4zar

Crystal Structure of Proteinase K from Engyodontium albuminhibited by METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYL KETONE at 1.15 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 53.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proteinase K

Engyodontium album

UniProt P06873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 106–384 片段:unp residues 106-384 METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYL KETONE, bound form × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;Ammonium Sulfate , Tris HCL, calcium chloride 分辨率 1.15 Å R-free 0.135

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 256 个其他 PDB 条目、256 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRTK_ENGAL
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–279; UniProt 106–384

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4zar

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4zar
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4zar
沉积日期 deposition_date2015-04-14
结构标题 titleCrystal Structure of Proteinase K from Engyodontium albuminhibited by METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYL KETONE at 1.15 A resolution
关键词 keywordsSerine Protease inhibitor, hydrolase-hydrolase inhibitor complex; hydrolase/hydrolase inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.71
零角强度 I(0) i016737200.00
分子量 molecular_weight29489.0 kDa
排除体积 excluded_volume36180 ų
包络体积 envelope_volume38926 ų
水化壳体积 shell_volume18778 ų
包络直径 envelope_diameter54.0
壳层 Rg shell_rg23.60
包络 Rg envelope_rg17.03
形状 Rg shape_rg16.72
总 Rg total_rg17.58
总原子数 total_atoms4036
残基数 n_residues282
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.1
Rg (实空间) rg_real17.66
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.18
I(0) (实空间) i0_real1.6740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.69
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16740000.0000
解质量估计 total_estimate0.7218
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.7
偏度 Skewness skewness0.039
峰度 Kurtosis kurtosis-0.508
角度范围 angular_range— – 0.4450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5022000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.227; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.948

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4zarA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Peptidase S8/S53 domain

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)