SAXSdb — 9ns5

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like protein MDY2

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	ATPase GET3 × 2 （Q12154） Golgi to ER traffic protein 4 × 2 （Q12125） ZINC ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MDY2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 F； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212

ATPase GET3

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12154

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ubiquitin-like protein MDY2 × 2 （Q12285） Golgi to ER traffic protein 4 × 2 （Q12125） ZINC ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GET3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 23–376； UniProt 1–354 作者链 D； PDB构建体 23–376； UniProt 1–354

Golgi to ER traffic protein 4

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12125

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ubiquitin-like protein MDY2 × 2 （Q12285） ATPase GET3 × 2 （Q12154） ZINC ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GET4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–312； UniProt 1–312 作者链 E； PDB构建体 1–312； UniProt 1–312

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ns5
沉积日期 deposition_date	2025-03-15
结构标题 title	Get3(D57N)-Get4/5 Complex (ATP-bound)
关键词 keywords	membrane protein targeting, ATPase, chaperone, protein complex; CHAPERONE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ns5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ns5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ns5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.97 Å
Rg（电子密度）	40.34 Å
总 Rg	40.26 Å
原子数	10901
残基数	1344
排除体积	195130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9ns5__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-like protein MDY2
分子量 formula_weight	23768.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F
原子数 atom_count	10901

MSTSASGPEHEFVSKFLTLATLTEPKLPKSYTKPLKDVTNLGVPLPTLKYKYKQNRAKKLKLHQDQQGQDNAAVHLTLKKIQAPKFSIEHDFSPSDTILQIKQHLISEEKASHISEIKLLLKGKVLHDNLFLSDLKVTPANSTITVMIKPNPTISKEPEAEKSTNSPAPAPPQELTVPWDDIEALLKNNFENDQAAVRQVMERLQKGWSLAK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATPase GET3
分子量 formula_weight	41936.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.-.-
突变 mutation	D57N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D

MGSSHHHHHHSSGENLYFQGHMMDLTVEPNLHSLITSTTHKWIFVGGKGGVGKTTSSCSIAIQMALSQPNKQFLLISTNPAHNLSDAFGEKFGKDARKVTGMNNLSCMEIDPSAALKDMNDMAVSRANNNGSDGQGDDLGSLLQGGALADLTGSIPGIDEALSFMEVMKHIKRQEQGEGETFDTVIFDTAPTGHTLRFLQLPNTLSKLLEKFGEITNKLGPMLNSFMGAGNVDISGKLNELKANVETIRQQFTDPDLTTFVCVCISEFLSLYETERLIQELISYDMDVNSIIVNQLLFAENDQEHNCKRCQARWKMQKKYLDQIDELYEDFHVVKMPLCAGEIRGLNNLTKFSQFLNKEYNPITDGKVIYELEDKE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Golgi to ER traffic protein 4
分子量 formula_weight	38604.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MVPAESNAVQAKLAKTLQRFENKIKAGDYYEAHQTLRTIANRYVRSKSYEHAIELISQGALSFLKAKQGGSGTDLIFYLLEVYDLAEVKVDDISVARLVRLIAELDPSEPNLKDVITGMNNWSIKFSEYKFGDPYLHNTIGSKLLEGDFVYEAERYFMLGTHDSMIKYVDLLWDWLCQVDDIEDSTVAEFFSRLVFNYLFISNISFAHESKDIFLERFIEKFHPKYEKIDKNGYEIVFFEDYSDLNFLQLLLITCQTKDKSYFLNLKNHYLDFSQAYKSELEFLGQEYFNIVAPKQTNFLQDMMSGFLGGSKSGGGGGENLYFQGGSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

分辨率 resolution	3.190 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	149868

Get3(D57N)-Get4/5 Complex (ATP-bound)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like protein MDY2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ATPase GET3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Golgi to ER traffic protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ns5__assembly_1__model_1

9ns5__assembly_1__model_1 | I(q)

9ns5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Get3(D57N)-Get4/5 Complex (ATP-bound)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like protein MDY2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATPase GET3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Golgi to ER traffic protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ns5__assembly_1__model_1

9ns5__assembly_1__model_1 | I(q)

9ns5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)