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4yhr

Crystal Structure of Yeast Proliferating Cell Nuclear Antigen

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proliferating cell nuclear antigen

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P15873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–258 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Protein solution: 15 mg/mL protein in 20 mM HEPES and 150 mM NaCL at pH 7.5. Crystallization solution: 2.2M ammonium sulfate, 0.2M ammonium fluoride. Hanging drop was 50% protein solution, 50% crystallization solution 分辨率 2.95 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4YHR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1PLQ CRYSTAL STRUCTURE OF THE EUKARYOTIC DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR PCNA 提交 1995-01-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
未记录 HG MERCURY (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1PLR CRYSTAL STRUCTURE OF THE EUKARYOTIC DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR PCNA 提交 1995-01-02 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1SXJ Crystal Structure of the Eukaryotic Clamp Loader (Replication Factor C, RFC) Bound to the DNA Sliding Clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen, PCNA) 提交 2004-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；292 K；PEG 3350, sodium chloride, CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.85 Å R-free 0.306
2OD8 Structure of a peptide derived from Cdc9 bound to PCNA 提交 2006-12-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–258（258 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；1.6 M (NH4)2SO4, Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
3F1W Crystal structure of a mutant proliferating cell nuclear antigen that blocks translesion synthesis 提交 2008-10-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：G178S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；2.06M ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.90 Å R-free 0.255
3F1W Crystal structure of a mutant proliferating cell nuclear antigen that blocks translesion synthesis 提交 2008-10-28 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：G178S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；2.06M ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.90 Å R-free 0.255
3GPM Structure of the trimeric form of the E113G PCNA mutant protein 提交 2009-03-23 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：E113G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.80 Å R-free 0.312
3GPN Structure of the non-trimeric form of the E113G PCNA mutant protein 提交 2009-03-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：E113G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；1.6 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium Citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.273
3K4X Eukaryotic Sliding Clamp PCNA Bound to DNA 提交 2009-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–257（257 aa）
链 A 2–257（256 aa）
链 A 2–258（257 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Na Acetate, 100 mM NaCl, 14% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.98 Å R-free 0.280
3L0W Structure of split monoubiquitinated PCNA with ubiquitin in position two 提交 2009-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–163（163 aa） 片段：N fragment
链 B 165–255（91 aa） 片段：ubi-C fragment
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；2.04 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, 3% ethanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
3L0X Structure of split yeast PCNA 提交 2009-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–163（163 aa） 片段：N fragment
链 B 165–258（94 aa） 片段：C fragment
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；1.9M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.00 Å R-free 0.267
3L10 Structure of split monoubiquitinated PCNA with ubiquitin in position one 提交 2009-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–163（163 aa） 片段：N fragment
链 B 165–255（91 aa） 片段：Ubi-C fragment
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；2.04M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 3% ethanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
3PGE Structure of sumoylated PCNA 提交 2010-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 165–258（94 aa） 片段：sumo-C fragment of PCNA
链 B 1–163（163 aa） 片段：N fragment of PCNA
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；2.0M Ammonium Sulfate, 0.1M sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.253
3V60 Structure of S. cerevisiae PCNA conjugated to SUMO on lysine 164 提交 2011-12-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–258（258 aa）
突变：K127G SO4 SULFATE ION × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；4% PEG 8000, 500 mM LiSO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.249
3V61 Structure of S. cerevisiae PCNA conjugated to SUMO on lysine 164 提交 2011-12-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–258（258 aa）
突变：K127G BA BARIUM ION × 13 NEQ N-ETHYLMALEIMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；21% MPD, 100 mM BaCl2, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
3V62 Structure of the S. cerevisiae Srs2 C-terminal domain in complex with PCNA conjugated to SUMO on lysine 164 提交 2011-12-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–258（258 aa）
突变：K127G NEQ N-ETHYLMALEIMIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；1.9 M AMMONIUM SULFATE 4% PEG 400 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.90 Å R-free 0.237
3V62 Structure of the S. cerevisiae Srs2 C-terminal domain in complex with PCNA conjugated to SUMO on lysine 164 提交 2011-12-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–258（258 aa）
突变：K127G NEQ N-ETHYLMALEIMIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；1.9 M AMMONIUM SULFATE 4% PEG 400 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.90 Å R-free 0.237
