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5c52

Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 135.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase subunit gamma-1

Homo sapiens

UniProt P54098

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 25–1239 未记录 DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial × 2 （Q9UHN1） DNA (26-MER) × 1 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*C)-3') ; × 1 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES 分辨率 3.64 Å R-free 0.314

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5C52 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3IKM Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme 提交 2009-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–1239（1170 aa） 片段：UNP residues 70-1239
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.24 Å R-free 0.303
3IKM Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme 提交 2009-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–1239（1170 aa） 片段：UNP residues 70-1239
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.24 Å R-free 0.303
4ZTU Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase 提交 2015-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 30–1239（1210 aa） 片段：UNP residues 30-1239
突变：D198A, E200A MG MAGNESIUM ION × 2 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；PEG8000, KCl, CaCl2
分辨率 3.30 Å R-free 0.316
4ZTZ Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase 提交 2015-05-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 30–1239（1210 aa） 片段：UNP residues 30-1239
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；297 K；PEG8000, KCl, CaCl2
分辨率 3.44 Å R-free 0.320
5C51 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 25–1239（1215 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES
分辨率 3.43 Å R-free 0.345
5C53 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 25–1239（1215 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 4Y3 [[(2~{S},5~{R})-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3$l^{4}-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES
分辨率 3.57 Å R-free 0.338
8D33 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GC basepair 提交 2022-05-31 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.46 Å
8D37 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in replication conformer 提交 2022-05-31 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
8D3R Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in intermediate conformer 提交 2022-06-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8D42 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in editing conformer (composite) 提交 2022-06-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
8G5I Cryo-EM structure of the Mismatch Sensing Complex (I) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris, pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
8G5J Cryo-EM structure of the Mismatch Uncoupling Complex (II) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
8G5K Cryo-EM structure of the Wedge Alignment Complex (VIII) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8G5L Cryo-EM structure of the Primer Separation Complex (IX) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8G5M Cryo-EM structure of the Mismatch Locking Complex (III) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
突变：D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å
8G5N Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (VI) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
突变：D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.73 Å
8G5O Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (IV) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
突变：D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.61 Å
8G5P Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (V) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
突变：D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.78 Å
8T7E Cryo-EM structure of the Backtracking Initiation Complex (VII) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-06-20 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris, pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
8UDK Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma R853A Ternary Complex 提交 2023-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 A 1–1239（1239 aa）
突变：D198A, E200A, R853A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 50 mM BME, 3% PEG 8000, 1-8% sucrose, 2% Jeffamine, 0.8 M NDSB
分辨率 3.43 Å R-free 0.234
8UDL Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma Binary Complex 提交 2023-09-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1239（1239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.37 Å
8V54 Engaged conformation of the human mitochondrial DNA polymerase gamma bound to DNA 提交 2023-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 26–1239（1214 aa）
突变：D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8V55 Human mitochondrial DNA polymerase gamma bound to a replication fork in an open conformation 提交 2023-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 26–1239（1214 aa）
突变：D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8V5D Human mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit, PolG, in an APO conformation 提交 2023-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–1239（1214 aa）
突变：D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8V5R Active conformation of DNA polymerase gamma bound to DNA 提交 2023-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 26–1239（1214 aa）
突变：D198A, E200A MG MAGNESIUM ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9GGB Structure of the G848S mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma in complex with PZL-A 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 26–1239（1214 aa）
突变：G848S CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1IK1 1-[(4S)-8-chloranyl-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-3-(1-phenylpyrazol-3-yl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
9GGC Structure of the G848S mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 26–1239（1214 aa）
突变：G848S CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.39 Å
9GGD Structure of the A467T mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma in complex with PZL-A 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 26–1239（1214 aa）
突变：A467T CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1IK1 1-[(4S)-8-chloranyl-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-3-(1-phenylpyrazol-3-yl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.67 Å
9GGE Structure of the A467T mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 26–1239（1214 aa）
突变：A467T CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
9GGF Structure of WT human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 26–1239（1214 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
9IC1 Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in replication conformer 提交 2025-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 26–1239（1214 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.73 Å
9IC3 Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in mouse-like error-editing conformer (composite) 提交 2025-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 26–1239（1214 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
9Y4C Strand displacement state I of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1239（1239 aa）
突变：D198A, E200A CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
9Y4D Strand displacement state II of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1239（1239 aa）
突变：D198A, E200A CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9Y4E Strand displacement state III of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1239（1239 aa）
突变：D198A, E200A CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9Y4F Strand displacement state IV of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1239（1239 aa）
突变：D198A, E200A CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.62 Å

共 35 个其他 PDB 条目、36 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPOG1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1205； UniProt 25–1239

DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q9UHN1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–485 链 C； UniProt 1–485 未记录 DNA polymerase subunit gamma-1 × 1 （P54098） DNA (26-MER) × 1 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*C)-3') ; × 1 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES 分辨率 3.64 Å R-free 0.314

