SAXSdb — 4xoc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FimH protein

Escherichia coli O6:K15:H31

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–183	片段：UNP residues 25-183	KGM heptyl alpha-D-mannopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；17 % PEG2000MME, 0.1M Hepes pH 7.5	分辨率 1.42 Å R-free 0.174
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 25–183	片段：UNP residues 25-183	KGM heptyl alpha-D-mannopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；17 % PEG2000MME, 0.1M Hepes pH 7.5	分辨率 1.42 Å R-free 0.174

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4XOC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JWN Complex of FimC, FimF, FimG and FimH 提交 2009-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 25–303（279 aa）片段：UNP residues 25-303	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.1；293 K；1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.69 Å R-free 0.272
3JWN Complex of FimC, FimF, FimG and FimH 提交 2009-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 25–303（279 aa）片段：UNP residues 25-303	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.1；293 K；1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.69 Å R-free 0.272
4XOD Crystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli F18 提交 2015-01-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–303（279 aa）片段：UNP residues 25-303	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M BisTris-HCl pH 5.5	分辨率 1.14 Å R-free 0.159
4XOE Crystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli F18 with bound heptyl alpha-D-mannopyrannoside 提交 2015-01-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–303（279 aa）片段：UNP residues 25-303	未记录	KGM heptyl alpha-D-mannopyranoside × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30 % (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium acetate pH 6.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.179

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q0T8Y8_ECOL5
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–159； UniProt 25–183 作者链 B； PDB构建体 1–159； UniProt 25–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xoc
沉积日期 deposition_date	2015-01-16
结构标题 title	Crystal structure of the FimH lectin domain from E.coli F18 in complex with heptyl alpha-D-mannopyrannoside
关键词 keywords	type I pilus, catch-bond, cell adhesion, lectin, UPEC, bacterial adhesin, UTI, mannose, isomerase; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.06 Å
零角强度 I(0) i0	19484000.00
分子量 molecular_weight	34355.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43224 Å³
包络体积 envelope_volume	50192 Å³
水化壳体积 shell_volume	19290 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.3 Å
壳层 Rg shell_rg	28.42 Å
包络 Rg envelope_rg	22.99 Å
形状 Rg shape_rg	23.05 Å
总 Rg total_rg	23.75 Å
总原子数 total_atoms	4806
残基数 n_residues	317
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.3 Å
Rg (实空间) rg_real	23.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8913
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	76.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.318
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.618
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3803000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.884; Smooth: 0.970

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FimH protein
分子量 formula_weight	16945.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5540

FACKTANGTAIPIGGGSANVYVNLAPAVNVGQNLVVDLSTQIFCHNDYPETITDYVTLQRGSAYGGVLSSFSGTVKYNGSSYPFPTTSETPRVVYNSRTDKPWPVALYLTPVSSAGGVAIKAGSLIAVLILRQTNNYNSDDFQFVWNIYANNDVVVPTG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O6:K15:H31
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	362663
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	heptyl alpha-D-mannopyranoside
分子量 formula_weight	278.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	596

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4xoca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family family	b.2.3.2 — Pilus subunits

结构域编号 domain_id	d4xocb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family family	b.2.3.2 — Pilus subunits

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4xocA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1090 — Fimbrial-type adhesion domain

结构域编号 domain_id	4xocB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1090 — Fimbrial-type adhesion domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	140.070 Å
晶胞边长 b length_b	176.056 Å
晶胞边长 c length_c	28.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.420 Å
最低分辨率 resolution_low	54.806 Å
R 因子 r_factor	0.1496
R_work r_work	0.1483
R_free r_free	0.1745

fit	/app/data/saxs_computation/xo/4xoc/4xoc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xo/4xoc/4xoc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xo/4xoc/4xoc.dat

Crystal structure of the FimH lectin domain from E.coli F18 in complex with heptyl alpha-D-mannopyrannoside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FimH protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction