SAXSdb — 4z9p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoprotein

Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 36–351	片段：core domain (UNP RESIDUES 36-351)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 7；289 K；200mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.79 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4Z9P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4QAZ The crystal structure of the C-terminal domain of Ebola (Zaire) nucleoprotein 提交 2014-05-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 641–739（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19.3% PEG3350, 0.3M Magnesium Formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.98 Å R-free 0.229
4QB0 The crystal structure of the C-terminal domain of Ebola (Zaire) nucleoprotein 提交 2014-05-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 641–739（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；19.3% PEG3350, 0.05M Magnesium Formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.225
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 38–385（348 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400	分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–385（348 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400	分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 38–385（348 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400	分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 38–385（348 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400	分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4ZTA Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide I212121 提交 2015-05-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–367（335 aa）片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367,UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；277 K；2.2M Sodium formate, 100mM NaOAc pH 4.7	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
4ZTG Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P22121 提交 2015-05-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–367（335 aa）片段：UNP Q05127 residues 15-59, UNP P18272 residues 33-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；12% PEG 6000, 100 mM MES pH 5.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.293
4ZTI Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P212121 提交 2015-05-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–367（335 aa）片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；277 K；2.0 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
4ZTI Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P212121 提交 2015-05-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 33–367（335 aa）片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；277 K；2.0 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 600–627（28 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288 链 B 600–627（28 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 600–627（28 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288 链 D 600–627（28 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 600–627（28 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288 链 F 600–627（28 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288	未记录	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 600–627（28 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288 链 H 600–627（28 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 600–627（28 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288 链 J 600–627（28 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
6EHL Model of the Ebola virus nucleoprotein in recombinant nucleocapsid-like assemblies 提交 2017-09-13	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–739（739 aa）	突变：Truncation mutant (residues 1-450)	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
6EHM Model of the Ebola virus nucleocapsid subunit from recombinant virus-like particles 提交 2017-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–739（739 aa）链 B 1–739（739 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.30 Å
6NUT Ebola virus nucleoprotein - RNA complex 提交 2019-02-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 50 PDB 声明：100-meric	链 A 1–450（450 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6NUT Ebola virus nucleoprotein - RNA complex 提交 2019-02-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–450（450 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8USN Intracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8.9 Angstrom 提交 2023-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 A 1–739（739 aa）链 B 1–739（739 aa）链 E 1–739（739 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.90 Å
8UST In-virion structure of Ebola virus nucleocapsid-like assemblies from recombinant virus-like particles (nucleoprotein, VP24,VP35,VP40) 提交 2023-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 A 1–739（739 aa）链 B 1–739（739 aa）链 E 1–739（739 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.30 Å
8Y9J Structure of the Ebola virus nucleocapsid subunit 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 A 1–739（739 aa）链 B 1–739（739 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was applied to both sides of the grid. The grids were blotted for 14 seconds.	分辨率 4.60 Å

共 13 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCAP_EBOZM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–317； UniProt 36–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4z9p
沉积日期 deposition_date	2015-04-11
结构标题 title	Crystal structure of Ebola virus nucleoprotein core domain at 1.8A resolution
关键词 keywords	Ebola, Filoviridae, nucleoprotein, RNA binding protein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.50 Å
零角强度 I(0) i0	17612800.00
分子量 molecular_weight	32642.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41330 Å³
包络体积 envelope_volume	49588 Å³
水化壳体积 shell_volume	20203 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.27 Å
包络 Rg envelope_rg	21.73 Å
形状 Rg shape_rg	21.47 Å
总 Rg total_rg	22.41 Å
总原子数 total_atoms	2301
残基数 n_residues	293
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8776
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.449
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.178
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.943

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.845 Å
晶胞边长 b length_b	162.877 Å
晶胞边长 c length_c	31.280 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.792 Å
最低分辨率 resolution_low	40.719 Å
R 因子 r_factor	0.1923
R_work r_work	0.1906
R_free r_free	0.2251

描述 description	Nucleoprotein
分子量 formula_weight	35128.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2512

Crystal structure of Ebola virus nucleoprotein core domain at 1.8A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76)
通用名 common_name	ZEBOV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	128952
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	211

fit	/app/data/saxs_computation/z9/4z9p/4z9p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z9/4z9p/4z9p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z9/4z9p/4z9p.dat