SAXSdb — 4yxl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major prion protein

Mesocricetus auratus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 90–232	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；25% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M lithium sulphate	分辨率 2.60 Å R-free 0.310

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4YXL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B10 SOLUTION NMR STRUCTURE OF RECOMBINANT SYRIAN HAMSTER PRION PROTEIN RPRP(90-231) , 25 STRUCTURES 提交 1998-11-25	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 90–231（142 aa）片段：90 - 231	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；303 K；压力 1	分辨率未提供
2KKG NMR structure of the octarepeat region of prion protein bound to pentosan polysulfate 提交 2009-06-19	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–106（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-15N] octarepeats-1, 5 % [U-2H] D2O-2, 20 % [U-2H] DMSO-3, 20 mM pentosan polysulfate-4, 10 mM sodium acetate-5, 75 % H2O-6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] octarepeats-7, 5 % [U-2H] D2O-8, 20 % [U-2H] DMSO-9, 20 mM pentosan polysulfate-10, 10 mM sodium acetate-11, 75 % H2O-12, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] octarepeats-13, 80 % [U-2H] D2O-14, 20 % [U-2H] DMSO-15, 20 mM pentosan polysulfate-16, 10 mM sodium acetate-17, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2LH8 Syrian hamster prion protein with thiamine 提交 2011-08-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 125–228（104 aa）片段：UNP residues 125-228	未记录	VIB 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient NMR样品组成 0.3 mM [U-100% 15N] shPrP, 10 mM thiamine, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM shPrP, 12.5 mM thiamine, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM shPrP, 10 mM thiamine, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3NVE MMHFGN segment 138-143 from Syrian Hamster prion 提交 2010-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 138–143（6 aa）链 B 138–143（6 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.2 M Ammonium sulfate, 200 mM BisTris pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.269
7LNA Infectious mammalian prion fibril (263K scrapie) 提交 2021-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 90–231（142 aa）链 B 90–231（142 aa）链 C 90–231（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
7YAT CryoEM tetra protofilament structure of the hamster prion 108-144 fibril 提交 2022-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 119–143（25 aa）链 B 119–143（25 aa）链 C 119–143（25 aa）链 D 119–143（25 aa）链 E 119–143（25 aa）链 F 119–143（25 aa）链 G 119–143（25 aa）链 H 119–143（25 aa）链 I 119–143（25 aa）链 J 119–143（25 aa）链 K 119–143（25 aa）链 L 119–143（25 aa）链 M 119–143（25 aa）链 N 119–143（25 aa）链 O 119–143（25 aa）链 P 119–143（25 aa）链 Q 119–143（25 aa）链 R 119–143（25 aa）链 S 119–143（25 aa）链 T 119–143（25 aa）链 U 119–143（25 aa）链 V 119–143（25 aa）链 X 119–143（25 aa）链 Y 119–143（25 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 3.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
8WZX Cryo-EM structure of the hamster prion 23-144 fibril at pH 3.7 提交 2023-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 A 23–144（122 aa）链 B 23–144（122 aa）链 C 23–144（122 aa）链 D 23–144（122 aa）链 E 23–144（122 aa）链 F 23–144（122 aa）链 G 23–144（122 aa）链 H 23–144（122 aa）链 I 23–144（122 aa）链 J 23–144（122 aa）链 K 23–144（122 aa）链 L 23–144（122 aa）链 M 23–144（122 aa）链 N 23–144（122 aa）链 O 23–144（122 aa）链 P 23–144（122 aa）链 Q 23–144（122 aa）链 R 23–144（122 aa）链 S 23–144（122 aa）链 T 23–144（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 3.7；20 mM NaOAc, 140 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIO_MESAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–166； UniProt 90–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4yxl
沉积日期 deposition_date	2015-03-23
结构标题 title	Crystal structure of Syrian hamster prion protein complexed with POM1 FAB
关键词 keywords	prion, antibody, Immune system complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.94 Å
零角强度 I(0) i0	60730000.00
分子量 molecular_weight	59024.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72838 Å³
包络体积 envelope_volume	98432 Å³
水化壳体积 shell_volume	29330 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.79 Å
包络 Rg envelope_rg	29.99 Å
形状 Rg shape_rg	29.91 Å
总 Rg total_rg	30.46 Å
总原子数 total_atoms	4147
残基数 n_residues	534
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	60730000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8480
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.531
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.278
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8437000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.824; Smooth: 0.703

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major prion protein
分子量 formula_weight	18896.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4223

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMLEGQGGGTHNQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPMMHFGNDWEDRYYRENMNRYPNQVYYRPVDQYNNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDIKIMERVVEQMCTTQYQKESQAYYDGRRSS

来源 Source

来源生物 organism	Mesocricetus auratus
通用名 common_name	Golden hamster
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10036
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	POM1 FAB HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	23367.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQQSGTELVMPGASVKMSCKASGYTFTDYWMHWVKQRPGQGLEWIGSIDPSDSYTSHNEKFKGKATLTVDESSSTAYMQLSSLTSEDSAVYFCSRSGYGYYAMEYWGQGTSVTVSSAKTAPPSVYPLAPGGGATNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSGGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	POM1 FAB LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	23509.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVLTQSPAILSVSPGERVSFSCRASQNIGTSIHWYQQRTNESPRLIIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQSNTWPYTFGGGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSETDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNTYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4yxlh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d4yxlh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4yxll1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4yxll2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4yxlH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4yxlH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4yxlL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4yxlL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.916 Å
晶胞边长 b length_b	105.969 Å
晶胞边长 c length_c	76.326 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.604 Å
最低分辨率 resolution_low	35.241 Å
R 因子 r_factor	0.2645
R_work r_work	0.2619
R_free r_free	0.3101

fit	/app/data/saxs_computation/yx/4yxl/4yxl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yx/4yxl/4yxl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yx/4yxl/4yxl.dat

Crystal structure of Syrian hamster prion protein complexed with POM1 FAB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major prion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)