SAXSdb — 4ycg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone Morphogenetic Protein 9 Growth Factor Domain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–318 链 B； UniProt 23–318	未记录	Bone Morphogenetic Protein 9 Prodomain × 2 （Q9UK05） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；0.15 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.8, 4% isopropanol, 0.15 M nondetergent sulfobetaine (NDSB-211)	分辨率 3.30 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4YCG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4YCI non-latent pro-bone morphogenetic protein 9 提交 2015-02-20	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–318（296 aa）链 B 23–318（296 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；0.15 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.8, 4% isopropanol, 0.15 M nondetergent sulfobetaine (NDSB-211)	分辨率 3.25 Å R-free 0.260

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GDF2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–296； UniProt 23–318 作者链 B； PDB构建体 1–296； UniProt 23–318

Bone Morphogenetic Protein 9 Prodomain

Homo sapiens

UniProt Q9UK05

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 320–429 链 D； UniProt 320–429	未记录	Bone Morphogenetic Protein 9 Growth Factor Domain × 2 （Q9WV56） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；0.15 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.8, 4% isopropanol, 0.15 M nondetergent sulfobetaine (NDSB-211)	分辨率 3.30 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4YCG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZKZ Crystal Structure of BMP9 提交 2005-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）片段：Growth/differentiation factor 2, residues 320-429	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；1-1.2 M Sodium Chloride, 7-10 mM Hexadecyltrimethylammonium Bromide 10 mM Magnesium Chloride, pH 7.5, temperature 296K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.33 Å R-free 0.272
4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 320–429（110 aa）链 B 320–429（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.36 Å R-free 0.261
4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 320–429（110 aa）链 H 320–429（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.36 Å R-free 0.261
4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 M 320–429（110 aa）链 N 320–429（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.36 Å R-free 0.261
4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 S 320–429（110 aa）链 T 320–429（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.36 Å R-free 0.261
4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 a 320–429（110 aa）链 b 320–429（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.36 Å R-free 0.261
4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 g 320–429（110 aa）链 h 320–429（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.36 Å R-free 0.261
4MPL Crystal structure of BMP9 at 1.90 Angstrom 提交 2013-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 321–429（109 aa）片段：UNP residues 321-429	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；0.12M magnesium nitrate, 12% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
4YCI non-latent pro-bone morphogenetic protein 9 提交 2015-02-20	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 320–429（110 aa）链 D 320–429（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；0.15 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.8, 4% isopropanol, 0.15 M nondetergent sulfobetaine (NDSB-211)	分辨率 3.25 Å R-free 0.260
5HZW Crystal structure of the orphan region of human endoglin/CD105 in complex with BMP9 提交 2016-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 320–429（110 aa）片段：UNP residues 320-429	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.1 M AMMONIUM TARTRATE	分辨率 4.45 Å R-free 0.318
5I05 Crystal structure of human BMP9 at 1.87 A resolution 提交 2016-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）片段：UNP residues 320-429	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；293 K；1.0 M LiCl, 4% (v/v) PEG6000, 0.1 M NA-CITRATE	分辨率 1.87 Å R-free 0.233
6SF2 Ternary complex of human bone morphogenetic protein 9 (BMP9) growth factor domain, its prodomain and extracellular domain of activin receptor-like kinase 1 (ALK1). 提交 2019-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 320–429（110 aa）链 C 23–319（297 aa）链 E 320–429（110 aa）链 F 23–319（297 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.14 M potassium sodium tartrate, 14% PEG 3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
9DPM BMP-9 Monomer Growth Factor with Cysteinylation 提交 2024-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 320–429（110 aa）	突变：A321S	CYS CYSTEINE × 1 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289.15 K；0.9 M sodium chloride, 133 mM HEPES, 166 mM MES	分辨率 1.90 Å R-free 0.242
9DPN BMP-9 Wild-Type Dimer Without Radiation Damage in Neutral pH 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）	突变：A321S	GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；1M NaCl, 17% Glycerol, 0.1 M HEPEs pH 7.5	分辨率 2.24 Å R-free 0.206
9DPO BMP-9 Wild-Type Dimer With Radiation Damage in Neutral pH 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）	突变：A321S	CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；1M NaCl, 17% Glycerol, 0.1 M HEPEs pH 7.5	分辨率 2.34 Å R-free 0.245
9DPP BMP-9 Wild-Type Dimer in Acidic pH 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）	突变：A321S	GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 18 NA SODIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；289.15 K；1M NaCl, 3.5% PEG8K, 0.3M Citrate pH 3.5	分辨率 2.12 Å R-free 0.258
9DPQ BMP-9 Wild-Type Dimer without Radiation Damage in Acidic pH 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）	突变：A321S	GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 20 NA SODIUM ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；289.15 K；1M NaCl, 3.5% PEG8K, 0.3M Sodium Citrate pH 3.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
9DPR BMP-9 Wild-Type Dimer with Radiation Damage in Acidic pH 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）	突变：A321S	GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 20 NA SODIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；289.15 K；1M NaCl, 3.5% PEG8K, 0.3M Sodium Citrate pH 3.5	分辨率 2.61 Å R-free 0.266
9DPS BMP-9 G389S Dimer Without Radiation Damage in Neutral pH 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）	突变：A321S, G389S	CL CHLORIDE ION × 12 NA SODIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；1M NaCl, 22-26% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.06 Å R-free 0.249
9DPT BMP-9 G389S Dimer With Radiation Damage in Neutral pH 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）	突变：A321S, G389S	CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；1M NaCl, 22-26% glycerol, 0.1 M HEPEs pH 7.5	分辨率 2.49 Å R-free 0.279
9DPU BMP-9 G389S Dimer in Acidic pH 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）	突变：A321S, G389S	CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；1M NaCl, 0.1M Acetic Acid pH 4, 27% Glycerol	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
9DPV BMP-9 K357R G389S Dimer Without Radiation Damage in Neutral pH 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）	突变：A321S, K357R, G389S	GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；1M NaCl, 22-26% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.99 Å R-free 0.265
9DPW BMP-9 K357R G389S Dimer With Radiation Damage in Neutral pH 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）	突变：A321S, K357R, G389S	GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 18 NA SODIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289.15 K；1M NaCl, 22-26% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.71 Å R-free 0.299
9DPX BMP-9 G389S K357R Dimer in Acidic pH 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–429（110 aa）	突变：A321S, K357R, G389S	GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 12 NA SODIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；1M NaCl , 0.1M Acetic Acid pH 4, 32% Glycerol	分辨率 2.10 Å R-free 0.268

