SAXSdb — 5abm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RETINAL DEHYDROGENASE 1

OVIS ARIES

UniProt P51977

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–501 链 D； UniProt 2–501	片段：UNP RESIDUES 2-501	TXE [[(2R,3S,4R,5R)-5-[(3R)-3-aminocarbonyl-3,4-dihydro-2H-pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanidyl-ph osphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphate × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：277 K；100 MM BIS-TRIS, PH 6.0, 4.5-7% PEG5000, 150=225MM MGCL2, 4DEGREE	分辨率 1.70 Å R-free 0.203
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–501 链 B； UniProt 2–501	片段：UNP RESIDUES 2-501	TXE [[(2R,3S,4R,5R)-5-[(3R)-3-aminocarbonyl-3,4-dihydro-2H-pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanidyl-ph osphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphate × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：277 K；100 MM BIS-TRIS, PH 6.0, 4.5-7% PEG5000, 150=225MM MGCL2, 4DEGREE	分辨率 1.70 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5ABM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BXS SHEEP LIVER CLASS 1 ALDEHYDE DEHYDROGENASE WITH NAD BOUND 提交 1998-10-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–500（500 aa）链 B 1–500（500 aa）链 C 1–500（500 aa）链 D 1–500（500 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.35 Å R-free 0.259
5AC0 ovis aries Aldehyde Dehydrogenase 1A1 in complex with a duocarmycin analog 提交 2015-08-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–501（501 aa）链 B 1–501（501 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 K9P 1-[(1S)-1-methyl-5-oxidanyl-1,2-dihydrobenzo[e]indol-3-yl]hexan-1-one × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.197
5AC1 Sheep aldehyde dehydrogenase 1A1 with duocarmycin analog inhibitor 提交 2015-08-11	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–501（501 aa）链 B 1–501（501 aa）	未记录	K9P 1-[(1S)-1-methyl-5-oxidanyl-1,2-dihydrobenzo[e]indol-3-yl]hexan-1-one × 4 TXE [[(2R,3S,4R,5R)-5-[(3R)-3-aminocarbonyl-3,4-dihydro-2H-pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanidyl-ph osphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphate × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 277 K；100 MM BIS-TRIS, PH 6.0, 4.5-7% PEG5000, 150=225MM MGCL2, 4DEGREE	分辨率 2.08 Å R-free 0.265
5AC1 Sheep aldehyde dehydrogenase 1A1 with duocarmycin analog inhibitor 提交 2015-08-11	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–501（501 aa）链 D 1–501（501 aa）	未记录	K9P 1-[(1S)-1-methyl-5-oxidanyl-1,2-dihydrobenzo[e]indol-3-yl]hexan-1-one × 4 TXE [[(2R,3S,4R,5R)-5-[(3R)-3-aminocarbonyl-3,4-dihydro-2H-pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanidyl-ph osphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphate × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 277 K；100 MM BIS-TRIS, PH 6.0, 4.5-7% PEG5000, 150=225MM MGCL2, 4DEGREE	分辨率 2.08 Å R-free 0.265

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AL1A1_SHEEP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–500； UniProt 2–501 作者链 B； PDB构建体 1–500； UniProt 2–501 作者链 C； PDB构建体 1–500； UniProt 2–501 作者链 D； PDB构建体 1–500； UniProt 2–501

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5abm
沉积日期 deposition_date	2015-08-07
结构标题 title	Sheep aldehyde dehydrogenase 1A1
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, OXIDATION-REDUCTION PROCESS, ACTIVITY; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.78 Å
零角强度 I(0) i0	695491000.00
分子量 molecular_weight	219250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	274850 Å³
包络体积 envelope_volume	347000 Å³
水化壳体积 shell_volume	65934 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.1 Å
壳层 Rg shell_rg	49.44 Å
包络 Rg envelope_rg	42.11 Å
形状 Rg shape_rg	42.78 Å
总 Rg total_rg	43.05 Å
总原子数 total_atoms	15405
残基数 n_residues	1976
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.6 Å
Rg (实空间) rg_real	42.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	695500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8909
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.287
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.522
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	175500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.827

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RETINAL DEHYDROGENASE 1
分子量 formula_weight	54754.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.36
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16987

SSSAMPDVPAPLTNLQFKYTKIFINNEWHSSVSGKKFPVFNPATEEKLCEVEEGDKEDVDKAVKAARQAFQIGSPWRTMDASERGRLLNKLADLIERDRLLLATMEAMNGGKLFSNAYLMDLGGCIKTLRYCAGWADKIQGRTIPMDGNFFTYTRSEPVGVCGQIIPWNFPLLMFLWKIGPALSCGNTVVVKPAEQTPLTALHMGSLIKEAGFPPGVVNIVPGYGPTAGAAISSHMDVDKVAFTGSTEVGKLIKEAAGKSNLKRVSLELGGKSPCIVFADADLDNAVEFAHQGVFYHQGQCCIAASRLFVEESIYDEFVRRSVERAKKYVLGNPLTPGVSQGPQIDKEQYEKILDLIESGKKEGAKLECGGGPWGNKGYFIQPTVFSDVTDDMRIAKEEIFGPVQQIMKFKSLDDVIKRANNTFYGLSAGIFTNDIDKAITVSSALQSGTVWVNCYSVVSAQCPFGGFKMSGNGRELGEYGFHEYTEVKTVTIKISQKNS

来源 Source

来源生物 organism	OVIS ARIES
通用名 common_name	SHEEP
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9940
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;[[(2R,3S,4R,5R)-5-[(3R)-3-aminocarbonyl-3,4-dihydro-2H-pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanidyl-ph osphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphate ;
分子量 formula_weight	667.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1340

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5abma_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.1 — ALDH-like

结构域编号 domain_id	d5abmb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.1 — ALDH-like

结构域编号 domain_id	d5abmc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.1 — ALDH-like

结构域编号 domain_id	d5abmd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.1 — ALDH-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5abmA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5abmA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	5abmB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5abmB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	5abmC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5abmC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	5abmD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5abmD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	187.985 Å
晶胞边长 b length_b	80.804 Å
晶胞边长 c length_c	171.408 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	151.850 Å
R 因子 r_factor	0.1813
R_work r_work	0.1801
R_free r_free	0.2027

fit	/app/data/saxs_computation/ab/5abm/5abm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ab/5abm/5abm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ab/5abm/5abm.dat

Sheep aldehyde dehydrogenase 1A1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RETINAL DEHYDROGENASE 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction