4z6e

Structure of human DNA polymerase beta 279NA mutant complexed with G in the template base paired with incoming non-hydrolyzable TTP and MANGANESE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase beta

Homo sapiens

UniProt P06746

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 3 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–335 片段:UNP residues 10-335 ;DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*A)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3') ; × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 1FZ 5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]thymidine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;14% to 23% PEG3400, and 350 mM sodium acetate in 50 mM imidazole (pH 7.5) 分辨率 2.75 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 431 个其他 PDB 条目、433 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPOLB_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–335; UniProt 1–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4z6e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4z6e
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4z6e
沉积日期 deposition_date2015-04-04
结构标题 titleStructure of human DNA polymerase beta 279NA mutant complexed with G in the template base paired with incoming non-hydrolyzable TTP and MANGANESE
关键词 keywordsDNA polymerase, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.19
零角强度 I(0) i047998600.00
分子量 molecular_weight47152.0 kDa
排除体积 excluded_volume56153 ų
包络体积 envelope_volume70699 ų
水化壳体积 shell_volume26052 ų
包络直径 envelope_diameter75.0
壳层 Rg shell_rg29.40
包络 Rg envelope_rg22.34
形状 Rg shape_rg22.20
总 Rg total_rg22.92
总原子数 total_atoms3270
残基数 n_residues357
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.2
Rg (实空间) rg_real22.72
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real4.8000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal48000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8957
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6
偏度 Skewness skewness0.141
峰度 Kurtosis kurtosis-0.420
角度范围 angular_range— – 0.3500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5622000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.985

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4z6eA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like
结构域编号 domain_id4z6eA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain
结构域编号 domain_id4z6eA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Beta Polymerase, domain 2
结构域编号 domain_id4z6eA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA polymerase, thumb domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)