4ych

Crystal Structure of R111K:Y134F:T54V:R132Q:P39Q:R59Y mutant of human Cellular Retinoic Acid Binding ProteinII with Retinal at 1.96 Angstrom - UV irradiated Crystal for 1 hour - 2nd cycle

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cellular retinoic acid-binding protein 2

Homo sapiens

UniProt P29373

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–138 突变:R111K, Y134F, T54V, R132Q, P39Q, R59Y RET RETINAL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6;277 K;12% PEG 3350, 8% Tacsimate pH 6.0 分辨率 1.96 Å R-free 0.249
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–138 突变:R111K, Y134F, T54V, R132Q, P39Q, R59Y RET RETINAL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6;277 K;12% PEG 3350, 8% Tacsimate pH 6.0 分辨率 1.96 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 84 个其他 PDB 条目、137 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RABP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–137; UniProt 2–138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ych

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ych
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ych
沉积日期 deposition_date2015-02-20
结构标题 titleCrystal Structure of R111K:Y134F:T54V:R132Q:P39Q:R59Y mutant of human Cellular Retinoic Acid Binding ProteinII with Retinal at 1.96 Angstrom - UV irradiated Crystal for 1 hour - 2nd cycle
关键词 keywordsPhoto switchable protein, Retinal isomerization, Retinal PSB pKa change, Protein engineering, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.90
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.55
零角强度 I(0) i04590440.00
分子量 molecular_weight15790.0 kDa
排除体积 excluded_volume20021 ų
包络体积 envelope_volume22786 ų
水化壳体积 shell_volume13247 ų
包络直径 envelope_diameter49.3
壳层 Rg shell_rg20.36
包络 Rg envelope_rg14.84
形状 Rg shape_rg14.51
总 Rg total_rg15.85
总原子数 total_atoms1109
残基数 n_residues137
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.1
Rg (实空间) rg_real15.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.19
I(0) (实空间) i0_real4.5900e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7020e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.80
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4590000.0000
解质量估计 total_estimate0.7203
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.9
偏度 Skewness skewness0.113
峰度 Kurtosis kurtosis-0.353
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha810000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.979

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4ycha_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4ychA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)