SAXSdb — 5bw8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATPase GET3

Saccharomyces cerevisiae (strain RM11-1a)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Golgi to ER traffic protein 4 × 1 （Q12125） Ubiquitin-like protein MDY2 × 1 （Q12285） Unknown Protein × 1 ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GET3_YEAS1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–373； UniProt 2–354 作者链 B； PDB构建体 21–373； UniProt 2–354

Golgi to ER traffic protein 4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q12125

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	ATPase GET3 × 2 （B3LGZ3） Ubiquitin-like protein MDY2 × 1 （Q12285） Unknown Protein × 1 ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GET4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290

Ubiquitin-like protein MDY2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q12285

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	ATPase GET3 × 2 （B3LGZ3） Golgi to ER traffic protein 4 × 1 （Q12125） Unknown Protein × 1 ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MDY2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5bw8
沉积日期 deposition_date	2015-06-06
结构标题 title	2.8 A crystal structure of a Get3-Get4-Get5 intermediate complex from S.cerevisiae
关键词 keywords	Tail-anchored targeting, ATPase, electrostatic interaction, Hydrolase-Transport complex; Hydrolase/Transport
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5bw8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5bw8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5bw8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.87 Å
Rg（电子密度）	38.74 Å
总 Rg	38.89 Å
原子数	7742
残基数	971
排除体积	138420 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5bw8__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATPase GET3
分子量 formula_weight	41576.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7742

MGGSHHHHHHGENLYFQSVDDLTVEPNLHSLITSTTHKWIFVGGKGGVGKTTSSCSIAIQMALSQPNKQFLLISTDPAHNLSDAFGEKFGKDARKVTGMNNLSCMEIDPSAALKDMNDMAVSRANNNGSDGQGDDLGSLLQGGALADLTGSIPGIDEALSFMEVMKHIKRQEQGEGETFDTVIFDTAPTGHTLRFLQLPNTLSKLLEKFGEITNKLGPMLNSFMGAGNVDISGKLNELKANVETIRQQFTDPDLTTFVCVCISEFLSLYETERLIQELISYDMDVNSIIVNQLLFAENDQEHNCKRCQARWKMQKKYLDQIDELYEDFHVVKMPLCAGEIRGLNNLTKFSQFLNKEYNPITDGKVIYELEDKE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain RM11-1a)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	285006
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Golgi to ER traffic protein 4
分子量 formula_weight	35803.2 kDa
突变 mutation	K258A, K260A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVPAESNAVQAKLAKTLQRFENKIKAGDYYEAHQTLRTIANRYVRSKSYEHAIELISQGALSFLKAKQGGSGTDLIFYLLEVYDLAEVKVDDISVARLVRLIAELDPSEPNLKDVITGMNNWSIKFSEYKFGDPYLHNTIGSKLLEGDFVYEAERYFMLGTHDSMIKYVDLLWDWLCQVDDIEDSTVAEFFSRLVFNYLFISNISFAHESKDIFLERFIEKFHPKYEKIDKNGYEIVFFEDYSDLNFLQLLLITCQTADASYFLNLKNHYLDFSQAYKSELEFLGQEYFNENLYFQSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-like protein MDY2
分子量 formula_weight	6034.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSTSASGPEHEFVSKFLTLATLTEPKLPKSYTKPLKDVTNLGVPLPTLKYKYKQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Unknown Protein
分子量 formula_weight	1124.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

XXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5bw8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5bw8B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5bw8C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

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晶胞边长 a length_a	111.960 Å
晶胞边长 b length_b	238.050 Å
晶胞边长 c length_c	52.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.800 Å
R 因子 r_factor	0.2259
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2616

2.8 A crystal structure of a Get3-Get4-Get5 intermediate complex from S.cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATPase GET3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Golgi to ER traffic protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-like protein MDY2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5bw8__assembly_1__model_1

5bw8__assembly_1__model_1 | I(q)

5bw8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

2.8 A crystal structure of a Get3-Get4-Get5 intermediate complex from S.cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATPase GET3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Golgi to ER traffic protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-like protein MDY2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5bw8__assembly_1__model_1

5bw8__assembly_1__model_1 | I(q)

5bw8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)