5a63

Cryo-EM structure of the human gamma-secretase complex at 3.4 angstrom resolution.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 132.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nicastrin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 6 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–709	未记录	Presenilin-1 × 1 （P49768） Gamma-secretase subunit APH-1A × 1 （Q96BI3） Gamma-secretase subunit PEN-2 × 1 （Q9NZ42） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ;beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 85, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5A63	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2N7Q Structure of the transmembrane domain of human nicastrin in SDS micelles 提交 2015-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 664–709（46 aa）片段：UNP residues 664-709	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] transmembrane domain of human nicastrin-1, 20 mM sodium phosphate-2, 100 mM SDS-3, 1 mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N7R Structure of the transmembrane domain of human nicastrin in DPC micelles 提交 2015-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 664–709（46 aa）片段：UNP residues 664-709	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] transmembrane domain of human nicastrin-1, 20 mM sodium phosphate-2, 200 mM DPC-3, 1 mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5FN2 Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a drug DAPT 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.20 Å
5FN3 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 1 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.10 Å
5FN4 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 2 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.00 Å
5FN5 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 3 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.30 Å
6IDF Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a Notch fragment 提交 2018-09-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6IYC Recognition of the Amyloid Precursor Protein by Human gamma-secretase 提交 2018-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
6LQG Human gamma-secretase in complex with small molecule Avagacestat 提交 2020-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 EN9 (2R)-2-[(4-chlorophenyl)sulfonyl-[[2-fluoranyl-4-(1,2,4-oxadiazol-3-yl)phenyl]methyl]amino]-5,5,5-tris(fluoranyl)pentanamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6LR4 Molecular basis for inhibition of human gamma-secretase by small molecule 提交 2020-01-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ESF (2S)-2-hydroxy-3-methyl-N-[(2S)-1-[[(5S)-3-methyl-4-oxo-2,5-dihydro-1H-3-benzazepin-5-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7C9I Human gamma-secretase in complex with small molecule L-685,458 提交 2020-06-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7D8X CryoEM structure of human gamma-secretase in complex with E2012 and L685458 提交 2020-10-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 GZR 1-[(1S)-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-3-[[3-methoxy-4-(4-methylimidazol-1-yl)phenyl]methylidene]piperidin-2-one × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
7Y5T CryoEM structure of PS1-containing gamma-secretase in complex with MRK-560 提交 2022-06-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 IGD ~{N}-[4-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]-4-(4-chlorophenyl)sulfonyl-cyclohexyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7Y5X CryoEM structure of PS2-containing gamma-secretase treated with MRK-560 提交 2022-06-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7Y5Z CryoEM structure of human PS2-containing gamma-secretase 提交 2022-06-18	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8IM7 Human gamma-secretase treated with ganglioside GM1 提交 2023-03-06	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8K8E Human gamma-secretase in complex with a substrate mimetic 提交 2023-07-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8KCO Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with RO4929097 提交 2023-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–701（701 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 N60 2,2-dimethyl-N-[(7S)-6-oxo-5,7-dihydrobenzo[d][1]benzazepin-7-yl]-N'-(2,2,3,3,3-pentafluoropropyl)propanediamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8KCP Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Crenigacestat 提交 2023-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–701（701 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 N9C 4,4,4-tris(fluoranyl)-N-[(2S)-1-[[(7S)-5-(2-hydroxyethyl)-6-oxidanylidene-7H-pyrido[2,3-d][3]benzazepin-7-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8KCS Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with BMS906024 提交 2023-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–701（701 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 Q70 Osugacestat × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8KCT Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Nirogacestat 提交 2023-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–701（701 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 O6U Nirogacestat × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8KCU Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with MK-0752 提交 2023-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–701（701 aa）	未记录	PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 OL9 MK-0752 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8OQY Structure of apo form of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc 提交 2023-04-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8OQZ Structure of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc in complex with Ab46 提交 2023-04-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8X52 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta49 提交 2023-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8X53 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta46 提交 2023-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8X54 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with APP-C99 提交 2023-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9K95 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with compound E 提交 2024-10-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–709（709 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 A1D6X (2~{S})-2-[2-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]ethanoylamino]-~{N}-[(3~{S})-1-methyl-2-oxidanylidene-5-phenyl-3~{H}-1,4-benzodiazepin-3-yl]propanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NICA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–709； UniProt 1–709

