SAXSdb — 5bwk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATPase GET3

Saccharomyces cerevisiae (strain RM11-1a)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Golgi to ER traffic protein 4 × 8 （Q12125） Ubiquitin-like protein MDY2 × 8 （Q12285） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GET3_YEAS1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–373； UniProt 2–354 作者链 B； PDB构建体 21–373； UniProt 2–354 作者链 C； PDB构建体 21–373； UniProt 2–354 作者链 D； PDB构建体 21–373； UniProt 2–354 作者链 M； PDB构建体 21–373； UniProt 2–354 作者链 N； PDB构建体 21–373； UniProt 2–354 作者链 O； PDB构建体 21–373； UniProt 2–354 作者链 P； PDB构建体 21–373； UniProt 2–354

Golgi to ER traffic protein 4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q12125

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	ATPase GET3 × 8 （B3LGZ3） Ubiquitin-like protein MDY2 × 8 （Q12285） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GET4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–303； UniProt 11–311 作者链 G； PDB构建体 3–303； UniProt 11–311 作者链 I； PDB构建体 3–303； UniProt 11–311 作者链 K； PDB构建体 3–303； UniProt 11–311 作者链 Q； PDB构建体 3–303； UniProt 11–311 作者链 S； PDB构建体 3–303； UniProt 11–311 作者链 U； PDB构建体 3–303； UniProt 11–311 作者链 W； PDB构建体 3–303； UniProt 11–311

Ubiquitin-like protein MDY2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q12285

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	ATPase GET3 × 8 （B3LGZ3） Golgi to ER traffic protein 4 × 8 （Q12125） ZINC ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MDY2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 H； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 J； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 L； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 R； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 T； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 V； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 X； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5bwk
沉积日期 deposition_date	2015-06-08
结构标题 title	6.0 A Crystal structure of a Get3-Get4-Get5 intermediate complex from S.cerevisiae
关键词 keywords	Tail-anchored targeting, ATPase, electrostatic interaction, Hydrolase-Transport complex; Hydrolase/Transport
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5bwk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5bwk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5bwk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	64.55 Å
Rg（电子密度）	64.14 Å
总 Rg	64.07 Å
原子数	41907
残基数	5192
排除体积	750900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5bwk__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATPase GET3
分子量 formula_weight	41576.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,M,N,O,P,C
原子数 atom_count	41907

MGGSHHHHHHGENLYFQSVDDLTVEPNLHSLITSTTHKWIFVGGKGGVGKTTSSCSIAIQMALSQPNKQFLLISTDPAHNLSDAFGEKFGKDARKVTGMNNLSCMEIDPSAALKDMNDMAVSRANNNGSDGQGDDLGSLLQGGALADLTGSIPGIDEALSFMEVMKHIKRQEQGEGETFDTVIFDTAPTGHTLRFLQLPNTLSKLLEKFGEITNKLGPMLNSFMGAGNVDISGKLNELKANVETIRQQFTDPDLTTFVCVCISEFLSLYETERLIQELISYDMDVNSIIVNQLLFAENDQEHNCKRCQARWKMQKKYLDQIDELYEDFHVVKMPLCAGEIRGLNNLTKFSQFLNKEYNPITDGKVIYELEDKE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain RM11-1a)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	285006
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Golgi to ER traffic protein 4
分子量 formula_weight	37246.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,I,K,Q,S,U,W

MGAKLAKTLQRFENKIKAGDYYEAHQTLRTIANRYVRSKSYEHAIELISQGALSFLKAKQGGSGTDLIFYLLEVYDLAEVKVDDISVARLVRLIAELDPSEPNLKDVITGMNNWSIKFSEYKFGDPYLHNTIGSKLLEGDFVYEAERYFMLGTHDSMIKYVDLLWDWLCQVDDIEDSTVAEFFSRLVFNYLFISNISFAHESKDIFLERFIEKFHPKYEKIDKNGYEIVFFEDYSDLNFLQLLLITCQTADASYFLNLKNHYLDFSQAYKSELEFLGQEYFNIVAPKQTNFLQDMMSGFLGGSGENLYFQSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-like protein MDY2
分子量 formula_weight	6305.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H,J,L,R,T,V,X

MSTSASGPEHEFVSKFLTLATLTEPKLPKSYTKPLKDVTNLGVPLPTLKYKYKQNR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	152.430 Å
晶胞边长 b length_b	127.330 Å
晶胞边长 c length_c	210.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2740
R_work r_work	0.2739
R_free r_free	0.3025

6.0 A Crystal structure of a Get3-Get4-Get5 intermediate complex from S.cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATPase GET3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Golgi to ER traffic protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-like protein MDY2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5bwk__assembly_1__model_1

5bwk__assembly_1__model_1 | I(q)

5bwk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

6.0 A Crystal structure of a Get3-Get4-Get5 intermediate complex from S.cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATPase GET3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Golgi to ER traffic protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-like protein MDY2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5bwk__assembly_1__model_1

5bwk__assembly_1__model_1 | I(q)

5bwk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)