4zjb

Crystal structure of (3R)-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase(FabZ) in complex with holo-ACP from Helicobacter pylori

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ

Helicobacter pylori

UniProt Q5G940

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Acyl carrier protein × 1 (Q5EDC8) CITRIC ACID × 1 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5G940_HELPX
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 13–171; UniProt 1–159 作者链 B; PDB构建体 13–171; UniProt 1–159

Acyl carrier protein

Helicobacter pylori

UniProt Q5EDC8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ × 2 (Q5G940) CITRIC ACID × 1 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5EDC8_HELPX
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 9–86; UniProt 1–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4zjb
沉积日期 deposition_date2015-04-29
结构标题 titleCrystal structure of (3R)-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase(FabZ) in complex with holo-ACP from Helicobacter pylori
关键词 keywordsFAS, Fatty acid biosynthesis, complex, LYASE-BIOSYNTHETIC PROTEIN complex; LYASE/BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4zjb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4zjb__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

4zjb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)23.16 Å
Rg(电子密度)22.14 Å
总 Rg23.01 Å
原子数3082
残基数382
排除体积55700 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4zjb__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4zjba_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamilyd.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family familyd.38.1.6 — FabZ-like
结构域编号 domain_idd4zjbb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamilyd.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family familyd.38.1.6 — FabZ-like
结构域编号 domain_idd4zjbg1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.28.1 — ACP-like
家族 Family familya.28.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4zjbg2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4zjbA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hotdog Thioesterase
结构域编号 domain_id4zjbB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hotdog Thioesterase
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7. 引用文献 (1)