5bkl

Crystallographic structure of the cubic crystal form of STMV (77.9 degree rotation) grown from NaCl

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 60 RNA 57	;RNA (5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ; × 21 ;RNA (5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ; × 9 ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 24 ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 3 CHLORIDE ION × 120 MAGNESIUM ION × 39 water × 117	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COAT_STMV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 B； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 C； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 D； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 E； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 F； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 G； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 GG； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 H； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 HH； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 I； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 II； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 J； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 JJ； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 K； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 KK； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 L； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 M； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 N； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 O； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5bkl
沉积日期 deposition_date	2021-03-20
结构标题 title	Crystallographic structure of the cubic crystal form of STMV (77.9 degree rotation) grown from NaCl
关键词 keywords	VIRUS-RNA complex; VIRUS/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5bkl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5bkl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5bkl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	69.81 Å
Rg（电子密度）	70.40 Å
总 Rg	70.34 Å
原子数	145905
残基数	9132
排除体积	1328800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5bkl__assembly_1__model_1`	117-meric （117）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Coat protein
分子量 formula_weight	17533.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,GG,HH,II,JJ,KK
原子数 atom_count	50583

MGRGKVKPNRKSTGDNSNVVTMIRAGSYPKVNPTPTWVRAIPFEVSVQSGIAFKVPVGSLFSANFRTDSFTSVTVMSVRAWTQLTPPVNEYSFVRLKPLFKTGDSTEEFEGRASNINTRASVGYRIPTNLRQNTVAADNVCEVRSNCRQVALVISCCFN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	3905.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P,S,T,V,X,UU,bb

AAAAAAAAAAAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPAPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3576.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Y,a,TT

AAAAAAAAAAA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	3935.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	e,h,i,n,WW,kk,ll,qq

UUUUUUUUUUUUU

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	3322.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	m

UUUUUUUUUUU

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	40

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	915

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晶胞边长 a length_a	234.650 Å
晶胞边长 b length_b	234.650 Å
晶胞边长 c length_c	234.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	240

空间群 space_group	P 2 3
空间群编号 int_tables_number	195
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.940 Å
最低分辨率 resolution_low	78.220 Å
R 因子 r_factor	0.2187
R_work r_work	0.2168
R_free r_free	0.2556

Crystallographic structure of the cubic crystal form of STMV (77.9 degree rotation) grown from NaCl

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5bkl__assembly_1__model_1

5bkl__assembly_1__model_1 | I(q)

5bkl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

Crystallographic structure of the cubic crystal form of STMV (77.9 degree rotation) grown from NaCl

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5bkl__assembly_1__model_1

5bkl__assembly_1__model_1 | I(q)

5bkl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)