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4zvs

Caspase-7 Variant 1 (V1) with reprogrammed substrate specificity due to Y230A/W232M/S234N substitutions, bound to DEVD inhibitor.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-7

Homo sapiens

UniProt P55210

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–198 链 B； UniProt 199–303 链 C； UniProt 1–198 链 D； UniProt 199–303 片段：UNP residues 34-231 片段：UNP residues 232-336 突变：Y230A, W232M, S234N DEVD inhibitor × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277.15 K；300 mM Diammonium Hydrogren Citrate, 14% PEG 3350, 10 mM Guanidinium Chloride, 10 mM Dithiotheritol 分辨率 2.50 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4ZVS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1F1J CRYSTAL STRUCTURE OF CASPASE-7 IN COMPLEX WITH ACETYL-ASP-GLU-VAL-ASP-CHO 提交 2000-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–303（302 aa） 片段：P20/P10 CATALYTIC DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；30% PEG 4000, 0.1 M Na-citrate, 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.35 Å R-free 0.263
1F1J CRYSTAL STRUCTURE OF CASPASE-7 IN COMPLEX WITH ACETYL-ASP-GLU-VAL-ASP-CHO 提交 2000-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–303（302 aa） 片段：P20/P10 CATALYTIC DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；30% PEG 4000, 0.1 M Na-citrate, 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.35 Å R-free 0.263
1F1J CRYSTAL STRUCTURE OF CASPASE-7 IN COMPLEX WITH ACETYL-ASP-GLU-VAL-ASP-CHO 提交 2000-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 2–303（302 aa） 片段：P20/P10 CATALYTIC DOMAIN
链 B 2–303（302 aa） 片段：P20/P10 CATALYTIC DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；30% PEG 4000, 0.1 M Na-citrate, 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.35 Å R-free 0.263
1F1J CRYSTAL STRUCTURE OF CASPASE-7 IN COMPLEX WITH ACETYL-ASP-GLU-VAL-ASP-CHO 提交 2000-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–303（302 aa） 片段：P20/P10 CATALYTIC DOMAIN
链 B 2–303（302 aa） 片段：P20/P10 CATALYTIC DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；30% PEG 4000, 0.1 M Na-citrate, 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.35 Å R-free 0.263
1F1J CRYSTAL STRUCTURE OF CASPASE-7 IN COMPLEX WITH ACETYL-ASP-GLU-VAL-ASP-CHO 提交 2000-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–303（302 aa） 片段：P20/P10 CATALYTIC DOMAIN
链 B 2–303（302 aa） 片段：P20/P10 CATALYTIC DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；30% PEG 4000, 0.1 M Na-citrate, 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.35 Å R-free 0.263
1GQF Crystal structure of human procaspase-7 提交 2001-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 47–303（257 aa）
链 B 47–303（257 aa）
突变：C187A 突变：C187A SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；293 K；50 MM MES, PH 5.6, 10 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 20% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.90 Å R-free 0.285
1I4O CRYSTAL STRUCTURE OF THE XIAP/CASPASE-7 COMPLEX 提交 2001-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–303（280 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.260
1I4O CRYSTAL STRUCTURE OF THE XIAP/CASPASE-7 COMPLEX 提交 2001-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–303（280 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.260
1I4O CRYSTAL STRUCTURE OF THE XIAP/CASPASE-7 COMPLEX 提交 2001-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 24–303（280 aa）
链 B 24–303（280 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.260
1I51 CRYSTAL STRUCTURE OF CASPASE-7 COMPLEXED WITH XIAP 提交 2001-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 51–198（148 aa）
链 B 199–303（105 aa）
链 C 51–198（148 aa）
链 D 199–303（105 aa）
突变：D169A 突变：D169A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, PEG4000, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.45 Å R-free 0.272
1K86 Crystal structure of caspase-7 提交 2001-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 51–303（253 aa）
链 B 51–303（253 aa）
突变：C186A 突变：C186A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；PEG 4000, sodium chloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.60 Å R-free 0.257
1K88 Crystal structure of procaspase-7 提交 2001-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 51–303（253 aa） 片段：procaspase-7
链 B 51–303（253 aa） 片段：procaspase-7
突变：C186A 突变：C186A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；296 K；lithium sulfate, sodium chloride, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.70 Å R-free 0.253
1KMC Crystal Structure of the Caspase-7 / XIAP-BIR2 Complex 提交 2001-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–303（303 aa）
链 B 1–303（303 aa）
突变：C285A 突变：C285A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.3；295 K；PEG 3000, Phosphate/citrate, NaCl, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.275
1SHJ Caspase-7 in complex with DICA allosteric inhibitor 提交 2004-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–303（254 aa）
链 B 50–303（254 aa）
