← 返回搜索
4xod

Crystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli F18

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.0 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FimG protein

Escherichia coli

UniProt Q0T8Y9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 24–37 片段：UNP residues 24-37 FimH protein × 1 （Q0T8Y8） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M BisTris-HCl pH 5.5 分辨率 1.14 Å R-free 0.159

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4XOD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4XOE Crystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli F18 with bound heptyl alpha-D-mannopyrannoside 提交 2015-01-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–37（14 aa） 片段：UNP residues 24-37
未记录 KGM heptyl alpha-D-mannopyranoside × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30 % (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium acetate pH 6.5
分辨率 2.40 Å R-free 0.179

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q0T8Y9_ECOL5
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–14； UniProt 24–37

FimH protein

Escherichia coli

UniProt Q0T8Y8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–303 片段：UNP residues 25-303 FimG protein × 1 （Q0T8Y9） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M BisTris-HCl pH 5.5 分辨率 1.14 Å R-free 0.159

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4XOD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JWN Complex of FimC, FimF, FimG and FimH 提交 2009-09-18 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 H 25–303（279 aa） 片段：UNP residues 25-303
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.1；293 K；1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.69 Å R-free 0.272
3JWN Complex of FimC, FimF, FimG and FimH 提交 2009-09-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 N 25–303（279 aa） 片段：UNP residues 25-303
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.1；293 K；1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.69 Å R-free 0.272
4XOC Crystal structure of the FimH lectin domain from E.coli F18 in complex with heptyl alpha-D-mannopyrannoside 提交 2015-01-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–183（159 aa） 片段：UNP residues 25-183
未记录 KGM heptyl alpha-D-mannopyranoside × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；17 % PEG2000MME, 0.1M Hepes pH 7.5
分辨率 1.42 Å R-free 0.174
4XOC Crystal structure of the FimH lectin domain from E.coli F18 in complex with heptyl alpha-D-mannopyrannoside 提交 2015-01-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 25–183（159 aa） 片段：UNP residues 25-183
未记录 KGM heptyl alpha-D-mannopyranoside × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；17 % PEG2000MME, 0.1M Hepes pH 7.5
分辨率 1.42 Å R-free 0.174
4XOE Crystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli F18 with bound heptyl alpha-D-mannopyrannoside 提交 2015-01-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–303（279 aa） 片段：UNP residues 25-303
未记录 KGM heptyl alpha-D-mannopyranoside × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30 % (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium acetate pH 6.5
分辨率 2.40 Å R-free 0.179

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q0T8Y8_ECOL5
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–279； UniProt 25–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4xod

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4xod
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4xod
沉积日期 deposition_date2015-01-16
结构标题 titleCrystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli F18
关键词 keywordstype I pilus, catch-bond, cell adhesion, lectin, UPEC, bacterial adhesin, UTI, mannose; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.29 Å
零角强度 I(0) i015688900.00
分子量 molecular_weight30309.0 kDa
排除体积 excluded_volume37968 ų
包络体积 envelope_volume45799 ų
水化壳体积 shell_volume16968 ų
包络直径 envelope_diameter93.7 Å
壳层 Rg shell_rg29.44 Å
包络 Rg envelope_rg25.50 Å
形状 Rg shape_rg25.31 Å
总 Rg total_rg25.73 Å
总原子数 total_atoms4231
残基数 n_residues292
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.0 Å
Rg (实空间) rg_real26.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15690000.0000
解质量估计 total_estimate0.7609
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.1 Å
偏度 Skewness skewness0.554
峰度 Kurtosis kurtosis-0.431
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2864000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.547; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.333; Smooth: 0.914
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4xoda1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits
结构域编号 domain_idd4xoda2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4xodA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id4xodA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)