4L60 Structure of C81R Mutant PCNA Protein Defective in Mismatch Repair 提交 2013-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–256（256 aa）
突变：C81R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；20% PEG3000, 0.2M NaCl, and HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.254
4L6P Structure of C22Y Mutant PCNA protein defective in DNA mismatch repair 提交 2013-06-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：C22Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2M AmSO4, 0.2M Lithium Sulfate Monohydrate, 0.1M Sodium Cacodylate Trihydrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.68 Å R-free 0.280
4L6P Structure of C22Y Mutant PCNA protein defective in DNA mismatch repair 提交 2013-06-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–258（258 aa）
突变：C22Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2M AmSO4, 0.2M Lithium Sulfate Monohydrate, 0.1M Sodium Cacodylate Trihydrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.68 Å R-free 0.280
4L6P Structure of C22Y Mutant PCNA protein defective in DNA mismatch repair 提交 2013-06-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–258（258 aa）
突变：C22Y GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2M AmSO4, 0.2M Lithium Sulfate Monohydrate, 0.1M Sodium Cacodylate Trihydrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.68 Å R-free 0.280
5JNE E2-SUMO-Siz1 E3-SUMO-PCNA complex 提交 2016-04-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–258（258 aa）
突变：K77D, C81E, R110D, K127G, K164C ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 6LN ethane-1,2-dithiol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 5% PEG 10,000, 0.2 M NaCl, 10% glycerol, 3% dioxane
分辨率 2.85 Å R-free 0.250
5JNE E2-SUMO-Siz1 E3-SUMO-PCNA complex 提交 2016-04-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 1–258（258 aa）
突变：K77D, C81E, R110D, K127G, K164C ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 6LN ethane-1,2-dithiol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 5% PEG 10,000, 0.2 M NaCl, 10% glycerol, 3% dioxane
分辨率 2.85 Å R-free 0.250
5T9D Structure of PCNA acetylated on K20 提交 2016-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–258（257 aa）
链 B 2–258（257 aa）
链 C 2–258（257 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1M NH4SO4, 0.1M citrate
分辨率 3.27 Å R-free 0.231
5V7K PCNA mutant D41A/D42A Protein Defective in Gene Silencing 提交 2017-03-20 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：D41A, D42A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M sodium citrate, pH 5.43, 0.529 ammonium sulfate, 0.729M lithium sulfate
分辨率 3.05 Å R-free 0.227
5V7L PCNA mutant R61A/D63A Protein Defective in Gene Silencing 提交 2017-03-20 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：R61A, D63A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M sodium citrate, pH 5.57, 0.671M ammonium sulfate, 0.994M lithium sulfate
分辨率 3.20 Å R-free 0.251
5V7M PCNA mutant L126A/I128A Protein Defective in Gene Silencing 提交 2017-03-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：L126A, I128A MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2M magnesium chloride, 20% PEG 1000
分辨率 1.93 Å R-free 0.240
5V7M PCNA mutant L126A/I128A Protein Defective in Gene Silencing 提交 2017-03-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：L126A, I128A MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2M magnesium chloride, 20% PEG 1000
分辨率 1.93 Å R-free 0.240
5ZUT Crystal Structure of Yeast PCNA in Complex with N24 Peptide 提交 2018-05-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–258（258 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；n-Octyl-b-D-glu, NaCi pH 5.5, PEG 3350
分辨率 2.82 Å R-free 0.397
6CX2 S177G Mutant of Yeast PCNA 提交 2018-04-02 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：S177G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；2.2M Ammonium sulfate 20% Glycerol
分辨率 3.10 Å R-free 0.244
6CX3 S179T Mutant of Yeast PCNA 提交 2018-04-02 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：S179T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290.15 K；2.2M Ammonium sulfate 0.2 Sodium Formate
分辨率 3.10 Å R-free 0.269
6CX4 V180A Mutant of Yeast PCNA 提交 2018-04-02 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：V180A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290.15 K；2.2M Ammonium Sulfate 0.2M Potassium Chloride 20% Glycerol
分辨率 3.08 Å R-free 0.267
6D0Q Structure of a DNA retention-prone PCNA variant 提交 2018-04-10 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：D21K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；50 mM sodium citrate pH 5.6, 2 M (NH4)2SO4
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
6D0R Structure of a DNA retention-prone PCNA variant 提交 2018-04-10 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
突变：D17K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；50 mM sodium citrate pH 5.3 and 1.7 M (NH4)2SO4
分辨率 2.86 Å R-free 0.276
6E49 Pif1 peptide bound to PCNA trimer 提交 2018-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–258（258 aa）
链 B 1–258（258 aa）
链 C 1–258（258 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；298 K；100 mM MIB (Qiagen), pH 9.0, 25% PEG1500
分辨率 2.90 Å R-free 0.253
6W9W R80A PCNA mutant defective in BIR 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–254（254 aa）
突变：R80A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M ammonium formate
分辨率 2.65 Å R-free 0.243
6WAC FF248-249AA PCNA mutant defective in BIR 提交 2020-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–253（253 aa）
突变：F248A, F249A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；magnesium chloride hexahydrate, sodium dimethylarsinic acid, PEG1000
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