Presenilin-1

Homo sapiens

UniProt P49768

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 6 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–467	未记录	Nicastrin × 1 （Q92542） Gamma-secretase subunit APH-1A × 1 （Q96BI3） Gamma-secretase subunit PEN-2 × 1 （Q9NZ42） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ;beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 85, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5A63	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KR6 Solution structure of presenilin-1 CTF subunit 提交 2009-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 292–467（176 aa）片段：Presenilin-1 CTF subunit, UNP residues 292-467	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ps1ctf-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5FN2 Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a drug DAPT 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.20 Å
5FN3 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 1 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.10 Å
5FN4 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 2 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.00 Å
5FN5 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 3 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.30 Å
6IDF Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a Notch fragment 提交 2018-09-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6IYC Recognition of the Amyloid Precursor Protein by Human gamma-secretase 提交 2018-12-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–467（467 aa）	突变：Q112C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
6LQG Human gamma-secretase in complex with small molecule Avagacestat 提交 2020-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 EN9 (2R)-2-[(4-chlorophenyl)sulfonyl-[[2-fluoranyl-4-(1,2,4-oxadiazol-3-yl)phenyl]methyl]amino]-5,5,5-tris(fluoranyl)pentanamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6LR4 Molecular basis for inhibition of human gamma-secretase by small molecule 提交 2020-01-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ESF (2S)-2-hydroxy-3-methyl-N-[(2S)-1-[[(5S)-3-methyl-4-oxo-2,5-dihydro-1H-3-benzazepin-5-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7C9I Human gamma-secretase in complex with small molecule L-685,458 提交 2020-06-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7D8X CryoEM structure of human gamma-secretase in complex with E2012 and L685458 提交 2020-10-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 GZR 1-[(1S)-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-3-[[3-methoxy-4-(4-methylimidazol-1-yl)phenyl]methylidene]piperidin-2-one × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
7Y5T CryoEM structure of PS1-containing gamma-secretase in complex with MRK-560 提交 2022-06-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 IGD ~{N}-[4-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]-4-(4-chlorophenyl)sulfonyl-cyclohexyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8IM7 Human gamma-secretase treated with ganglioside GM1 提交 2023-03-06	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8K8E Human gamma-secretase in complex with a substrate mimetic 提交 2023-07-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8KCO Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with RO4929097 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 N60 2,2-dimethyl-N-[(7S)-6-oxo-5,7-dihydrobenzo[d][1]benzazepin-7-yl]-N'-(2,2,3,3,3-pentafluoropropyl)propanediamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8KCP Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Crenigacestat 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 N9C 4,4,4-tris(fluoranyl)-N-[(2S)-1-[[(7S)-5-(2-hydroxyethyl)-6-oxidanylidene-7H-pyrido[2,3-d][3]benzazepin-7-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8KCS Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with BMS906024 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 Q70 Osugacestat × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8KCT Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Nirogacestat 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 O6U Nirogacestat × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8KCU Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with MK-0752 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 OL9 MK-0752 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8OQY Structure of apo form of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc 提交 2023-04-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8OQZ Structure of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc in complex with Ab46 提交 2023-04-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–467（467 aa）	突变：D257A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8X52 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta49 提交 2023-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8X53 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta46 提交 2023-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8X54 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with APP-C99 提交 2023-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9K95 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with compound E 提交 2024-10-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–467（467 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 A1D6X (2~{S})-2-[2-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]ethanoylamino]-~{N}-[(3~{S})-1-methyl-2-oxidanylidene-5-phenyl-3~{H}-1,4-benzodiazepin-3-yl]propanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–467； UniProt 1–467

