SAXSdb — 4yc4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha,Lysozyme,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	[(1S,3S,4S)-3-(6-amino-9H-purin-9-yl)bicyclo[2.2.1]hept-1-yl]methanol × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D9IEF7_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 105–267； UniProt 2–164

Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha,Lysozyme,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha

Homo sapiens

UniProt Q9BTU6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	[(1S,3S,4S)-3-(6-amino-9H-purin-9-yl)bicyclo[2.2.1]hept-1-yl]methanol × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P4K2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–101； UniProt 76–172 作者链 A； PDB构建体 268–556； UniProt 180–468

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4yc4
沉积日期 deposition_date	2015-02-19
结构标题 title	Crystal structure of phosphatidyl inositol 4-kinase II alpha in complex with nucleotide analog
关键词 keywords	Kinase, Complex, Inhibitor, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4yc4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4yc4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4yc4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.12 Å
Rg（电子密度）	27.44 Å
总 Rg	28.26 Å
原子数	3940
残基数	486
排除体积	69950 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4yc4__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha,Lysozyme,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha
分子量 formula_weight	63240.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.67,3.2.1.17,2.7.1.67
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3943

GAMGTVAAQAQALAAQAAAAAHAAQAHRERNEFPEDPEFEAVVRQAELAIERCIFPERIYQGSSGSYFVKDPQGRIIAVFKPKNEEPYGHLNPKWTKWLQKGTGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLGRDCLVLNQGYLSEAGASLVDQKLELNIVPRTKVVYLASETFNYSAIDRVKSRGKRLALEKVPKVGQRFNRIGLPPKVGSFQLFVEGYKDADYWLRRFEAEPLPENTNRQLLLQFERLVVLDYIIRNTDRGNDNWLIKYDCPMDSSSSRDTDWVVVKEPVIKVAAIDNGLAFPLKHPDSWRAYPFYWAWLPQAKVPFSQEIKDLILPKISDPNFVKDLEEDLYELFKKDPGFDRGQFHKQIAVMRGQILNLTQALKDNKSPLHLVQMPPVIVETARSHQRSSSESYTQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	[(1S,3S,4S)-3-(6-amino-9H-purin-9-yl)bicyclo[2.2.1]hept-1-yl]methanol
分子量 formula_weight	259.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	79.414 Å
晶胞边长 b length_b	103.770 Å
晶胞边长 c length_c	78.109 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.580 Å
最低分辨率 resolution_low	49.068 Å
R 因子 r_factor	0.2162
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2558

Crystal structure of phosphatidyl inositol 4-kinase II alpha in complex with nucleotide analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha,Lysozyme,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha,Lysozyme,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4yc4__assembly_1__model_1

4yc4__assembly_1__model_1 | I(q)

4yc4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of phosphatidyl inositol 4-kinase II alpha in complex with nucleotide analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha,Lysozyme,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha,Lysozyme,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4yc4__assembly_1__model_1

4yc4__assembly_1__model_1 | I(q)

4yc4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)