突变：D169A 突变：D169A SO4 SULFATE ION × 3 NXN 2-(2,4-DICHLORO-PHENOXY)-N-(2-MERCAPTO-ETHYL)-ACETAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；citrate, LiSO4, NaCl, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.287
1SHL CASPASE-7 IN COMPLEX WITH FICA ALLOSTERIC INHIBITOR 提交 2004-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 57–199（143 aa）
链 A 210–303（94 aa）
链 B 57–199（143 aa）
链 B 210–303（94 aa）
突变：D192A 突变：D192A 突变：D192A 突变：D192A FXN 5-FLUORO-1H-INDOLE-2-CARBOXYLIC ACID-(2-MERCAPTO-ETHYL)-AMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；citrate, lithium sulfate, sodium chloride, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.273
2QL5 Crystal Structure of caspase-7 with inhibitor AC-DMQD-CHO 提交 2007-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 B 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
链 C 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 D 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
未记录 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；14.5% PEG 3350, 0.3M diammonium hydrogen citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.34 Å R-free 0.233
2QL7 Crystal Structure of Caspase-7 with inhibitor AC-IEPD-CHO 提交 2007-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 B 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
链 C 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 D 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
未记录 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298 K；14.5% PEG 3350, 0.3M diammonium hydrogen citrate, 10mM DTT, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.237
2QL9 Crystal Structure of Caspase-7 with inhibitor AC-DQMD-CHO 提交 2007-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 B 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
链 C 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 D 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
未记录 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298 K；14.5% PEG 3350, 0.3M diammonium hydrogen citrate, 10mM DTT, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.14 Å R-free 0.225
2QLB Crystal Structure of caspase-7 with inhibitor AC-ESMD-CHO 提交 2007-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 B 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
链 C 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 D 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
未记录 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298 K；14.5% PEG 3350, 0.3M diammonium hydrogen citrate, 10mM DTT, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.223
2QLF Crystal Structure of Caspase-7 with inhibitor AC-DNLD-CHO 提交 2007-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 B 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
链 C 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 D 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298 K；14.5% PEG 3350, 0.3M diammonium hydrogen citrate, 10mM DTT, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.229
2QLJ Crystal Structure of Caspase-7 with Inhibitor AC-WEHD-CHO 提交 2007-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 B 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
链 C 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 D 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
未记录 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298 K；14.5% PEG 3350, 0.3M diammonium hydrogen citrate, 10mM DTT, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3EDR The crystal structure of caspase-7 in complex with Acetyl-LDESD-CHO 提交 2008-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit (UNP residues 24 to 196)
链 B 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit (UNP residues 207 to 303)
链 C 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit (UNP residues 24 to 196)
链 D 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit (UNP residues 207 to 303)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；2.1M Sodium Formate,0.1M Sodium Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.45 Å R-free 0.248
3H1P Mature Caspase-7 I213A with DEVD-CHO inhibitor bound to active site 提交 2009-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 50–303（254 aa）
链 B 50–303（254 aa）
突变：I213A 突变：I213A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；14% PEG 3350, 300mM diammonium hydrogen citrate, 10mM guanidine hydrochloride, and 10mM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.61 Å R-free 0.251
3IBC Crystal Structure of Caspase-7 incomplex with Acetyl-YVAD-CHO 提交 2009-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 B 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
链 C 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 D 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；14.5% PEG 3350, 0.3 M diammonium hydrogen citrate, 10mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.75 Å R-free 0.242
3IBF Crystal structure of unliganded caspase-7 提交 2009-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 B 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
链 C 24–196（173 aa） 片段：P20 subunit
链 D 207–303（97 aa） 片段：P10 subunit
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；2.1M Sodium formate, 0.1M Sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.235
