SAXSdb — 4xt3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G-protein coupled receptor homolog US28

Cytomegalovirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–354	未记录	Fractalkine × 1 （P78423） ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 UNL UNKNOWN LIGAND × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.4；293 K；PEG 300, HEPES, ammonium phosphate	分辨率 3.80 Å R-free 0.322

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4XT3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4XT1 Structure of a nanobody-bound viral GPCR bound to human chemokine CX3CL1 提交 2015-01-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–354（354 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 6 UNL UNKNOWN LIGAND × 7 SIN SUCCINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.3；293 K；PEG 300, MES, sodium succinate, polypropylene glycol 400	分辨率 2.89 Å R-free 0.249
7RKF Structure of CX3CL1-US28-G11iN18-scFv16 in TL-state 提交 2021-07-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–354（354 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；1 s blotting before plunging	分辨率 4.00 Å
7RKM Structure of CX3CL1-US28-Gi-scFv16 in C-state 提交 2021-07-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–354（354 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；1 s blotting before plunging	分辨率 3.50 Å
7RKN Structure of CX3CL1-US28-Gi-scFv16 in OC-state 提交 2021-07-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–354（354 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；1 s blotting before plunging	分辨率 3.60 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	US28_HCMVA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–362； UniProt 1–354

Fractalkine

Homo sapiens

UniProt P78423

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 25–101	片段：UNP residues 25-101 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	G-protein coupled receptor homolog US28 × 1 （P69332） ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 UNL UNKNOWN LIGAND × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.4；293 K；PEG 300, HEPES, ammonium phosphate	分辨率 3.80 Å R-free 0.322

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4XT3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B2T SOLUTION STRUCTURE OF THE CX3C CHEMOKINE DOMAIN OF FRACTALKINE 提交 1998-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–100（76 aa）片段：CHEMOKINE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；295.5 K；压力 1	分辨率未提供
1F2L CRYSTAL STRUCTURE OF CHEMOKINE DOMAIN OF FRACTALKINE 提交 2000-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–100（76 aa）片段：CHEMOKINE DOMAIN 链 B 25–100（76 aa）片段：CHEMOKINE DOMAIN 链 C 25–100（76 aa）片段：CHEMOKINE DOMAIN 链 D 25–100（76 aa）片段：CHEMOKINE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；sodium formate, disodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.321
4XT1 Structure of a nanobody-bound viral GPCR bound to human chemokine CX3CL1 提交 2015-01-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 25–101（77 aa）片段：UNP residues 25-101	突变：N9A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CLR CHOLESTEROL × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 6 UNL UNKNOWN LIGAND × 7 SIN SUCCINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.3；293 K；PEG 300, MES, sodium succinate, polypropylene glycol 400	分辨率 2.89 Å R-free 0.249
7RKF Structure of CX3CL1-US28-G11iN18-scFv16 in TL-state 提交 2021-07-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 25–101（77 aa）片段：UNP residues 25-101	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；1 s blotting before plunging	分辨率 4.00 Å
7RKM Structure of CX3CL1-US28-Gi-scFv16 in C-state 提交 2021-07-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 25–101（77 aa）片段：UNP residues 25-101	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；1 s blotting before plunging	分辨率 3.50 Å
7RKN Structure of CX3CL1-US28-Gi-scFv16 in OC-state 提交 2021-07-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 25–101（77 aa）片段：UNP residues 25-101	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；1 s blotting before plunging	分辨率 3.60 Å
7XBX Cryo-EM structure of the human chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 and Gi1 提交 2022-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 25–100（76 aa）	突变：G35C,I222L,L278C,C323S,M352V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	X3CL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–77； UniProt 25–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xt3
沉积日期 deposition_date	2015-01-22
结构标题 title	Structure of a viral GPCR bound to human chemokine CX3CL1
关键词 keywords	GPCR, chemokine, membrane protein, complex, VIRAL PROTEIN-CYTOKINE complex, VIRAL PROTEIN-SIGNALLING PROTEIN complex; VIRAL PROTEIN/SIGNALLING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	G-protein coupled receptor homolog US28
分子量 formula_weight	42041.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2774

DYKDDDDAMTPTTTTAELTTEFDYDEDATPCVFTDVLNQSKPVTLFLYGVVFLFGSIGNFLVIFTITWRRRIQCSGDVYFINLAAADLLFVCTLPLWMQYLLDHNSLASVPCTLLTACFYVAMFASLCFITEIALDRYYAIVYMRYRPVKQACLFSIFWWIFAVIIAIPHFMVVTKKDNQCMTDYDYLEVSYPIILNVELMLGAFVIPLSVISYCYYRISRIVAVSQSRHKGRIVRVLIAVVLVFIIFWLPYHLTLFVDTLKLLKWISSSCEFERSLKRALILTESLAFCHCCLNPLLYVFVGTKFRQELHCLLAEFRQRLFSRDVSWYHSMSFSRRSSPSRRETSSDTLSDEVCRVSQIIP

来源 Source

来源生物 organism	Cytomegalovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10358
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fractalkine
分子量 formula_weight	10013.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QHHGVTKCNITCSKMTSKIPVALLIHYQQNQASCGKRAIILETRQHRLFCADPKEQWVKDAMQHLDRQAAALTRNGGSGSGSAAALEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	627.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4xt3A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	4xt3B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.900 Å
晶胞边长 b length_b	192.700 Å
晶胞边长 c length_c	94.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.801 Å
最低分辨率 resolution_low	48.920 Å
R 因子 r_factor	0.2878
R_work r_work	0.2835
R_free r_free	0.3221

Structure of a viral GPCR bound to human chemokine CX3CL1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G-protein coupled receptor homolog US28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fractalkine

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (0)