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5C52 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2G4C Crystal Structure of human DNA polymerase gamma accessory subunit 提交 2006-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；10%PEG 8000, 100 mM Tris-Cl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K
分辨率 3.15 Å R-free 0.285
2G4C Crystal Structure of human DNA polymerase gamma accessory subunit 提交 2006-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 26–485（460 aa）
链 D 26–485（460 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；10%PEG 8000, 100 mM Tris-Cl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K
分辨率 3.15 Å R-free 0.285
3IKL Crystal structure of Pol gB delta-I4. 提交 2009-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–146（146 aa）
链 A 181–485（305 aa）
链 B 1–146（146 aa）
链 B 181–485（305 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.10 Å R-free 0.294
3IKM Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme 提交 2009-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 59–485（427 aa） 片段：UNP residues 59-485
链 C 59–485（427 aa） 片段：UNP residues 59-485
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.24 Å R-free 0.303
3IKM Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme 提交 2009-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 59–485（427 aa） 片段：UNP residues 59-485
链 F 59–485（427 aa） 片段：UNP residues 59-485
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.24 Å R-free 0.303
4ZTU Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase 提交 2015-05-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；PEG8000, KCl, CaCl2
分辨率 3.30 Å R-free 0.316
4ZTZ Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase 提交 2015-05-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；297 K；PEG8000, KCl, CaCl2
分辨率 3.44 Å R-free 0.320
5C51 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES
分辨率 3.43 Å R-free 0.345
8D33 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GC basepair 提交 2022-05-31 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.46 Å
8D37 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in replication conformer 提交 2022-05-31 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
8D3R Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in intermediate conformer 提交 2022-06-01 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8D42 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in editing conformer (composite) 提交 2022-06-01 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
8G5I Cryo-EM structure of the Mismatch Sensing Complex (I) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris, pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
8G5J Cryo-EM structure of the Mismatch Uncoupling Complex (II) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
8G5K Cryo-EM structure of the Wedge Alignment Complex (VIII) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8G5L Cryo-EM structure of the Primer Separation Complex (IX) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8G5M Cryo-EM structure of the Mismatch Locking Complex (III) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å
8G5N Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (VI) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.73 Å
8G5O Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (IV) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.61 Å
8G5P Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (V) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.78 Å
8T7E Cryo-EM structure of the Backtracking Initiation Complex (VII) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-06-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris, pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
8UDK Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma R853A Ternary Complex 提交 2023-09-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 50 mM BME, 3% PEG 8000, 1-8% sucrose, 2% Jeffamine, 0.8 M NDSB
分辨率 3.43 Å R-free 0.234
8UDL Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma Binary Complex 提交 2023-09-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.37 Å
8V54 Engaged conformation of the human mitochondrial DNA polymerase gamma bound to DNA 提交 2023-11-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8V55 Human mitochondrial DNA polymerase gamma bound to a replication fork in an open conformation 提交 2023-11-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8V5R Active conformation of DNA polymerase gamma bound to DNA 提交 2023-11-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9GGB Structure of the G848S mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma in complex with PZL-A 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
突变：A169T 突变：A169T CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1IK1 1-[(4S)-8-chloranyl-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-3-(1-phenylpyrazol-3-yl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
9GGC Structure of the G848S mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
突变：A169T 突变：A169T CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.39 Å
9GGD Structure of the A467T mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma in complex with PZL-A 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
突变：A169T 突变：A169T CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1IK1 1-[(4S)-8-chloranyl-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-3-(1-phenylpyrazol-3-yl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.67 Å
9GGE Structure of the A467T mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
突变：A169T 突变：A169T CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
9GGF Structure of WT human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
突变：A169T 突变：A169T CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
9IBX Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in replication conformer 提交 2025-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
突变：A169T 突变：A169T CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.54 Å
9IBZ Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in human-like error-editing conformer (composite) 提交 2025-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
突变：A169T 突变：A169T CA CALCIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
9IC0 Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in mouse-like error-editing conformer (composite) 提交 2025-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 26–485（460 aa）
链 C 26–485（460 aa）
突变：A169T 突变：A169T CA CALCIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å
9Y4C Strand displacement state I of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
9Y4D Strand displacement state II of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9Y4E Strand displacement state III of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9Y4F Strand displacement state IV of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–485（485 aa）
链 C 1–485（485 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.62 Å

共 36 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPOG2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–485； UniProt 1–485 作者链 C； PDB构建体 1–485； UniProt 1–485

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5c52

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5c52
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5c52
沉积日期 deposition_date2015-06-19
结构标题 titleProbing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma
关键词 keywords;Nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTIs), HIV reverse transcriptase (RT), human mitochondrial DNA polymerase, transferase-DNA complex ;; transferase/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.86 Å
零角强度 I(0) i0706016000.00
分子量 molecular_weight208840.0 kDa
排除体积 excluded_volume257510 ų
包络体积 envelope_volume363890 ų
水化壳体积 shell_volume72155 ų
包络直径 envelope_diameter147.6 Å
壳层 Rg shell_rg47.76 Å
包络 Rg envelope_rg40.53 Å
形状 Rg shape_rg40.87 Å
总 Rg total_rg41.17 Å
总原子数 total_atoms14639
残基数 n_residues1751
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax135.6 Å
Rg (实空间) rg_real40.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real7.0600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal706100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8833
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary132.0 Å
偏度 Skewness skewness0.308
峰度 Kurtosis kurtosis-0.331
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha128400000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.876
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5c52B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2
结构域编号 domain_id5c52B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily800 — Anticodon-binding domain
结构域编号 domain_id5c52C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2
结构域编号 domain_id5c52C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily800 — Anticodon-binding domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)