4zdh

Crystal structure of JKA6 TCR

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.8 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha chain of A6 T-cell receptor,T-cell receptor alpha chain C region

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3–93	未记录	Beta chain of JKF6 T-cell receptor,Protein TRBV28 × 1 （A0A087WZV8）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL, PEG 4000	分辨率 2.10 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ZDH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KGC Immune Receptor 提交 2001-11-26	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.234
1MI5 The crystal structure of LC13 TcR in complex with HLAB8-EBV peptide complex 提交 2002-08-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–91（91 aa）片段：extracellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG, ammonium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1QRN CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN A6 TCR COMPLEXED WITH HLA-A2 BOUND TO ALTERED HTLV-1 TAX PEPTIDE P6A 提交 1999-06-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–91（91 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；287 K；seeding with hanging drop vapor diffusion; 50 mM MOPS pH 7.0, 75 mM MgSO4, 13% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1ZGL Crystal structure of 3A6 TCR bound to MBP/HLA-DR2a 提交 2005-04-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.329
1ZGL Crystal structure of 3A6 TCR bound to MBP/HLA-DR2a 提交 2005-04-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 Q 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.329
1ZGL Crystal structure of 3A6 TCR bound to MBP/HLA-DR2a 提交 2005-04-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 S 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.329
1ZGL Crystal structure of 3A6 TCR bound to MBP/HLA-DR2a 提交 2005-04-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 U 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.329
2BNU Structural and kinetic basis for heightened immunogenicity of T cell vaccines 提交 2005-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–113（112 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAINS, RESIDUES 1-91 链 A 1–91（91 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAINS, RESIDUES 1-91 链 B 2–112（111 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAINS, RESIDUES 1-130	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；PH 6.8	分辨率 1.40 Å
2ESV Structure of the HLA-E-VMAPRTLIL/KK50.4 TCR complex 提交 2005-10-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 3–91（89 aa）片段：Extracellular domain	未记录	IOD IODIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；19-22% PEG 3350, 0.2M Potassium Iodide, pH 6.9-7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
2IAL Structural basis for recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted TCR 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–95（95 aa）	突变：T156C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；10% PEG-2000 MME, 0.1M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.92 Å R-free 0.265
2IAL Structural basis for recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted TCR 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–95（95 aa）	突变：T156C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；10% PEG-2000 MME, 0.1M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.92 Å R-free 0.265
2IAM Structural basis for recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted TCR 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–95（95 aa）	突变：T156C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；8% PEG6000, 0.1M di-ammonium phosphate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
2IAN Structural basis for recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted TCR 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–95（95 aa）	突变：T156C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；10% PEG6000, 0.1M di-ammonium phosphate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
2IAN Structural basis for recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted TCR 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 1–95（95 aa）	突变：T156C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；10% PEG6000, 0.1M di-ammonium phosphate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
2IAN Structural basis for recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted TCR 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 1–95（95 aa）	突变：T156C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；10% PEG6000, 0.1M di-ammonium phosphate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
2IAN Structural basis for recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted TCR 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 S 1–95（95 aa）	突变：T156C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；10% PEG6000, 0.1M di-ammonium phosphate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
2XN9 Crystal structure of the ternary complex between human T cell receptor, staphylococcal enterotoxin H and human major histocompatibility complex class II 提交 2010-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–95（95 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 1-95	突变：YES	GOL GLYCEROL × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；15% W/V PEG 5000 MME, 0.1 M BIS-TRIS PH 7.0, 0.1 M NACL	分辨率 2.30 Å R-free 0.272
2XNA Crystal structure of the complex between human T cell receptor and staphylococcal enterotoxin 提交 2010-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–95（95 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 1-95	突变：YES	GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；12% W/V PEG 5000 MME, 0.1 M MES PH 6.5, 0.1 M NACL	分辨率 2.10 Å R-free 0.261
3O6F Crystal structure of a human autoimmune TCR MS2-3C8 bound to MHC class II self-ligand MBP/HLA-DR4 提交 2010-07-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–92（92 aa）片段：unp residues 1-92	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；10% (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.2 M calcium acetate, and 0.1 M imidazole, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
3O6F Crystal structure of a human autoimmune TCR MS2-3C8 bound to MHC class II self-ligand MBP/HLA-DR4 提交 2010-07-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–92（92 aa）片段：unp residues 1-92	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；10% (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.2 M calcium acetate, and 0.1 M imidazole, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
3O8X Recognition of Glycolipid Antigen by iNKT Cell TCR 提交 2010-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 8–95（88 aa）	突变：T163C	GSL (2S,3R)-3-HYDROXY-2-(TETRADECANOYLAMINO)OCTADECYL ALPHA-D-GALACTOPYRANOSIDURONIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；18% polyethylene glycol 3350, 0.2 M ammonium citrate dibasic, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.74 Å R-free 0.253
3O9W Recognition of a Glycolipid Antigen by the iNKT Cell TCR 提交 2010-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 8–95（88 aa）	突变：T163C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 1O2 (2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；20% polyethylene glycol 3350, 0.1 M citrate pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.258