3R5K A designed redox-controlled caspase-7 提交 2011-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–303（303 aa）
链 B 1–303（303 aa）
突变：R210C C246S 突变：R210C C246S FMT FORMIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；2.1M Formate, 100mM Citrate, 1.25mM Cystamine, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.86 Å R-free 0.251
4FDL Crystal structure of Caspase-7 提交 2012-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–303（302 aa）
链 B 2–303（302 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.0-5.7, 1.9 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.239
4FEA Crystal structure of CASPASE-7 in Complex with allosteric inhibitor 提交 2012-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 57–303（247 aa） 片段：P20/P10 catalytic domain (UNP residues 57-303)
链 B 57–303（247 aa） 片段：P20/P10 catalytic domain (UNP residues 57-303)
未记录 0TE chloro{methyl hydrogenato(3-)-kappa~2~N,S [pyridin-2-yl(pyridin-2(1H)-ylidene-kappaN)methyl]carbonodithiohydrazonate}copper × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.0-5.7, 1.9 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.79 Å R-free 0.286
4HQ0 Crystal Structure of mutant form of Caspase-7 提交 2012-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 47–303（257 aa） 片段：UNP residues 47-303
链 B 47–303（257 aa） 片段：UNP residues 47-303
突变：D198A 突变：D198A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；sodium acetate pH 4.6, sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.267
4HQR Crystal Structure of mutant form of Caspase-7 提交 2012-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 47–303（257 aa） 片段：UNP residues 47-303
链 B 47–303（257 aa） 片段：UNP residues 47-303
突变：D198A 突变：D198A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；293 K；sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.253
4JB8 Caspase-7 in Complex with DARPin C7_16 提交 2013-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 24–198（175 aa）
链 B 207–303（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；293.15 K；0.2M MgCl2, 100mM Tris, 9% PEG 1000, 9% PEG 8000, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.70 Å R-free 0.194
4JJ8 Caspase-3 specific unnatural amino acid peptides 提交 2013-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 57–303（247 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；295 K；0.15M Sodium citrate pH 4.0, 2.0 M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.94 Å R-free 0.216
4JJ8 Caspase-3 specific unnatural amino acid peptides 提交 2013-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 57–303（247 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；295 K；0.15M Sodium citrate pH 4.0, 2.0 M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.94 Å R-free 0.216
4JR1 Human procaspase-7 bound to Ac-DEVD-CMK 提交 2013-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 57–303（247 aa） 片段：protease domain (UNP residues 57-303)
链 B 57–303（247 aa） 片段：protease domain (UNP residues 57-303)
突变：D198A 突变：D198A CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Tris, pH 8.0, 2 mM DTT, 50 mM sodium chloride, 200 mM ammonium formate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.15 Å R-free 0.227
4JR2 Human procaspase-7/caspase-7 heterodimer bound to Ac-DEVD-CMK 提交 2013-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 57–303（247 aa） 片段：protease domain (UNP residues 57-303)
链 B 57–303（247 aa） 片段：protease domain (UNP residues 57-303)
突变：D198A 突变：D198A CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10 mM Tris, pH 8.0, 2 mM DTT, 50 mM sodium chloride, 200 mM sodium/potassium phosphate, 100 mM Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.65 Å R-free 0.197
4LSZ Caspase-7 in Complex with DARPin D7.18 提交 2013-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 24–198（175 aa） 片段：Caspase-7 subunit p20, UNP residues 24-198
链 B 207–303（97 aa） 片段：Caspase-7 subunit p10, UNP residues 207-303
链 C 24–198（175 aa） 片段：Caspase-7 subunit p20, UNP residues 24-198
链 D 207–303（97 aa） 片段：Caspase-7 subunit p10, UNP residues 207-303
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；0.8M Sodium Formate, 100mM Tris, 13% PEG 4000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.26 Å R-free 0.208
4ZVO Caspase-7 Variant 4 (V4) with reprogrammed substrate specificity due to Y230V/W232Y/S234V/Q276D substitutions bound to VEID inhibitor. 提交 2015-05-18 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–198（198 aa） 片段：UNP residues 34-231
链 B 199–303（105 aa） 片段：UNP residues 232-336
链 C 1–198（198 aa） 片段：UNP residues 34-231
链 D 199–303（105 aa） 片段：UNP residues 232-336
突变：Y230V, W232Y, S234V, Q276D 突变：Y230V, W232Y, S234V, Q276D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；300 mM diammonium citrate, 14% PEG 3350, 10 mM GuHCl
分辨率 2.85 Å R-free 0.251
4ZVP Caspase-7 Variant 2 (V2) with reprogrammed substrate specificity due to Y230V/W232M/Q276C substitutions bound to DEVD inhibitor. 提交 2015-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 34–231（198 aa） 片段：UNP residues 34-231
链 B 232–336（105 aa） 片段：UNP residues 232-336
