SAXSdb — 4yoz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoblastoma-like protein 1,Retinoblastoma-like protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 391–593 链 A； UniProt 777–972	片段：unp residues 391-593,unp residues 391-593	HPV E7 peptide × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；Hepes, Ammonium Sulfate, PEG 400	分辨率 2.25 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4YOZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1H28 CDK2/CyclinA in complex with an 11-residue recruitment peptide from p107 提交 2002-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 653–663（11 aa）片段：RB PEPTIDE, RESIDUES 653-663	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.8M KCL, 1.2M (NH4)2SO4, 40MM HEPES PH 7.0. PROTEIN CONCENTRATION = 10MG/ML	分辨率 2.80 Å R-free 0.323
1H28 CDK2/CyclinA in complex with an 11-residue recruitment peptide from p107 提交 2002-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 653–663（11 aa）片段：RB PEPTIDE, RESIDUES 653-663	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.8M KCL, 1.2M (NH4)2SO4, 40MM HEPES PH 7.0. PROTEIN CONCENTRATION = 10MG/ML	分辨率 2.80 Å R-free 0.323
4YOO p107 pocket domain in complex with LIN52 P29A peptide 提交 2015-03-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 391–600（210 aa）片段：unp residues 391-600,unp residues 781-972 链 A 781–972（192 aa）片段：unp residues 391-600,unp residues 781-972	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；MES, PEG 400 4%, 1.6M ammonium sulfate	分辨率 2.40 Å R-free 0.242
4YOS p107 pocket domain complexed with LIN52 peptide 提交 2015-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 391–600（210 aa）片段：unp residues 391-600,unp residues 781-969,unp residues 391-600,unp residues 781-969	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；MES, PEG 400 4%, 1.6M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
5TUV Crystal structure of the E2F5-DP1-p107 ternary complex 提交 2016-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 994–1031（38 aa）片段：UNP residues 994-1031	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100mM Hepes pH 7.0, 7% PEG 5000, 5% 1-propanol, 2% 2-propanol	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
5TUV Crystal structure of the E2F5-DP1-p107 ternary complex 提交 2016-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 994–1031（38 aa）片段：UNP residues 994-1031	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100mM Hepes pH 7.0, 7% PEG 5000, 5% 1-propanol, 2% 2-propanol	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
5TUV Crystal structure of the E2F5-DP1-p107 ternary complex 提交 2016-11-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 994–1031（38 aa）片段：UNP residues 994-1031 链 F 994–1031（38 aa）片段：UNP residues 994-1031	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100mM Hepes pH 7.0, 7% PEG 5000, 5% 1-propanol, 2% 2-propanol	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
7SMC p107 pocket domain complexed with ARID4A peptide 提交 2021-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 391–601（211 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972 链 A 780–887（108 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972 链 A 924–972（49 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.70 Å R-free 0.298
7SMC p107 pocket domain complexed with ARID4A peptide 提交 2021-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 391–601（211 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972 链 C 780–887（108 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972 链 C 924–972（49 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.70 Å R-free 0.298
7SMD p107 pocket domain complexed with EID1 peptide 提交 2021-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 391–601（211 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972 链 A 780–887（108 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972 链 A 924–972（49 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.15 Å R-free 0.259
7SME p107 pocket domain complexed with HDAC1 peptide 提交 2021-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 391–601（211 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972 链 A 780–887（108 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972 链 A 924–972（49 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.64 Å R-free 0.277
7SMF p107 pocket domain complexed with mutated HDAC1-3X peptide 提交 2021-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 391–601（211 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972 链 A 780–887（108 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972 链 A 924–972（49 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.301
7SMF p107 pocket domain complexed with mutated HDAC1-3X peptide 提交 2021-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 391–601（211 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972 链 C 780–887（108 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972 链 C 924–972（49 aa）片段：UNP residues 391-601,780-887,924-972	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.301
9C6B PP2A:B55-p107 substrate complex 提交 2024-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 612–687（76 aa）片段：residues 612-687	未记录	FE2 FE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å

共 9 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–206； UniProt 391–593 作者链 A； PDB构建体 212–371； UniProt 777–972

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4yoz
沉积日期 deposition_date	2015-03-12
结构标题 title	p107 pocket domain in complex with HPV E7 peptide
关键词 keywords	Pocket protein, Cyclin Box, Transcriptional regulator, Cell Cycle, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.84 Å
零角强度 I(0) i0	28277000.00
分子量 molecular_weight	41338.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52015 Å³
包络体积 envelope_volume	62527 Å³
水化壳体积 shell_volume	23206 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.5 Å
壳层 Rg shell_rg	29.41 Å
包络 Rg envelope_rg	22.93 Å
形状 Rg shape_rg	22.81 Å
总 Rg total_rg	23.79 Å
总原子数 total_atoms	2901
残基数 n_residues	351
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1200e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9063
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.286
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6096000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Retinoblastoma-like protein 1,Retinoblastoma-like protein 1
分子量 formula_weight	43266.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3012

GEFTQSVSRLQSIVAGLKNAPSDQLINIFESCVRNPVENIMKILKGIGETFCQHYTQSTDEQPGSHIDFAVNRLKLAEILYYKILETVMVQETRRLHGMDMSVLLEQDIFHRSLMACCLEIVLFAYSSPRTFPWIIEVLNLQPFYFYKVIEVVIRSEEGLSRDMVKHLNSIEEQILESLAWSHDSALWEALQVSANKVPTCEEVIFPNNFETGNNRPKRTGSLALFYRKVYHLASVRLRDLCLKLDVSNELRRKIWTCFEFTLVHCPDLMKDRHLDQLLLCAFYIMAKVTKEERTFQEIMKSYRNQPQANSHVYRSVLLKSIKEERGDLIKFYNTIYVGRVKSFALKYDLANQDHMMDAPPLSPFPHIKQQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HPV E7 peptide
分子量 formula_weight	1160.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DLYCYEQLN

来源 Source

来源生物 organism	Human papillomavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10566
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	111

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d4yoza1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4yoza2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4yoza3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4yozA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	4yozA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.690 Å
晶胞边长 b length_b	76.550 Å
晶胞边长 c length_c	74.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	120.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.245 Å
最低分辨率 resolution_low	57.195 Å
R 因子 r_factor	0.1888
R_work r_work	0.1837
R_free r_free	0.2400

fit	/app/data/saxs_computation/yo/4yoz/4yoz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yo/4yoz/4yoz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yo/4yoz/4yoz.dat

p107 pocket domain in complex with HPV E7 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoblastoma-like protein 1,Retinoblastoma-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)