV Cryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab 提交 2024-07-29	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–350（350 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å

共 12 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_CVEMC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–235； UniProt 367–601 作者链 B； PDB构建体 1–235； UniProt 367–601

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xak
沉积日期 deposition_date	2014-12-15
结构标题 title	Crystal structure of potent neutralizing antibody m336 in complex with MERS Co-V RBD
关键词 keywords	MERS-CoV RBD, antibody m336, neutralization, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.63 Å
零角强度 I(0) i0	289040000.00
分子量 molecular_weight	139610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	174560 Å³
包络体积 envelope_volume	254070 Å³
水化壳体积 shell_volume	46676 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.2 Å
壳层 Rg shell_rg	46.29 Å
包络 Rg envelope_rg	51.06 Å
形状 Rg shape_rg	51.59 Å
总 Rg total_rg	51.55 Å
总原子数 total_atoms	9813
残基数 n_residues	1262
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.1 Å
Rg (实空间) rg_real	51.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	288700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7227
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.469
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.539
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.654; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.428; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	27625.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10049

EAKPSGSVVEQAEGVECDFSPLLSGTPPQVYNFKRLVFTNCNYNLTKLLSLFSVNDFTCSQISPAAIASNCYSSLILDYFSYPLSMKSDLSVSSAGPISQFNYKQSFSNPTCLILATVPHNLTTITKPLKYSYINKCSRFLSDDRTEVPQLVNANQYSPCVSIVPSTVWEDGDYYRKQLSPLEGGGWLVASGSTVAMTEQLQMGFGITVQYGTDTNSVCPKLEFANDTKIASQLGGSLEVLFQGPGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human coronavirus EMC
通用名 common_name	HCoV-EMC
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1263720
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of neutralizing antibody m336
分子量 formula_weight	26525.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,D

QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSSYAISWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTASYAQKFQGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARVGYCSSTSCNRGAFDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTSGQAGHHHHHHGDYKDDDDKG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Light chain of neutralizing antibody m336
分子量 formula_weight	23211.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,E

DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQLNSYPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	236

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4xake1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4xake2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d4xakl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4xakl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4xakA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1840 — Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain

结构域编号 domain_id	4xakA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	210 — ubp-family deubiquitinating enzyme fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4xakB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1840 — Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain

结构域编号 domain_id	4xakB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	210 — ubp-family deubiquitinating enzyme fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4xakD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xakD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xakE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xakE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xakH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xakH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xakL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xakL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.795 Å
晶胞边长 b length_b	146.879 Å
晶胞边长 c length_c	200.508 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	45.449 Å
R 因子 r_factor	0.2008
R_work r_work	0.1982
R_free r_free	0.2491

fit	/app/data/saxs_computation/xa/4xak/4xak.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xa/4xak/4xak.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xa/4xak/4xak.dat

Crystal structure of potent neutralizing antibody m336 in complex with MERS Co-V RBD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)