链 C 34–231（198 aa） 片段：UNP residues 34-231
链 D 232–336（105 aa） 片段：UNP residues 232-336
突变：Y230V/W232M/Q276C 突变：Y230V/W232M/Q276C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；300 mM diammonium citrate, 14% PEG 3350, 10 mM GuHCl, 20% glycerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.224
4ZVQ Caspase-7 Variant 2 (V2) with reprogrammed substrate specificity due to Y230V/W232M/Q276C substitutions bound to VEID inhibitor. 提交 2015-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 34–231（198 aa） 片段：UNP residues 34-231
链 B 232–336（105 aa） 片段：UNP residues 232-336
链 C 34–231（198 aa） 片段：UNP residues 34-231
链 D 232–336（105 aa） 片段：UNP residues 232-336
突变：Y230V/W232M/Q276C 突变：Y230V/W232M/Q276C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；300 mM diammonium citrate, 14% PEG 3350, 10 mM GuHCl, 20% glycerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.208
4ZVR Caspase-7 Variant 4 (V4) with reprogrammed substrate specificity due to Y230V/W232Y/S234V/Q276D substitutions bound to DEVD inhibitor. 提交 2015-05-18 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–198（198 aa） 片段：UNP residues 34-231
链 B 199–303（105 aa） 片段：UNP residues 232-336
链 C 1–198（198 aa） 片段：UNP residues 34-231
链 D 199–303（105 aa） 片段：UNP residues 232-336
突变：Y230V,W232Y,S234V,Q276D 突变：Y230V,W232Y,S234V,Q276D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；300 mM diammonium citrate, 14% PEG 3350, 10 mM GuHCl, 20% glycerol
分辨率 2.30 Å R-free 0.224
4ZVT Caspase-7 Variant 1 (V1) with reprogrammed substrate specificity due to Y230A/W232M/S234N substitutions, bound to VEID inhibitor. 提交 2015-05-18 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–198（198 aa） 片段：UNP residues 34-231
链 B 199–303（105 aa） 片段：UNP residues 232-336
链 C 1–198（198 aa） 片段：UNP residues 34-231
链 D 199–303（105 aa） 片段：UNP residues 232-336
突变：Y230A, W232M, S234N 突变：Y230A, W232M, S234N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277.15 K；300 mM Diammonium Hydrogen Citrate, 14% PEG 3350, 10 mM Guanidinium Chloride, 10 mM Dithiotheritol
分辨率 2.85 Å R-free 0.234
4ZVU Caspase-7 wild-type bound to the caspase-6 cognate tetrapeptide inhibitor Ac-VEID-cho 提交 2015-05-18 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–198（198 aa） 片段：UNP residues 34-231
链 B 199–303（105 aa） 片段：UNP residues 232-336
链 C 1–198（198 aa） 片段：UNP residues 34-231
链 D 199–303（105 aa） 片段：UNP residues 232-336
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277.15 K；300 mM Diammonium Hydrogen Citrate, 14% PEG 3350, 10 mM Guanidinium Chloride, 10 mM Dithiotheritol
分辨率 2.60 Å R-free 0.252
5IC6 Crystal structure of caspase-7 DEVE peptide complex 提交 2016-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–198（198 aa）
链 B 199–303（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2 M ammonium fluoride, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% (w/v) PEG 10000
分辨率 2.70 Å R-free 0.241
5IC6 Crystal structure of caspase-7 DEVE peptide complex 提交 2016-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–198（198 aa）
链 D 199–303（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2 M ammonium fluoride, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% (w/v) PEG 10000
分辨率 2.70 Å R-free 0.241
5K20 Caspase-7 S239E Phosphomimetic 提交 2016-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 34–231（198 aa）
链 B 232–336（105 aa）
链 C 34–231（198 aa）
链 D 232–336（105 aa）
突变：S272E 突变：S272E FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；2.1 M Sodium Formate 100 mM Sodium Citrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.228
5V6U Crystal structure of human caspase-7 soaked with allosteric inhibitor 2-[(2-acetylphenyl)sulfanyl]benzoic acid 提交 2017-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–336（303 aa） 片段：UNP residues 34-336
链 B 34–336（303 aa） 片段：UNP residues 34-336
未记录 8YM 2-[(2-acetylphenyl)sulfanyl]benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；295 K；1.9 M sodium formate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.7
分辨率 2.80 Å R-free 0.245
5V6Z Crystal structure of human caspase-7 soaked with allosteric inhibitor 2-{[2-(4-chlorophenyl)-2-oxoethyl]sulfanyl}benzoic acid 提交 2017-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–336（303 aa） 片段：UNP residues 34-336
链 B 34–336（303 aa） 片段：UNP residues 34-336
未记录 8YJ 2-{[2-(4-chlorophenyl)-2-oxoethyl]sulfanyl}benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；295 K；1.9 M sodium formate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.0-5.7
分辨率 2.60 Å R-free 0.249
6CL1 Caspase-7 in complex with Ac-DW3-KE 提交 2018-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 34–231（198 aa）
链 B 232–336（105 aa）
链 C 34–231（198 aa）
链 D 232–336（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；1:1 dilution with 0.15 M sodium citrate, 1.6 M sodium formate, pH 5.0
分辨率 2.65 Å R-free 0.243
6CL2 Caspase-7 in complex with Ac-ATS009-KE 提交 2018-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 34–231（198 aa）
链 B 232–336（105 aa）
链 C 34–231（198 aa）
链 D 232–336（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；1:1 dilution with 0.15 M sodium citrate, 1.6 M sodium formate, pH 5.0.
