SAXSdb — 4yir

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	UV excision repair protein RAD23 × 1 （P32628） ;DNA (5'-D(TPTPGPAPCPTPCP(G47)PAPCPAPTPCPCPCPCPCPGPCPTPAPCPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APTPTPGPTPAPGPCPGGPGPGPAPTPGPTPCPGPAPGPTPCP*A)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–538； UniProt 101–632

UV excision repair protein RAD23

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P32628

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	DNA repair protein RAD4 × 1 （P14736） ;DNA (5'-D(TPTPGPAPCPTPCP(G47)PAPCPAPTPCPCPCPCPCPGPCPTPAPCPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APTPTPGPTPAPGPCPGGPGPGPAPTPGPTPCPGPAPGPTPCP*A)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD23_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 3–171； UniProt 230–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4yir
沉积日期 deposition_date	2015-03-02
结构标题 title	Crystal structure of Rad4-Rad23 crosslinked to an undamaged DNA
关键词 keywords	;DNA damage repair, nucleotide excision repair, protein-DNA interactions, protein-DNA crosslinking, protein-DNA complex, xeroderma pigmentosum, beta-hairpin, transglutaminase domain, disulfide crosslinking, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4yir__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4yir__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4yir__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.75 Å
Rg（电子密度）	31.10 Å
总 Rg	31.70 Å
原子数	10590
残基数	598
排除体积	94800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4yir__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD4
分子量 formula_weight	62588.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10590

GSSRAMGNEVAGVEDISVEITPSSKRNSDARRTSRNCSSNEERKRRKYFHMLYLVCLMVHGFIRNEWINSKRLSRKLSNLVPEKVFELLHPQKDEELPLRSTRKLLDGLKKCMELWQKHWKITKKYDNEGLYMRTWKEIEMSANNKRKFKTLKRSDFLRAVSKGHGDPDISVQGFVAMLRACNVNARLIMSCQPPDFTNMKIDTSLNGNNAYKDMVKYPIFWCEVWDKFSKKWITVDPVNLKTIEQVRLHSKLAPKGVACCERNMLRYVIAYDRKYGCRDVTRRYAQWMNSKVRKRRITKDDFGEKWFRKVITALHHRKRTKIDDYEDQYFFRRDESEGIPDSVQDLKNHPYYVLEQDIKQTQIVKPGCKECGYLKVHGKVGKVLKVYAKRDIADLKSARQWYMNGRILKTGSRCKKVIKRTVGRPKGEAEEEDERLYSFEDTELYIPPLASASGEITKNTFGNIEVFAPTMIPGNCCLVENPVAIKAARFLGVEFAPAVTSFKFERGSTVKPVLSGIVVAKWLREAIETAIDGIEFI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	UV excision repair protein RAD23
分子量 formula_weight	17783.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

GSGNASSGALGTTGGATDAAQGGPPGSIGLTVEDLLSLRQVVSGNPEALAPLLENISARYPQLREHIMANPEVFVSMLLEAVGDNMQDVMEGADDMVEGEDIEVTGEAAAAGLGQGEGEGSFQVDYTPEDDQAISRLCELGFERDLVIQVYFACDKNEEAAANILFSDHAD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPGPAPCPTPCP(G47)PAPCPAPTPCPCPCPCPCPGPCPTPAPCPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	7294.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	W

TTGACTCGACATCCCCCGCTACAA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPTPGPTPAPGPCPGGPGPGPAPTPGPTPCPGPAPGPTPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	7505.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

ATTGTAGCGGGGGATGTCGAGTCA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4yirA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	260 — Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transglutaminase-like

结构域编号 domain_id	4yirA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	20 — Anthopleurin-A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Rad4, beta-hairpin domain BHD1

结构域编号 domain_id	4yirA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	290 — Rad4, beta-hairpin domain BHD2

结构域编号 domain_id	4yirX00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — XPC-binding domain

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晶胞边长 a length_a	79.405 Å
晶胞边长 b length_b	79.405 Å
晶胞边长 c length_c	404.366 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	39.700 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1923
R_free r_free	0.2529

Crystal structure of Rad4-Rad23 crosslinked to an undamaged DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

UV excision repair protein RAD23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4yir__assembly_1__model_1

4yir__assembly_1__model_1 | I(q)

4yir__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Rad4-Rad23 crosslinked to an undamaged DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

UV excision repair protein RAD23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4yir__assembly_1__model_1

4yir__assembly_1__model_1 | I(q)

4yir__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)