SAXSdb — 4ydv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,Ig kappa chain C region

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HIV GP41 PEPTIDE GP41(596-606) × 1 HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,IgG H chain × 1 （S6B291） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HIV GP41 PEPTIDE GP41(596-606) × 1 HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,IgG H chain × 1 （S6B291） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGKC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 160–265； UniProt 1–106 作者链 L； PDB构建体 160–265； UniProt 1–106

HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,IgG H chain

Homo sapiens

UniProt S6B291

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HIV GP41 PEPTIDE GP41(596-606) × 1 HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,Ig kappa chain C region × 1 （P01834） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	HIV GP41 PEPTIDE GP41(596-606) × 1 HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,Ig kappa chain C region × 1 （P01834） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S6B291_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 143–252； UniProt 132–241 作者链 H； PDB构建体 143–252； UniProt 132–241

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ydv
沉积日期 deposition_date	2015-02-23
结构标题 title	STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS
关键词 keywords	IGG, HIV, ANTIBODY, HIV GP41 ENVELOPE PROTEIN, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ydv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ydv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ydv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.59 Å
Rg（电子密度）	24.75 Å
总 Rg	25.61 Å
原子数	3357
残基数	437
排除体积	59376 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ydv__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4ydv__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HIV GP41 PEPTIDE GP41(596-606)
分子量 formula_weight	1193.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q
原子数 atom_count	6805

XWGCSGKLICTTX

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,Ig kappa chain C region
分子量 formula_weight	29180.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,A

METDTLLLWVLLLWVPGSTGDDIQMTQSPASLAVPLLLWISGAYGDIVLAQSPDSLAVSPGERATIHCKSSQTLLYSSNNRHSIAWYQQRPGQPPKLLLYWASMRLSGVPDRFSGSGSGTDFTLTINNLQAEDVAIYYCHQYSSHPPTFGHGTRVELRRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,IgG H chain
分子量 formula_weight	27207.6 kDa
突变 mutation	YES,YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,B

METDTLLLWVLLLWVPGSTGDQVQLVQSGGGVFKPGGSLRLSCEASGFTFTEYYMTWVRQAPGKGLEWLAYISKNGEYSKYSPSSNGRFTISRDNAKNSVFLQLDRLSADDTAVYYCARADGLTYFSELLQYIFDLWGQGARVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	91

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4ydvA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ydvA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ydvB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ydvB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ydvH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ydvH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ydvL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ydvL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	73.434 Å
晶胞边长 b length_b	76.281 Å
晶胞边长 c length_c	127.627 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.800 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2230

STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,Ig kappa chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,IgG H chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ydv__assembly_1__model_1

4ydv__assembly_1__model_1 | I(q)

4ydv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,Ig kappa chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,IgG H chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ydv__assembly_1__model_1

4ydv__assembly_1__model_1 | I(q)

4ydv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)