SAXSdb — 9ns5

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ns5
沉积日期 deposition_date	2025-03-15
结构标题 title	Get3(D57N)-Get4/5 Complex (ATP-bound)
关键词 keywords	membrane protein targeting, ATPase, chaperone, protein complex; CHAPERONE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.34 Å
零角强度 I(0) i0	348882000.00
分子量 molecular_weight	154890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	195130 Å³
包络体积 envelope_volume	268630 Å³
水化壳体积 shell_volume	58471 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.6 Å
壳层 Rg shell_rg	43.60 Å
包络 Rg envelope_rg	39.46 Å
形状 Rg shape_rg	40.42 Å
总 Rg total_rg	40.26 Å
总原子数 total_atoms	10901
残基数 n_residues	1344
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.4 Å
Rg (实空间) rg_real	40.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	348800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8717
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.417
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.388
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	58240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.941; Smooth: 0.867

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-like protein MDY2
分子量 formula_weight	23768.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F
原子数 atom_count	10901

MSTSASGPEHEFVSKFLTLATLTEPKLPKSYTKPLKDVTNLGVPLPTLKYKYKQNRAKKLKLHQDQQGQDNAAVHLTLKKIQAPKFSIEHDFSPSDTILQIKQHLISEEKASHISEIKLLLKGKVLHDNLFLSDLKVTPANSTITVMIKPNPTISKEPEAEKSTNSPAPAPPQELTVPWDDIEALLKNNFENDQAAVRQVMERLQKGWSLAK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	ATPase GET3
分子量 formula_weight	41936.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.-.-
突变 mutation	D57N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D

MGSSHHHHHHSSGENLYFQGHMMDLTVEPNLHSLITSTTHKWIFVGGKGGVGKTTSSCSIAIQMALSQPNKQFLLISTNPAHNLSDAFGEKFGKDARKVTGMNNLSCMEIDPSAALKDMNDMAVSRANNNGSDGQGDDLGSLLQGGALADLTGSIPGIDEALSFMEVMKHIKRQEQGEGETFDTVIFDTAPTGHTLRFLQLPNTLSKLLEKFGEITNKLGPMLNSFMGAGNVDISGKLNELKANVETIRQQFTDPDLTTFVCVCISEFLSLYETERLIQELISYDMDVNSIIVNQLLFAENDQEHNCKRCQARWKMQKKYLDQIDELYEDFHVVKMPLCAGEIRGLNNLTKFSQFLNKEYNPITDGKVIYELEDKE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Golgi to ER traffic protein 4
分子量 formula_weight	38604.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MVPAESNAVQAKLAKTLQRFENKIKAGDYYEAHQTLRTIANRYVRSKSYEHAIELISQGALSFLKAKQGGSGTDLIFYLLEVYDLAEVKVDDISVARLVRLIAELDPSEPNLKDVITGMNNWSIKFSEYKFGDPYLHNTIGSKLLEGDFVYEAERYFMLGTHDSMIKYVDLLWDWLCQVDDIEDSTVAEFFSRLVFNYLFISNISFAHESKDIFLERFIEKFHPKYEKIDKNGYEIVFFEDYSDLNFLQLLLITCQTKDKSYFLNLKNHYLDFSQAYKSELEFLGQEYFNIVAPKQTNFLQDMMSGFLGGSKSGGGGGENLYFQGGSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.190 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	149868

fit	/app/data/saxs_computation/ns/9ns5/9ns5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ns/9ns5/9ns5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ns/9ns5/9ns5.dat

Get3(D57N)-Get4/5 Complex (ATP-bound)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)