Gamma-secretase subunit APH-1A

Homo sapiens

UniProt Q96BI3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 6 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–265	未记录	Nicastrin × 1 （Q92542） Presenilin-1 × 1 （P49768） Gamma-secretase subunit PEN-2 × 1 （Q9NZ42） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ;beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 85, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5A63	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5FN2 Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a drug DAPT 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.20 Å
5FN3 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 1 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.10 Å
5FN4 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 2 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.00 Å
5FN5 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 3 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.30 Å
6IDF Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a Notch fragment 提交 2018-09-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6IYC Recognition of the Amyloid Precursor Protein by Human gamma-secretase 提交 2018-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
6LQG Human gamma-secretase in complex with small molecule Avagacestat 提交 2020-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 EN9 (2R)-2-[(4-chlorophenyl)sulfonyl-[[2-fluoranyl-4-(1,2,4-oxadiazol-3-yl)phenyl]methyl]amino]-5,5,5-tris(fluoranyl)pentanamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6LR4 Molecular basis for inhibition of human gamma-secretase by small molecule 提交 2020-01-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ESF (2S)-2-hydroxy-3-methyl-N-[(2S)-1-[[(5S)-3-methyl-4-oxo-2,5-dihydro-1H-3-benzazepin-5-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7C9I Human gamma-secretase in complex with small molecule L-685,458 提交 2020-06-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7D8X CryoEM structure of human gamma-secretase in complex with E2012 and L685458 提交 2020-10-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 GZR 1-[(1S)-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-3-[[3-methoxy-4-(4-methylimidazol-1-yl)phenyl]methylidene]piperidin-2-one × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
7Y5T CryoEM structure of PS1-containing gamma-secretase in complex with MRK-560 提交 2022-06-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 IGD ~{N}-[4-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]-4-(4-chlorophenyl)sulfonyl-cyclohexyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7Y5X CryoEM structure of PS2-containing gamma-secretase treated with MRK-560 提交 2022-06-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7Y5Z CryoEM structure of human PS2-containing gamma-secretase 提交 2022-06-18	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8IM7 Human gamma-secretase treated with ganglioside GM1 提交 2023-03-06	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8K8E Human gamma-secretase in complex with a substrate mimetic 提交 2023-07-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8KCO Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with RO4929097 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 N60 2,2-dimethyl-N-[(7S)-6-oxo-5,7-dihydrobenzo[d][1]benzazepin-7-yl]-N'-(2,2,3,3,3-pentafluoropropyl)propanediamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8KCP Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Crenigacestat 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 N9C 4,4,4-tris(fluoranyl)-N-[(2S)-1-[[(7S)-5-(2-hydroxyethyl)-6-oxidanylidene-7H-pyrido[2,3-d][3]benzazepin-7-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8KCS Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with BMS906024 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 Q70 Osugacestat × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8KCT Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Nirogacestat 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 O6U Nirogacestat × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8KCU Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with MK-0752 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 OL9 MK-0752 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8X52 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta49 提交 2023-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8X53 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta46 提交 2023-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8X54 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with APP-C99 提交 2023-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9K95 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with compound E 提交 2024-10-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–265（265 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 A1D6X (2~{S})-2-[2-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]ethanoylamino]-~{N}-[(3~{S})-1-methyl-2-oxidanylidene-5-phenyl-3~{H}-1,4-benzodiazepin-3-yl]propanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APH1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

