SAXSdb — 4z8l

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein VPRBP

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Vpx protein × 1 （Q7ZB17） SAM domain and HD domain-containing protein × 1 （H6WEA4） ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Vpx protein × 1 （Q7ZB17） SAM domain and HD domain-containing protein × 1 （H6WEA4） ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPRBP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–341； UniProt 1057–1396 作者链 D； PDB构建体 2–341； UniProt 1057–1396

Vpx protein

Simian immunodeficiency virus

UniProt Q7ZB17

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein VPRBP × 1 （Q9Y4B6） SAM domain and HD domain-containing protein × 1 （H6WEA4） ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein VPRBP × 1 （Q9Y4B6） SAM domain and HD domain-containing protein × 1 （H6WEA4） ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7ZB17_SIV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–92； UniProt 1–89 作者链 E； PDB构建体 4–92； UniProt 1–89

SAM domain and HD domain-containing protein

Mandrillus sphinx

UniProt H6WEA4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein VPRBP × 1 （Q9Y4B6） Vpx protein × 1 （Q7ZB17） ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein VPRBP × 1 （Q9Y4B6） Vpx protein × 1 （Q7ZB17） ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H6WEA4_MANSP
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–118； UniProt 1–115 作者链 F； PDB构建体 4–118； UniProt 1–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4z8l
沉积日期 deposition_date	2015-04-09
结构标题 title	Crystal structure of DCAF1/SIV-MND VPX/MND SAMHD1 NTD ternary complex
关键词 keywords	HIV, antiviral defense, Viral Protein-VPX-BINDING PROTEIN complex; Viral Protein/VPX-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4z8l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4z8l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4z8l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.42 Å
Rg（电子密度）	24.99 Å
总 Rg	25.64 Å
原子数	3847
残基数	476
排除体积	67804 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4z8l__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4z8l__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein VPRBP
分子量 formula_weight	39777.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	7828

ARASFPKYGGVDGGCFDRHLIFSRFRPISVFREANEDESGFTCCAFSARERFLMLGTCTGQLKLYNVFSGQEEASYNCHNSAITHLEPSRDGSLLLTSATWSQPLSALWGMKSVFDMKHSFTEDHYVEFSKHSQDRVIGTKGDIAHIYDIQTGNKLLTLFNPDLANNYKRNCATFNPTDDLVLNDGVLWDVRSAQAIHKFDKFNMNISGVFHPNGLEVIINTEIWDLRTFHLLHTVPALDQCRVVFNHTGTVMYGAMLQADDEDDLMEERMKSPFGSSFRTFNATDYKPIATIDVKRNIFDLCTDTKDCYLAVIENQGSMDALNMDTVCRLYEVGRQRLAELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculoviridae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Vpx protein
分子量 formula_weight	12204.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

SEFMAERAPEAPEGAGEVGLEQWLETSLERINREARLHFHPEFLFRLWNTCVEHWHDRHQRSLDYAKYRYLLLMHKAMYTHMQQGCPCRNGRLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Simian immunodeficiency virus
通用名 common_name	SIV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11723
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SAM domain and HD domain-containing protein
分子量 formula_weight	13197.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

SEFMQQADSDQPSKRPRFDDSPRTPSSTPSAEADCSPGVELHPDYKTWGPEQVCFFLRRGGFGEPALLKNIRENKITGALLPCLDESHFENLGVSSLGERKKLLSYIQRSGQIHVDTM

来源 Source

来源生物 organism	Mandrillus sphinx
通用名 common_name	Mandrill
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9561
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	114

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4z8lA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	4z8lB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4730 —

结构域编号 domain_id	4z8lD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	4z8lE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4730 —

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晶胞边长 a length_a	74.490 Å
晶胞边长 b length_b	74.490 Å
晶胞边长 c length_c	178.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	43.695 Å
R 因子 r_factor	0.2015
R_work r_work	0.1992
R_free r_free	0.2277

Crystal structure of DCAF1/SIV-MND VPX/MND SAMHD1 NTD ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein VPRBP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vpx protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAM domain and HD domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4z8l__assembly_1__model_1

4z8l__assembly_1__model_1 | I(q)

4z8l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of DCAF1/SIV-MND VPX/MND SAMHD1 NTD ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein VPRBP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vpx protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SAM domain and HD domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4z8l__assembly_1__model_1

4z8l__assembly_1__model_1 | I(q)

4z8l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)