4xmo

Crystal structure of c-Met in complex with (R)-5-(8-fluoro-3-(1-fluoro-1-(3-methoxyquinolin-6-yl)ethyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-6-yl)-3-methylisoxazole

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hepatocyte growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P08581

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1048–1350 片段:kinase domain (UNP residues 1048-1350) 46G 6-{(1R)-1-fluoro-1-[8-fluoro-6-(3-methyl-1,2-oxazol-5-yl)[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-3-yl]ethyl}-3-methoxyquinoline × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;12% PEG 4000, 100 mM HEPES, pH 7.8, 6% isopropanol, 3% ethanol, 40 mM beta-mercaptoethanol 分辨率 1.75 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 128 个其他 PDB 条目、166 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MET_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–303; UniProt 1048–1350

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4xmo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4xmo
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4xmo
沉积日期 deposition_date2015-01-14
结构标题 titleCrystal structure of c-Met in complex with (R)-5-(8-fluoro-3-(1-fluoro-1-(3-methoxyquinolin-6-yl)ethyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-6-yl)-3-methylisoxazole
关键词 keywordsreceptor tyrosine kinase, intracellular catalytic domain, Transferase-transferase inhibitor complex; Transferase/transferase inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.59
零角强度 I(0) i017790700.00
分子量 molecular_weight33178.0 kDa
排除体积 excluded_volume42083 ų
包络体积 envelope_volume48656 ų
水化壳体积 shell_volume20679 ų
包络直径 envelope_diameter66.2
壳层 Rg shell_rg26.12
包络 Rg envelope_rg19.94
形状 Rg shape_rg19.57
总 Rg total_rg20.58
总原子数 total_atoms2337
残基数 n_residues289
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.9
Rg (实空间) rg_real20.48
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41
I(0) (实空间) i0_real1.7790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17790000.0000
解质量估计 total_estimate0.7954
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.3
偏度 Skewness skewness0.273
峰度 Kurtosis kurtosis-0.368
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6113000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4xmoa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4xmoA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4xmoA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)