分辨率 2.35 Å R-free 0.236
6X8J Caspase-7 in complex with ketomethylene inhibitor reveals tetrahedral adduct 提交 2020-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 34–231（198 aa） 片段：p20 (UNP residues 34-231)
链 B 34–231（198 aa） 片段：p20 (UNP residues 34-231)
链 C 232–336（105 aa） 片段：p11 (UNP residues 232-336)
链 D 232–336（105 aa） 片段：p11 (UNP residues 232-336)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；295 K；1:1 protein : 0.15 M sodium citrate, 1.4 M sodium formate
分辨率 2.60 Å R-free 0.211
6X8L Caspase-7 in complex with elongated ketomethylene inhibitor 提交 2020-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 34–231（198 aa） 片段：p20 (UNP residues 34-231)
链 B 34–231（198 aa） 片段：p20 (UNP residues 34-231)
链 C 232–336（105 aa） 片段：p11 (UNP residues 232-336)
链 D 232–336（105 aa） 片段：p11 (UNP residues 232-336)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；1:1 protein : 0.15 M sodium citrate, 1.45 M sodium formate
分辨率 2.45 Å R-free 0.215
7WZS Crystal structure of Chromobacterium violaceum effector CopC in complex with host calmodulin and caspase-7 提交 2022-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 24–303（280 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；100 mM Bis-Tris propane pH 7.5, 1.5 M lithium sulfate
分辨率 3.60 Å R-free 0.314
8DGZ Caspase-7 bound to substrate mimic and allosteric inhibitor 提交 2022-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–303（302 aa）
链 B 2–303（302 aa）
未记录 8YJ 2-{[2-(4-chlorophenyl)-2-oxoethyl]sulfanyl}benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M sodium citrate and 2.1 M sodium formate
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
8DJ3 Caspase-7 bound to novel allosteric inhibitor 提交 2022-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–303（302 aa）
链 B 2–303（302 aa）
未记录 SE1 2-[(2-{[(3s,5s,7s)-adamantan-1-yl]sulfamoyl}phenyl)sulfanyl]benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；1.9 M sodium formate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.0-5.7
分辨率 3.20 Å R-free 0.249

共 46 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CASP7_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–198； UniProt 1–198 作者链 C； PDB构建体 1–198； UniProt 1–198 作者链 B； PDB构建体 1–105； UniProt 199–303 作者链 D； PDB构建体 1–105； UniProt 199–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4zvs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4zvs
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4zvs
沉积日期 deposition_date2015-05-18
结构标题 titleCaspase-7 Variant 1 (V1) with reprogrammed substrate specificity due to Y230A/W232M/S234N substitutions, bound to DEVD inhibitor.
关键词 keywordsDirected Evolution, Protease, Peptide Inhibitor, designed active site specificity, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.90 Å
零角强度 I(0) i048810800.00
分子量 molecular_weight53881.0 kDa
排除体积 excluded_volume67170 ų
包络体积 envelope_volume77336 ų
水化壳体积 shell_volume28360 ų
包络直径 envelope_diameter70.6 Å
壳层 Rg shell_rg29.70 Å
包络 Rg envelope_rg22.08 Å
形状 Rg shape_rg21.90 Å
总 Rg total_rg22.75 Å
总原子数 total_atoms3777
残基数 n_residues471
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.5 Å
Rg (实空间) rg_real23.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real4.8810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.0160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal48810000.0000
解质量估计 total_estimate0.9133
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.6 Å
偏度 Skewness skewness0.069
峰度 Kurtosis kurtosis-0.577
角度范围 angular_range— – 0.3400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9272000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.992
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4zvsA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1460 —
结构域编号 domain_id4zvsB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1470 — Caspase-like
结构域编号 domain_id4zvsC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1460 —
结构域编号 domain_id4zvsD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1470 — Caspase-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)