7TFH Atomic model of the S. cerevisiae clamp-clamp loader complex PCNA-RFC bound to two DNA molecules, one at the 5'-recessed end and the other at the 3'-recessed end 提交 2022-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7TFI Atomic model of the S. cerevisiae clamp-clamp loader complex PCNA-RFC bound to DNA with an open clamp 提交 2022-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
7TFJ Atomic model of S. cerevisiae clamp-clamp loader complex PCNA-RFC bound to DNA with a closed clamp ring 提交 2022-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7THJ Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) in an autoinhibited conformation 提交 2022-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7THV Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) in an autoinhibited conformation 提交 2022-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7TI8 Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the open sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) 提交 2022-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7TIB Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the open sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) and primer-template DNA 提交 2022-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7TIC Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) in an autoinhibited conformation 提交 2022-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7TID Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) and primer-template DNA 提交 2022-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7TKU Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the open sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) 提交 2022-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7U19 RFC:PCNA bound to nicked DNA 提交 2022-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7U1A RFC:PCNA bound to dsDNA with a ssDNA gap of six nucleotides 提交 2022-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7U1P RFC:PCNA bound to DNA with a ssDNA gap of five nucleotides 提交 2022-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8DQX Open state of RFC:PCNA bound to a 3' ss/dsDNA junction 提交 2022-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.10 Å
8DQZ Intermediate state of RFC:PCNA bound to a 3' ss/dsDNA junction 提交 2022-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.92 Å
8DR1 Consensus closed state of RFC:PCNA bound to a 3' ss/dsDNA junction (DNA2) 提交 2022-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.14 Å
8DR3 Closed state of RFC:PCNA bound to a 3' ss/dsDNA junction (DNA2) with NTD 提交 2022-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
8DR4 Open state of RFC:PCNA bound to a 3' ss/dsDNA junction (DNA2) without NTD 提交 2022-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.45 Å
8DR6 Closed state of RFC:PCNA bound to a nicked dsDNA 提交 2022-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric
链 F 1–258（258 aa）
链 G 1–258（258 aa）
链 H 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.39 Å
8THW Cac1 PIP motif bound to PCNA 提交 2023-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
链 B 1–258（258 aa）
链 C 1–258（258 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M magnesium acetate tetrahydrate (Mg Ac4H) and 11% w/v PEG3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.267
8TW7 Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA complex in Apo state conformation I 提交 2023-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–258（258 aa）
链 B 1–258（258 aa）
链 C 1–258（258 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TW8 Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA complex in Apo state conformation I 提交 2023-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–258（258 aa）
链 B 1–258（258 aa）
链 C 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TWA Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA-PolE-DNA complex 提交 2023-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 X 1–258（258 aa）
链 Y 1–258（258 aa）
链 Z 1–258（258 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8TWB Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA-DNA complex 提交 2023-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–258（258 aa）
链 B 1–258（258 aa）
链 C 1–258（258 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 55 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PCNA_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 9–266； UniProt 1–258

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4yhr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4yhr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4yhr
沉积日期 deposition_date2015-02-27
结构标题 titleCrystal Structure of Yeast Proliferating Cell Nuclear Antigen
关键词 keywords;replication fork, DNA-binding proteins, fungal proteins, proliferating cell nuclear antigen, Saccharomyces cerevisiae, crystallization, DNA repair, DNA replication, models, DNA sliding clamp, hydrophobic and hydrophilic interactions, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.03 Å
零角强度 I(0) i013767200.00
分子量 molecular_weight28623.0 kDa
排除体积 excluded_volume36229 ų
包络体积 envelope_volume44591 ų
水化壳体积 shell_volume19057 ų
包络直径 envelope_diameter68.9 Å
壳层 Rg shell_rg25.93 Å
包络 Rg envelope_rg20.29 Å
形状 Rg shape_rg19.99 Å
总 Rg total_rg21.06 Å
总原子数 total_atoms2011
残基数 n_residues256
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.8 Å
Rg (实空间) rg_real21.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13770000.0000
解质量估计 total_estimate0.8967
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.9 Å
偏度 Skewness skewness0.302
峰度 Kurtosis kurtosis-0.415
角度范围 angular_range— – 0.3700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2159000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.999
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4yhra1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor
结构域编号 domain_idd4yhra2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4yhrA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture70 — Box
拓扑 Topology topology10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)