4UDT T cell receptor (TRAV22,TRBV7-9) structure 提交 2014-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–95（94 aa）片段：VARIABLE DOMAIN TRAV22, RESIDUES 1-112, CONSTANT DOMAIN TRAC1, RESIDUES 2-95	突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；22% W/V PEG 2000 MME, 0.1 M NH4CL PH 8.5, 0.1 M NACL	分辨率 1.35 Å R-free 0.193
4UDU Crystal structure of staphylococcal enterotoxin E in complex with a T cell receptor 提交 2014-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–95（94 aa）片段：VARIABLE DOMAIN TRAV22, RESIDUES 1-112, CONSTANT DOMAIN TRAC1, RESIDUES 2-95	突变：YES	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；15% W/V PEG 20000, 0.1 M GLYCINE PH 9.0, 0.1 M NACL	分辨率 2.50 Å R-free 0.255
5BRZ MAGE-A3 reactive TCR in complex with MAGE-A3 in HLA-A1 提交 2015-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 4–84（81 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M ammonium chloride, 0.1M HEPES pH7, 15% PEG 8000	分辨率 2.62 Å R-free 0.268
5BS0 MAGE-A3 Reactive TCR in complex with Titin Epitope in HLA-A1 提交 2015-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 3–84（82 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.2M Ammonium Chloride, 0.1M MES, 20% PEG 4000	分辨率 2.40 Å R-free 0.262
6DKP The complex among DMF5(alpha-D26Y, alpha-Y50A,beta-L98W) TCR, human Class I MHC HLA-A2 and MART-1(26-35)(A27L) peptide 提交 2018-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–91（91 aa）	突变：D26Y, Y50A,D26Y, Y50A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；12% Peg 3350, 250mM MgCl2, 0.1M HEPES	分辨率 2.97 Å R-free 0.286
6JXR Structure of human T cell receptor-CD3 complex 提交 2019-04-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 m 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å
7FJD Cryo-EM structure of a membrane protein(WT) 提交 2021-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 m 1–140（140 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.20 Å
7FJE Cryo-EM structure of a membrane protein(LL) 提交 2021-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 m 1–140（140 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
7FJF Cryo-EM structure of a membrane protein(CS) 提交 2021-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 m 1–140（140 aa）	未记录	C3S CHOLEST-5-EN-3-YL HYDROGEN SULFATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
7NDT UL40:01 TCR in complex with HLA-E with a non-natural amino acid 提交 2021-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 DDD 1–85（85 aa）链 III 1–85（85 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% (w/v) PEG 8000, 55 mM MOPS pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.269
7RYL T cell receptor CO3 提交 2021-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–93（93 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.15M Ammonium sulfate, 15% PEG 4000, 0.1 MES pH 6	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
7RYM CD1a-endo-gdTCR complex 提交 2021-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–93（93 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulfate	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
7RYN CD1a-sulfatide-gdTCR complex 提交 2021-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–93（93 aa）	未记录	CIS (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；15% PEG 4000, 0.15M Ammonium Sulfate, 0.1M MES pH6	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
7RYO CD1a-dideoxymycobactin-gdTCR complex 提交 2021-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–93（93 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 WGR dideoxymycobactin-838 × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
7T2B Crystal structure of the 5F TCR in complex with HLA-DP4-Ply 提交 2021-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–93（93 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Tacsimate pH 8, PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
7T2B Crystal structure of the 5F TCR in complex with HLA-DP4-Ply 提交 2021-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 1–93（93 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Tacsimate pH 8, PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
7T2B Crystal structure of the 5F TCR in complex with HLA-DP4-Ply 提交 2021-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 1–93（93 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Tacsimate pH 8, PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
7T2B Crystal structure of the 5F TCR in complex with HLA-DP4-Ply 提交 2021-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 S 1–93（93 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Tacsimate pH 8, PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
7T2C Crystal structure of the B5 TCR in complex with HLA-DP4-Ply 提交 2021-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–93（93 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Calcium acetate, PEG 3350, Tris-HCl pH 8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7T2D Crystal structure of the B1 TCR in complex with HLA-DP4-Ply 提交 2021-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–93（93 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；Potassium sodium tartrate, Tris-HCl pH 8	分辨率 3.40 Å R-free 0.271
7T2D Crystal structure of the B1 TCR in complex with HLA-DP4-Ply 提交 2021-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 1–93（93 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；Potassium sodium tartrate, Tris-HCl pH 8	分辨率 3.40 Å R-free 0.271
7T2D Crystal structure of the B1 TCR in complex with HLA-DP4-Ply 提交 2021-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 1–93（93 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；Potassium sodium tartrate, Tris-HCl pH 8	分辨率 3.40 Å R-free 0.271
7T2D Crystal structure of the B1 TCR in complex with HLA-DP4-Ply 提交 2021-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 S 1–93（93 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；Potassium sodium tartrate, Tris-HCl pH 8	分辨率 3.40 Å R-free 0.271
8WYI T cell receptor delta 2 gamma 9 with TCRD TM domain chimera of TRAC 提交 2023-10-31	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 m 121–140（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9WBD Crystal structure of HLA-B*07:02 in complex with SPR epitope and Q04 TCR 提交 2025-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–93（93 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；Tris-HCl, calcium chloride, PEG 3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.270
9WBD Crystal structure of HLA-B*07:02 in complex with SPR epitope and Q04 TCR 提交 2025-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–93（93 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；Tris-HCl, calcium chloride, PEG 3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.270
9WBD Crystal structure of HLA-B*07:02 in complex with SPR epitope and Q04 TCR 提交 2025-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 K 1–93（93 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；Tris-HCl, calcium chloride, PEG 3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.270
9WBD Crystal structure of HLA-B*07:02 in complex with SPR epitope and Q04 TCR 提交 2025-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 1–93（93 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；Tris-HCl, calcium chloride, PEG 3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.270
9ZZV Human T-cell receptor (TCR) with computationally designed orthogonal interface 提交 2026-01-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–94（94 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 1.26 M ammonium sulfate	分辨率 2.05 Å R-free 0.248

