4zak

Crystal structure of the mCD1d/DB06-1/iNKTCR ternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antigen-presenting glycoprotein CD1d1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） Protein Trav11,Va14Ja18/Vb8.2,Human nkt tcr alpha chain × 1 （A0A0B4J1J9,A0N4Z0,K7N5M3） T cell antigen receptor beta chain 8.2,T-cell receptor beta-2 chain C region,Protein Trbc2,T-cell receptor beta-2 chain C region × 1 （A0A075B5J4,A0A5B9） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanethioamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD1D1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–279； UniProt 19–297

Beta-2-microglobulin

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （P11609） Protein Trav11,Va14Ja18/Vb8.2,Human nkt tcr alpha chain × 1 （A0A0B4J1J9,A0N4Z0,K7N5M3） T cell antigen receptor beta chain 8.2,T-cell receptor beta-2 chain C region,Protein Trbc2,T-cell receptor beta-2 chain C region × 1 （A0A075B5J4,A0A5B9） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanethioamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119

Protein Trav11,Va14Ja18/Vb8.2,Human nkt tcr alpha chain

Homo sapiens

UniProt A0A0B4J1J9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （P11609） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） T cell antigen receptor beta chain 8.2,T-cell receptor beta-2 chain C region,Protein Trbc2,T-cell receptor beta-2 chain C region × 1 （A0A075B5J4,A0A5B9） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanethioamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0B4J1J9_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–94； UniProt 22–114

Protein Trav11,Va14Ja18/Vb8.2,Human nkt tcr alpha chain

Homo sapiens

UniProt A0N4Z0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （P11609） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） T cell antigen receptor beta chain 8.2,T-cell receptor beta-2 chain C region,Protein Trbc2,T-cell receptor beta-2 chain C region × 1 （A0A075B5J4,A0A5B9） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanethioamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0N4Z0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 95–113； UniProt 2–20

Protein Trav11,Va14Ja18/Vb8.2,Human nkt tcr alpha chain

Homo sapiens

UniProt K7N5M3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （P11609） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） T cell antigen receptor beta chain 8.2,T-cell receptor beta-2 chain C region,Protein Trbc2,T-cell receptor beta-2 chain C region × 1 （A0A075B5J4,A0A5B9） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanethioamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K7N5M3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 115–209； UniProt 116–210

T cell antigen receptor beta chain 8.2,T-cell receptor beta-2 chain C region,Protein Trbc2,T-cell receptor beta-2 chain C region

Homo sapiens

UniProt A0A075B5J4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （P11609） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） Protein Trav11,Va14Ja18/Vb8.2,Human nkt tcr alpha chain × 1 （A0A0B4J1J9,A0N4Z0,K7N5M3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanethioamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A075B5J4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 114–130； UniProt 2–18

T cell antigen receptor beta chain 8.2,T-cell receptor beta-2 chain C region,Protein Trbc2,T-cell receptor beta-2 chain C region

Homo sapiens

UniProt A0A5B9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 × 1 （P11609） Beta-2-microglobulin × 1 （P01887） Protein Trav11,Va14Ja18/Vb8.2,Human nkt tcr alpha chain × 1 （A0A0B4J1J9,A0N4Z0,K7N5M3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanethioamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRBC2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 131–241； UniProt 18–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4zak
沉积日期 deposition_date	2015-04-13
结构标题 title	Crystal structure of the mCD1d/DB06-1/iNKTCR ternary complex
关键词 keywords	MHC-fold, Ig-fold, glycolipid antigen presentation, T cell receptor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4zak__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4zak__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4zak__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.86 Å
Rg（电子密度）	39.45 Å
总 Rg	39.36 Å
原子数	6340
残基数	807
排除体积	111800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4zak__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
分子量 formula_weight	32632.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6340

SEAQQKNYTFRCLQMSSFANRSWSRTDSVVWLGDLQTHRWSNDSATISFTKPWSQGKLSNQQWEKLQHMFQVYRVSFTRDIQELVKMMSPKEDYPIEIQLSAGCEMYPGNASESFLHVAFQGKYVVRFWGTSWQTVPGAPSWLDLPIKVLNADQGTSATVQMLLNDTCPLFVRGLLEAGKSDLEKQEKPVAWLSSVPSSAHGHRQLVCHVSGFYPKPVWVMWMRGDQEQQGTHRGDFLPNADETWYLQATLDVEAGEEAGLACRVKHSSLGGQDIILYWHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11660.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

IQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHASMAEPKTVYWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein Trav11,Va14Ja18/Vb8.2,Human nkt tcr alpha chain
分子量 formula_weight	23055.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKTQVEQSPQSLVVRQGENCVLQCNYSVTPDNHLRWFKQDTGKGLVSLTVLVDQKDKTSNGRYSATLDKDAKHSTLHITATLLDDTATYICVVGDRGSALGRLHFGAGTQLIVIPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	T cell antigen receptor beta chain 8.2,T-cell receptor beta-2 chain C region,Protein Trbc2,T-cell receptor beta-2 chain C region
分子量 formula_weight	27027.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MEAAVTQSPRNKVAVTGGKVTLSCNQTNNHNNMYWYRQDTGHGLRLIHYSYGAGSTEKGDIPDGYKASRPSQENFSLILELATPSQTSVYFCASGDEGYTQYFGPGTRLLVLEDLRNVTPPKVSLFEPSKAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYSLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanethioamide
分子量 formula_weight	874.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d4zaka1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d4zaka2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4zakb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d4zakc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4zakc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d4zakd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4zakd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	4zakA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	4zakA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4zakB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4zakC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4zakC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4zakD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4zakD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	78.921 Å
晶胞边长 b length_b	190.544 Å
晶胞边长 c length_c	150.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.824 Å
最低分辨率 resolution_low	45.420 Å
R 因子 r_factor	0.2179
R_work r_work	0.2159
R_free r_free	0.2561

Crystal structure of the mCD1d/DB06-1/iNKTCR ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antigen-presenting glycoprotein CD1d1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Trav11,Va14Ja18/Vb8.2,Human nkt tcr alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Trav11,Va14Ja18/Vb8.2,Human nkt tcr alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Trav11,Va14Ja18/Vb8.2,Human nkt tcr alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell antigen receptor beta chain 8.2,T-cell receptor beta-2 chain C region,Protein Trbc2,T-cell receptor beta-2 chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell antigen receptor beta chain 8.2,T-cell receptor beta-2 chain C region,Protein Trbc2,T-cell receptor beta-2 chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4zak__assembly_1__model_1

4zak__assembly_1__model_1 | I(q)

4zak__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer