SAXSdb — 5a2k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IG LAMBDA-1 CHAIN V REGION S43

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 20–129	片段：RESIDUES 6-115,20-129	ANTIGEN TN, THR IS COVALENTLY BOUND TO GALNAC × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5A2K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5A2I Crystal structure of scFv-SM3 in complex with APD-SGalNAc-RP 提交 2015-05-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 20–129（110 aa）片段：RESIDUES 6-115,20-129	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.88 Å R-free 0.261
5A2J Crystal structure of scFv-SM3 in complex with the naked peptide APDTRP 提交 2015-05-20	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 20–117（98 aa）片段：RESIDUES 6-115,20-129	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.65 Å R-free 0.197
5A2L Crystal structure of scFv-SM3 in complex with APD-CGalNAc-RP 提交 2015-05-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 20–129（110 aa）片段：RESIDUES 6-115,20-129	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.79 Å R-free 0.204
5N7B Understanding the singular conformational landscape of the Tn antigens: Sulfur-for- oxygen substitution in the glycosidic linkage provides new insights into molecular recognition by an antibody 提交 2017-02-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 19–129（111 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350, 0.2 M disodium hydrogen phosphate	分辨率 1.70 Å R-free 0.211

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LV1E_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 135–244； UniProt 20–129

IG LAMBDA-1 CHAIN V REGION S43

MUS MUSCULUS

UniProt P01801

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 6–115	片段：RESIDUES 6-115,20-129	ANTIGEN TN, THR IS COVALENTLY BOUND TO GALNAC × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5A2K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1SM3 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TUMOR SPECIFIC ANTIBODY SM3 COMPLEX WITH ITS PEPTIDE EPITOPE 提交 1997-12-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 2–220（219 aa）片段：FAB FRAGMENT	未记录	CD CADMIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.283
2DLF HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE FV FRAGMENT FROM AN ANTI-DANSYL SWITCH VARIANT ANTIBODY IGG2A(S) CRYSTALLIZED AT PH 6.75 提交 1998-12-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–115（115 aa）片段：FV FRAGMENT (VH DOMAIN) SYNONYM: ANTI-DANSYL FV FRAGMENT	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: TEMPERATURE AT 20C. PRECIPITANT SOLUTION CONTAINED 1 AMMONIUM SULFATE AND 0.025 M SODIUM CACODYLATE (PH 6.75). 5 MG/ML OF FV FRAGMENT., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.55 Å R-free 0.233
5A2I Crystal structure of scFv-SM3 in complex with APD-SGalNAc-RP 提交 2015-05-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 6–115（110 aa）片段：RESIDUES 6-115,20-129	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.88 Å R-free 0.261
5A2J Crystal structure of scFv-SM3 in complex with the naked peptide APDTRP 提交 2015-05-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 6–115（110 aa）片段：RESIDUES 6-115,20-129	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.65 Å R-free 0.197
5A2L Crystal structure of scFv-SM3 in complex with APD-CGalNAc-RP 提交 2015-05-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 6–115（110 aa）片段：RESIDUES 6-115,20-129	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.79 Å R-free 0.204
5N7B Understanding the singular conformational landscape of the Tn antigens: Sulfur-for- oxygen substitution in the glycosidic linkage provides new insights into molecular recognition by an antibody 提交 2017-02-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–114（114 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350, 0.2 M disodium hydrogen phosphate	分辨率 1.70 Å R-free 0.211
5OWP Crystal structure of glycopeptide "GVTSAfPDT*RPAP" in complex with scFv-SM3 提交 2017-09-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 6–111（106 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG 3350, disodium hydrogen phosphate	分辨率 1.85 Å R-free 0.256

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HV32_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 6–117； UniProt 6–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5a2k
沉积日期 deposition_date	2015-05-20
结构标题 title	Crystal structure of scFv-SM3 in complex with APD-TGalNAc-RP
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM, GLYCOPEPTIDES, ANTIBODIES, MOLECULAR RECOGNITION, CONFORMATION ANALYSIS, FUSION PROTEIN; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.16 Å
零角强度 I(0) i0	12132400.00
分子量 molecular_weight	25496.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31693 Å³
包络体积 envelope_volume	35555 Å³
水化壳体积 shell_volume	17318 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.5 Å
壳层 Rg shell_rg	23.35 Å
包络 Rg envelope_rg	17.44 Å
形状 Rg shape_rg	17.10 Å
总 Rg total_rg	18.28 Å
总原子数 total_atoms	1795
残基数 n_residues	221
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.5 Å
Rg (实空间) rg_real	18.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8993
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.195
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.409
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4218000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.983

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	IG LAMBDA-1 CHAIN V REGION S43
分子量 formula_weight	25742.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	1990

QVQLQESGGGLVQPGGSMKLSCVASGFTFSNYWMNWVRQSPEKGLEWVAEIRLKSNNYATHYAESVKGRFTISRDDSKSSVYLQMNNLRAEDTGIYYCTGVGQFAYWGQGTTVTVSASSGGGGSGGGGGSSGSSDIVVTQESALTTSPGETVTLTCRSSTGAVTTSNYANWVQEKPDHLFTGLIGGTNNRAPGVPARFSGSLIGDKAALTITGAQTEDEAIYFCALWYSNHWVFGGGTKLTVLG

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	KOMAGATAELLA PASTORIS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ANTIGEN TN, THR IS COVALENTLY BOUND TO GALNAC
分子量 formula_weight	656.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

APDTRP

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	188

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5a2kH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5a2kH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.418 Å
晶胞边长 b length_b	68.796 Å
晶胞边长 c length_c	90.414 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	90.410 Å
R 因子 r_factor	0.1769
R_work r_work	0.1758
R_free r_free	0.2162

fit	/app/data/saxs_computation/a2/5a2k/5a2k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a2/5a2k/5a2k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a2/5a2k/5a2k.dat

Crystal structure of scFv-SM3 in complex with APD-TGalNAc-RP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IG LAMBDA-1 CHAIN V REGION S43

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

IG LAMBDA-1 CHAIN V REGION S43

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)