SAXSdb — 5ait

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF4

RATTUS NORVEGICUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 N × 2 （P61088） POLYUBIQUITIN-C × 2 （P0CH28） UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 VARIANT 2 × 2 （Q15819） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNF4_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–68； UniProt 131–194 作者链 A； PDB构建体 70–133； UniProt 131–194

UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 N

HOMO SAPIENS

UniProt P61088

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF4 × 1 （O88846） POLYUBIQUITIN-C × 2 （P0CH28） UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 VARIANT 2 × 2 （Q15819） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBE2N_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–154； UniProt 1–152 作者链 E； PDB构建体 3–154； UniProt 1–152

POLYUBIQUITIN-C

BOS TAURUS

UniProt P0CH28

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF4 × 1 （O88846） UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 N × 2 （P61088） UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 VARIANT 2 × 2 （Q15819） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–76； UniProt 77–152 作者链 F； PDB构建体 1–76； UniProt 77–152

UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 VARIANT 2

HOMO SAPIENS

UniProt Q15819

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF4 × 1 （O88846） UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 N × 2 （P61088） POLYUBIQUITIN-C × 2 （P0CH28） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2V2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 3–147； UniProt 1–145 作者链 G； PDB构建体 3–147； UniProt 1–145

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ait
沉积日期 deposition_date	2015-02-17
结构标题 title	A complex of of RNF4-RING domain, UbeV2, Ubc13-Ub (isopeptide crosslink)
关键词 keywords	LIGASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX, COMPLEX; LIGASE/SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ait__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ait__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ait__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.21 Å
Rg（电子密度）	45.87 Å
总 Rg	45.55 Å
原子数	6742
残基数	851
排除体积	120540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ait__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF4
分子量 formula_weight	14758.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6742

GAMGSGTVSCPICMDGYSEIVQNGRLIVSTECGHVFCSQCLRDSLKNANTCPTCRKKINHKRYHPIYIGSGTVSCPICMDGYSEIVQNGRLIVSTECGHVFCSQCLRDSLKNANTCPTCRKKINHKRYHPIYI

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	NORWAY RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 N
分子量 formula_weight	17253.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.19
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

GAMAGLPRRIIKETQRLLAEPVPGIKAEPDESNARYFHVVIAGPQDSPFEGGTFKLELFLPEEYPMAAPKVRFMTKIYHPNVDKLGRIKLDILADKWSPALQIRTVLLSIQALLSAPNPDDPLANDVAEQWKTNEAQAIETARAWTRLYAMNNI

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	POLYUBIQUITIN-C
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	BOS TAURUS
通用名 common_name	CATTLE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 VARIANT 2
分子量 formula_weight	16508.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,G

GAMAVSTGVKVPRNFRLLEELEEGQKGVGDGTVSWGLEDDEDMTLTRWTGMIIGPPRTNYENRIYSLKVECGPKYPEAPPSVRFVTKINMNGINNSSGMVDARSIPVLAKWQNSYSIKVVLQELRRLMMSKENMKLPQPPEGQTYNN

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5aitA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	5aitB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	5aitD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	5aitE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	5aitG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

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晶胞边长 a length_a	77.580 Å
晶胞边长 b length_b	77.580 Å
晶胞边长 c length_c	328.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	67.190 Å
R 因子 r_factor	0.2116
R_work r_work	0.2077
R_free r_free	0.2862

A complex of of RNF4-RING domain, UbeV2, Ubc13-Ub (isopeptide crosslink)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE RNF4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

POLYUBIQUITIN-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 VARIANT 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ait__assembly_1__model_1

5ait__assembly_1__model_1 | I(q)

5ait__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)