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4y2a

Crystal Structure of Coxsackie Virus B3 3D polymerase in complex with GPC-N114 inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.1 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3D polymerase

Coxsackievirus B3

UniProt P03313

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1724–2185 未记录 1FS 2,2'-[(4-chlorobenzene-1,2-diyl)bis(oxy)]bis(5-nitrobenzonitrile) × 1 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50 mM Tris pH 7.5, 24.5% (w/v) glycerol, 1.29 M ammonium sulfate. 分辨率 2.90 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4Y2A Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3CDU Crystal structure of coxsackievirus B3 RNA-dependent RNA polymerase (3Dpol) in complex with a pyrophosphate 提交 2008-02-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1724–2185（462 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 6 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 GOL GLYCEROL × 30 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；2M ammonium sulfate, 0.1M CAPS, 0.2M lithium sulfate, pH 10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.220
3CDW Crystal structure of coxsackievirus B3 RNA-dependent RNA polymerase (3Dpol) in complex with protein primer VPg and a pyrophosphate 提交 2008-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1724–2185（462 aa）
链 H 1519–1540（22 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 7 ACT ACETATE ION × 6 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 GOL GLYCEROL × 27 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；2M ammonium sulfate, 0.1M CAPS, 0.2M lithium sulfate, pH 10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.220
4WFX Coxsackievirus B3 Polymerase - F232L Mutant - NaCl Crystal Form 提交 2014-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1724–2185（462 aa） 片段：unp residues 1724-2185
突变：F232L NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；0.085 M HEPES, 3.655 M NaCl, 15% Glycerol
分辨率 1.81 Å R-free 0.233
4WFY Coxsackievirus B3 Polymerase - F232L Mutant - AmSO4 Crystal Form 提交 2014-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1724–2185（462 aa） 片段：unp residues 1724-2185
突变：F232L GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；0.085 M Tris, 1.275 M Ammonium Sulfate , 25% Glycerol
分辨率 2.06 Å R-free 0.220
4WFZ Coxsackievirus B3 3Dpol RNA Dependent RNA Polymerase - NaCl Crystal Form 提交 2014-09-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1724–2185（462 aa） 片段：unp residues 1724-2185
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；0.085 M HEPES, 3.6 M NaCl , 15% Glycerol
分辨率 1.80 Å R-free 0.231
6GZV Identification of a druggable VP1-VP3 interprotomer pocket in the capsid of enteroviruses 提交 2018-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 FHK 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 60 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6ZCL Coxsackievirus B3 in complex with capsid binder compound 17 提交 2020-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 A 583–851（269 aa）
链 B 79–330（252 aa）
链 C 333–569（237 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 FHK 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6ZCL Coxsackievirus B3 in complex with capsid binder compound 17 提交 2020-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 583–851（269 aa）
链 B 79–330（252 aa）
链 C 333–569（237 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 FHK 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6ZCL Coxsackievirus B3 in complex with capsid binder compound 17 提交 2020-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 583–851（269 aa）
链 B 79–330（252 aa）
链 C 333–569（237 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 FHK 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6ZCL Coxsackievirus B3 in complex with capsid binder compound 17 提交 2020-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 583–851（269 aa）
链 B 79–330（252 aa）
链 C 333–569（237 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 FHK 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6ZCL Coxsackievirus B3 in complex with capsid binder compound 17 提交 2020-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 583–851（269 aa）
链 B 79–330（252 aa）
链 C 333–569（237 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 FHK 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7LMS Structure of human SetD3 methyl-transferase in complex with 2A protease from Coxsackievirus B3 提交 2021-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 855–1001（147 aa）
突变：C107A ZN ZINC ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7QUW CVB3-3Cpro in complex with inhibitor MG-78 提交 2022-01-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 AAA 1541–1720（180 aa）
未记录 I70 (1R,2S,5S)-N-{(2S,3R)-4-amino-3-hydroxy-4-oxo-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]butan-2-yl}-3-[N-(tert-butylcarbamoyl)-3-methyl-L-valyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.6；293 K；0.2 M MgCl2 0.1M Tris-HCl pH 8.6 25% PEG 3350
分辨率 1.65 Å R-free 0.279
7VXH Coxsackievirus B3 full particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
7VXH Coxsackievirus B3 full particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
7VXH Coxsackievirus B3 full particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
7VXH Coxsackievirus B3 full particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
7VXH Coxsackievirus B3 full particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
7VXL Coxsackievirus B3 A-particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7VXL Coxsackievirus B3 A-particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7VXL Coxsackievirus B3 A-particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7VXL Coxsackievirus B3 A-particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7VXL Coxsackievirus B3 A-particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7VXN Coxsackievirus B3 Empty particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
7VXN Coxsackievirus B3 Empty particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
7VXN Coxsackievirus B3 Empty particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
7VXN Coxsackievirus B3 Empty particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
7VXN Coxsackievirus B3 Empty particle at pH7.4 (VP3-234Q) 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
7VXZ Coxsackievirus B3 at pH7.4 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min 提交 2021-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.19 Å
7VXZ Coxsackievirus B3 at pH7.4 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min 提交 2021-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.19 Å
7VXZ Coxsackievirus B3 at pH7.4 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min 提交 2021-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.19 Å
7VXZ Coxsackievirus B3 at pH7.4 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min 提交 2021-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.19 Å
7VXZ Coxsackievirus B3 at pH7.4 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min 提交 2021-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 571–854（284 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.19 Å
7VY5 Coxsackievirus B3 (VP3-234Q) incubation with CD55 at pH7.4 提交 2021-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric
链 A 583–850（268 aa）
链 B 77–332（256 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
7VY5 Coxsackievirus B3 (VP3-234Q) incubation with CD55 at pH7.4 提交 2021-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 583–850（268 aa）
链 B 77–332（256 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
7VY5 Coxsackievirus B3 (VP3-234Q) incubation with CD55 at pH7.4 提交 2021-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric
链 A 583–850（268 aa）
链 B 77–332（256 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
7VY5 Coxsackievirus B3 (VP3-234Q) incubation with CD55 at pH7.4 提交 2021-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 583–850（268 aa）
链 B 77–332（256 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
7VY5 Coxsackievirus B3 (VP3-234Q) incubation with CD55 at pH7.4 提交 2021-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 583–850（268 aa）
链 B 77–332（256 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
7VYK Coxsackievirus B3 at pH7.4 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 10min 提交 2021-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric
链 A 583–849（267 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
7VYK Coxsackievirus B3 at pH7.4 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 10min 提交 2021-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 583–849（267 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
7VYK Coxsackievirus B3 at pH7.4 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 10min 提交 2021-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric
链 A 583–849（267 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
7VYK Coxsackievirus B3 at pH7.4 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 10min 提交 2021-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 583–849（267 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
7VYK Coxsackievirus B3 at pH7.4 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 10min 提交 2021-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 583–849（267 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
7VYL Coxsackievirus B3 at pH5.5 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min 提交 2021-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric
链 A 571–851（281 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
7VYL Coxsackievirus B3 at pH5.5 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min 提交 2021-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 571–851（281 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
7VYL Coxsackievirus B3 at pH5.5 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min 提交 2021-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric
链 A 571–851（281 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
7VYL Coxsackievirus B3 at pH5.5 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min 提交 2021-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 571–851（281 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
7VYL Coxsackievirus B3 at pH5.5 (VP3-234Q) incubation with coxsackievirus and adenovirus receptor for 20min 提交 2021-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 571–851（281 aa）
链 B 70–332（263 aa）
链 C 333–570（238 aa）
链 D 1–69（69 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
8S6F A Structural Investigation of the Interaction between a GC-376-Based Peptidomimetic PROTAC and Its Precursor with the Viral Main Protease of Coxsackievirus B3 提交 2024-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1541–1720（180 aa）
未记录 VQR methyl (4~{S})-4-[[(2~{S})-4-methyl-2-(phenylmethoxycarbonylamino)pentanoyl]amino]-5-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]pentanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M MgCl2, 26% PEG4000
分辨率 1.93 Å R-free 0.264
9D9O Crystal structure of CVB3 replication-linked RNA stem-loop D in complex with 3C protein 提交 2024-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1541–1723（183 aa）
链 B 1541–1723（183 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291.15 K；DL-Malic Acid, PEG 3350
分辨率 2.41 Å R-free 0.238
9D9P Crystal structure of CVB3 replication-linked RNA in complex with 3C protein 提交 2024-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1541–1723（183 aa）
链 B 1541–1723（183 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291.15 K；Glycerol, Bis-Tris, Ammonium Sulfate
分辨率 2.69 Å R-free 0.232
9DCF Structure of Coxsackievirus B3 cloverleaf RNA in complex with 3Cpro dimer 提交 2024-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1541–1723（183 aa） 片段：UNP residues 1541-1723
链 B 1541–1723（183 aa） 片段：UNP residues 1541-1723
突变：C147A,G55A,D58A,V63A 突变：C147A,G55A,D58A,V63A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；8% v/v Tacsimate, pH 6.0, 25% w/v PEG3350
分辨率 2.87 Å R-free 0.273

共 20 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_CXB3N
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–462； UniProt 1724–2185

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4y2a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4y2a
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4y2a
沉积日期 deposition_date2015-02-09
结构标题 titleCrystal Structure of Coxsackie Virus B3 3D polymerase in complex with GPC-N114 inhibitor
关键词 keywordsPolymerase, Picornavirus, Coxsackievirus, GPC-N114, inhibitor, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.11 Å
零角强度 I(0) i048789000.00
分子量 molecular_weight54193.0 kDa
排除体积 excluded_volume67819 ų
包络体积 envelope_volume83863 ų
水化壳体积 shell_volume29526 ų
包络直径 envelope_diameter74.0 Å
壳层 Rg shell_rg30.68 Å
包络 Rg envelope_rg22.88 Å
形状 Rg shape_rg23.10 Å
总 Rg total_rg24.00 Å
总原子数 total_atoms3807
残基数 n_residues466
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.1 Å
Rg (实空间) rg_real24.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real4.8790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal48790000.0000
解质量估计 total_estimate0.9089
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary71.0 Å
偏度 Skewness skewness0.040
峰度 Kurtosis kurtosis-0.573
角度范围 angular_range— – 0.3300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12940000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.977
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4y2aa1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamilye.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family familye.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase
结构域编号 domain_idd4y2aa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4y2aA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id4y2aA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)