Gamma-secretase subunit PEN-2

Homo sapiens

UniProt Q9NZ42

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 6 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–101	未记录	Nicastrin × 1 （Q92542） Presenilin-1 × 1 （P49768） Gamma-secretase subunit APH-1A × 1 （Q96BI3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ;beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 85, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5A63	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5FN2 Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a drug DAPT 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.20 Å
5FN3 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 1 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.10 Å
5FN4 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 2 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.00 Å
5FN5 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 3 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.30 Å
6IDF Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a Notch fragment 提交 2018-09-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6IYC Recognition of the Amyloid Precursor Protein by Human gamma-secretase 提交 2018-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
6LQG Human gamma-secretase in complex with small molecule Avagacestat 提交 2020-01-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–101（100 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 EN9 (2R)-2-[(4-chlorophenyl)sulfonyl-[[2-fluoranyl-4-(1,2,4-oxadiazol-3-yl)phenyl]methyl]amino]-5,5,5-tris(fluoranyl)pentanamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6LR4 Molecular basis for inhibition of human gamma-secretase by small molecule 提交 2020-01-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–101（100 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ESF (2S)-2-hydroxy-3-methyl-N-[(2S)-1-[[(5S)-3-methyl-4-oxo-2,5-dihydro-1H-3-benzazepin-5-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7C9I Human gamma-secretase in complex with small molecule L-685,458 提交 2020-06-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–101（100 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7D8X CryoEM structure of human gamma-secretase in complex with E2012 and L685458 提交 2020-10-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–101（100 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 GZR 1-[(1S)-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-3-[[3-methoxy-4-(4-methylimidazol-1-yl)phenyl]methylidene]piperidin-2-one × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
7Y5T CryoEM structure of PS1-containing gamma-secretase in complex with MRK-560 提交 2022-06-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 IGD ~{N}-[4-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]-4-(4-chlorophenyl)sulfonyl-cyclohexyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7Y5X CryoEM structure of PS2-containing gamma-secretase treated with MRK-560 提交 2022-06-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7Y5Z CryoEM structure of human PS2-containing gamma-secretase 提交 2022-06-18	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8IM7 Human gamma-secretase treated with ganglioside GM1 提交 2023-03-06	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8K8E Human gamma-secretase in complex with a substrate mimetic 提交 2023-07-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8KCO Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with RO4929097 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 N60 2,2-dimethyl-N-[(7S)-6-oxo-5,7-dihydrobenzo[d][1]benzazepin-7-yl]-N'-(2,2,3,3,3-pentafluoropropyl)propanediamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8KCP Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Crenigacestat 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 N9C 4,4,4-tris(fluoranyl)-N-[(2S)-1-[[(7S)-5-(2-hydroxyethyl)-6-oxidanylidene-7H-pyrido[2,3-d][3]benzazepin-7-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8KCS Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with BMS906024 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 Q70 Osugacestat × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8KCT Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Nirogacestat 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 O6U Nirogacestat × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8KCU Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with MK-0752 提交 2023-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 OL9 MK-0752 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8OQY Structure of apo form of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc 提交 2023-04-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8OQZ Structure of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc in complex with Ab46 提交 2023-04-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8X52 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta49 提交 2023-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8X53 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta46 提交 2023-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 2–101（100 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8X54 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with APP-C99 提交 2023-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9K95 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with compound E 提交 2024-10-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 A1D6X (2~{S})-2-[2-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]ethanoylamino]-~{N}-[(3~{S})-1-methyl-2-oxidanylidene-5-phenyl-3~{H}-1,4-benzodiazepin-3-yl]propanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PEN2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5a63
沉积日期 deposition_date	2015-06-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of the human gamma-secretase complex at 3.4 angstrom resolution.
关键词 keywords	HYDROLASE, CRYO-EM, HUMAN GAMMA-SECRETASE, MEMBRANE PROTEIN; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.41 Å
零角强度 I(0) i0	262769000.00
分子量 molecular_weight	141560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	181050 Å³
包络体积 envelope_volume	233680 Å³
水化壳体积 shell_volume	50750 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.09 Å
包络 Rg envelope_rg	38.07 Å
形状 Rg shape_rg	38.39 Å
总 Rg total_rg	38.85 Å
总原子数 total_atoms	10003
残基数 n_residues	1223
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	262700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8780
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.431
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	31310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.901

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nicastrin
分子量 formula_weight	78483.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10003

