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4xt1

Structure of a nanobody-bound viral GPCR bound to human chemokine CX3CL1

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G-protein coupled receptor homolog US28

Cytomegalovirus

UniProt P69332

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–354 未记录 Fractalkine × 1 （P78423） nanobody 7 × 1 CLR CHOLESTEROL × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 6 UNL UNKNOWN LIGAND × 7 SIN SUCCINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.3；293 K；PEG 300, MES, sodium succinate, polypropylene glycol 400 分辨率 2.89 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4XT1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4XT3 Structure of a viral GPCR bound to human chemokine CX3CL1 提交 2015-01-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–354（354 aa）
未记录 UNL UNKNOWN LIGAND × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.4；293 K；PEG 300, HEPES, ammonium phosphate
分辨率 3.80 Å R-free 0.322
7RKF Structure of CX3CL1-US28-G11iN18-scFv16 in TL-state 提交 2021-07-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 1–354（354 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；1 s blotting before plunging
分辨率 4.00 Å
7RKM Structure of CX3CL1-US28-Gi-scFv16 in C-state 提交 2021-07-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 1–354（354 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；1 s blotting before plunging
分辨率 3.50 Å
7RKN Structure of CX3CL1-US28-Gi-scFv16 in OC-state 提交 2021-07-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 1–354（354 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；1 s blotting before plunging
分辨率 3.60 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 US28_HCMVA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 9–362； UniProt 1–354

Fractalkine

Homo sapiens

UniProt P78423

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 25–101 片段：UNP residues 25-101 突变：N9A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） G-protein coupled receptor homolog US28 × 1 （P69332） nanobody 7 × 1 CLR CHOLESTEROL × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 6 UNL UNKNOWN LIGAND × 7 SIN SUCCINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.3；293 K；PEG 300, MES, sodium succinate, polypropylene glycol 400 分辨率 2.89 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4XT1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B2T SOLUTION STRUCTURE OF THE CX3C CHEMOKINE DOMAIN OF FRACTALKINE 提交 1998-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–100（76 aa） 片段：CHEMOKINE DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；295.5 K；压力 1
分辨率未提供
1F2L CRYSTAL STRUCTURE OF CHEMOKINE DOMAIN OF FRACTALKINE 提交 2000-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 25–100（76 aa） 片段：CHEMOKINE DOMAIN
链 B 25–100（76 aa） 片段：CHEMOKINE DOMAIN
链 C 25–100（76 aa） 片段：CHEMOKINE DOMAIN
链 D 25–100（76 aa） 片段：CHEMOKINE DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；sodium formate, disodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.321
4XT3 Structure of a viral GPCR bound to human chemokine CX3CL1 提交 2015-01-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 25–101（77 aa） 片段：UNP residues 25-101
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） UNL UNKNOWN LIGAND × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.4；293 K；PEG 300, HEPES, ammonium phosphate
分辨率 3.80 Å R-free 0.322
7RKF Structure of CX3CL1-US28-G11iN18-scFv16 in TL-state 提交 2021-07-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 25–101（77 aa） 片段：UNP residues 25-101
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；1 s blotting before plunging
分辨率 4.00 Å
7RKM Structure of CX3CL1-US28-Gi-scFv16 in C-state 提交 2021-07-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 25–101（77 aa） 片段：UNP residues 25-101
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；1 s blotting before plunging
分辨率 3.50 Å
7RKN Structure of CX3CL1-US28-Gi-scFv16 in OC-state 提交 2021-07-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 25–101（77 aa） 片段：UNP residues 25-101
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；1 s blotting before plunging
分辨率 3.60 Å
7XBX Cryo-EM structure of the human chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 and Gi1 提交 2022-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 25–100（76 aa）
突变：G35C,I222L,L278C,C323S,M352V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 X3CL1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–77； UniProt 25–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4xt1
沉积日期 deposition_date2015-01-22
结构标题 titleStructure of a nanobody-bound viral GPCR bound to human chemokine CX3CL1
关键词 keywordsGPCR, chemokine, membrane protein, complex, VIRAL PROTEIN-SIGNALLING PROTEIN complex; VIRAL PROTEIN/SIGNALLING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd4xt1b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamilyd.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family familyd.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines
结构域编号 domain_idd4xt1c1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd4xt1c2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4xt1A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
结构域编号 domain_id4xt1B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
结构域编号 domain_id4xt1C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (0)