共 34 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TCA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 111–201； UniProt 3–93

Beta chain of JKF6 T-cell receptor,Protein TRBV28

Homo sapiens

UniProt A0A087WZV8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 126–262	未记录	Alpha chain of A6 T-cell receptor,T-cell receptor alpha chain C region × 1 （P01848）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL, PEG 4000	分辨率 2.10 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A087WZV8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 105–241； UniProt 126–262

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4zdh
沉积日期 deposition_date	2015-04-17
结构标题 title	Crystal structure of JKA6 TCR
关键词 keywords	T-cell Receptor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.94 Å
零角强度 I(0) i0	43150700.00
分子量 molecular_weight	49561.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61426 Å³
包络体积 envelope_volume	75257 Å³
水化壳体积 shell_volume	26274 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.6 Å
壳层 Rg shell_rg	30.92 Å
包络 Rg envelope_rg	23.78 Å
形状 Rg shape_rg	23.94 Å
总 Rg total_rg	24.74 Å
总原子数 total_atoms	3491
残基数 n_residues	442
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6415
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.255
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.450
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.4514
最高正则化参数 α highest_alpha	14370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.994

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alpha chain of A6 T-cell receptor,T-cell receptor alpha chain C region
分子量 formula_weight	22171.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3641

EVEQNSGPLSVPEGAIASLNCTYSDRGSQSFFWYRQYSGKSPELIMSIYSNGDKEDGRFTAQLNKASQYVSLLIRDAQPSDSATYLCAVTTDSWGKLQFGAGTQVVVTPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta chain of JKF6 T-cell receptor,Protein TRBV28
分子量 formula_weight	27486.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KVTQSSRYLVKRTGEKVFLECVQDMDHENMFWYRQDPGLGLRLIYFSYDVKMKEKGDIPEGYSVSREKKERFSLILASASTDQTSMYLCASSFLGTGVEQYFGPGTRLTVVEDLNKVFPPEVALFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQDPRNHFRCQVQFYGLSEADEWTQARAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	150

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4zdha1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d4zdha2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d4zdhb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4zdhb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4zdhA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4zdhA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4zdhB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4zdhB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	44.695 Å
晶胞边长 b length_b	60.087 Å
晶胞边长 c length_c	82.462 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.098 Å
最低分辨率 resolution_low	19.490 Å
R 因子 r_factor	0.1921
R_work r_work	0.1903
R_free r_free	0.2235

fit	/app/data/saxs_computation/zd/4zdh/4zdh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zd/4zdh/4zdh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zd/4zdh/4zdh.dat

Crystal structure of JKA6 TCR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha chain of A6 T-cell receptor,T-cell receptor alpha chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta chain of JKF6 T-cell receptor,Protein TRBV28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)