MATAGGGSGADPGSRGLLRLLSFCVLLAGLCRGNSVERKIYIPLNKTAPCVRLLNATHQIGCQSSISGDTGVIHVVEKEEDLQWVLTDGPNPPYMVLLESKHFTRDLMEKLKGRTSRIAGLAVSLTKPSPASGFSPSVQCPNDGFGVYSNSYGPEFAHCREIQWNSLGNGLAYEDFSFPIFLLEDENETKVIKQCYQDHNLSQNGSAPTFPLCAMQLFSHMHAVISTATCMRRSSIQSTFSINPEIVCDPLSDYNVWSMLKPINTTGTLKPDDRVVVAATRLDSRSFFWNVAPGAESAVASFVTQLAAAEALQKAPDVTTLPRNVMFVFFQGETFDYIGSSRMVYDMEKGKFPVQLENVDSFVELGQVALRTSLELWMHTDPVSQKNESVRNQVEDLLATLEKSGAGVPAVILRRPNQSQPLPPSSLQRFLRARNISGVVLADHSGAFHNKYYQSIYDTAENINVSYPEWLSPEEDLNFVTDTAKALADVATVLGRALYELAGGTNFSDTVQADPQTVTRLLYGFLIKANNSWFQSILRQDLRSYLGDGPLQHYIAVSSPTNTTYVVQYALANLTGTVVNLTREQCQDPSKVPSENKDLYEYSWVQGPLHSNETDRLPRCVRSTARLARALSPAFELSQWSSTEYSTWTESRWKDIRARIFLIASKELELITLTVGFGILIFSLIVTYCINAKADVLFIAPREPGAVSY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Presenilin-1
分子量 formula_weight	52713.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTELPAPLSYFQNAQMSEDNHLSNTVRSQNDNRERQEHNDRRSLGHPEPLSNGRPQGNSRQVVEQDEEEDEELTLKYGAKHVIMLFVPVTLCMVVVVATIKSVSFYTRKDGQLIYTPFTEDTETVGQRALHSILNAAIMISVIVVMTILLVVLYKYRCYKVIHAWLIISSLLLLFFFSFIYLGEVFKTYNVAVDYITVALLIWNFGVVGMISIHWKGPLRLQQAYLIMISALMALVFIKYLPEWTAWLILAVISVYDLVAVLCPKGPLRMLVETAQERNETLFPALIYSSTMVWLVNMAEGDPEAQRRVSKNSKYNAESTERESQDTVAENDDGGFSEEWEAQRDSHLGPHRSTPESRAAVQELSSSILAGEDPEERGVKLGLGDFIFYSVLVGKASATASGDWNTTIACFVAILIGLCLTLLLLAIFKKALPALPISITFGLVFYFATDYLVQPFMDQLAFHQFYI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Gamma-secretase subunit APH-1A
分子量 formula_weight	29017.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGAAVFFGCTFVAFGPAFALFLITVAGDPLRVIILVAGAFFWLVSLLLASVVWFILVHVTDRSDARLQYGLLIFGAAVSVLLQEVFRFAYYKLLKKADEGLASLSEDGRSPISIRQMAYVSGLSFGIISGVFSVINILADALGPGVVGIHGDSPYYFLTSAFLTAAIILLHTFWGVVFFDACERRRYWALGLVVGSHLLTSGLTFLNPWYEASLLPIYAVTVSMGLWAFITAGGSLRSIQRSLLCRRQEDSRVMVYSALRIPPED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Gamma-secretase subunit PEN-2
分子量 formula_weight	12038.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MNLERVSNEEKLNLCRKYYLGGFAFLPFLWLVNIFWFFREAFLVPAYTEQSQIKGYVWRSAVGFLFWVIVLTSWITIFQIYRPRWGALGDYLSFTIPLGTP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	159549

fit	/app/data/saxs_computation/a6/5a63/5a63.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a6/5a63/5a63.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a6/5a63/5a63.dat

Cryo-EM structure of the human gamma-secretase complex at 3.4 angstrom resolution.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nicastrin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Presenilin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gamma-secretase subunit APH-1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gamma-secretase subunit PEN-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)