共 19 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GDF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–110； UniProt 320–429 作者链 D； PDB构建体 1–110； UniProt 320–429

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ycg
沉积日期 deposition_date	2015-02-20
结构标题 title	Pro-bone morphogenetic protein 9
关键词 keywords	pro-BMP complex, morphogen, transforming growth factor-beta family, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.86 Å
零角强度 I(0) i0	79986000.00
分子量 molecular_weight	69806.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86275 Å³
包络体积 envelope_volume	118620 Å³
水化壳体积 shell_volume	28033 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.0 Å
壳层 Rg shell_rg	40.40 Å
包络 Rg envelope_rg	37.55 Å
形状 Rg shape_rg	37.82 Å
总 Rg total_rg	38.13 Å
总原子数 total_atoms	4868
残基数 n_residues	606
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.4 Å
Rg (实空间) rg_real	38.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	79960000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7662
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.493
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.512
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6942000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.641; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.510; Smooth: 0.523

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bone Morphogenetic Protein 9 Growth Factor Domain
分子量 formula_weight	33224.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4889

KPLQNWEQASPGENAHSSLGLSGAGEEGVFDLQMFLENMKVDFLRSLNLSGIPSQDKTRAEPPQYMIDLYNRYTTDKSSTPASNIVRSFSVEDAISTAATEDFPFQKHILIFNISIPRHEQITRAELRLYVSCQNDVDSTHGLEGSMVVYDVLEDSETWDQATGTKTFLVSQDIRDEGWETLEVSSAVKRWVRADSTTNKNKLEVTVQSHRESCDTLDISVPPGSKNLPFFVVFSNDRSNGTKETRLELKEMIGHEQETMLVKTAKNAYQVAGESQEEEGLDGYTAVGPLLARRKR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Bone Morphogenetic Protein 9 Prodomain
分子量 formula_weight	12103.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SAGAGSHCQKTSLRVNFEDIGWDSWIIAPKEYEAYECKGGCFFPLADDVTPTKHAIVQTLVHLKFPTKVGKACCVPTKLSPISVLYKDDMGVPTLKYHYEGMSVAECGCR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4ycgC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	4ycgD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	120.780 Å
晶胞边长 b length_b	120.780 Å
晶胞边长 c length_c	220.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.788 Å
R 因子 r_factor	0.2138
R_work r_work	0.2129
R_free r_free	0.2295

fit	/app/data/saxs_computation/yc/4ycg/4ycg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yc/4ycg/4ycg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yc/4ycg/4ycg.dat

Pro-bone morphogenetic protein 9

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone Morphogenetic Protein 9 Growth Factor Domain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Bone Morphogenetic Protein 9 Prodomain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)