SAXSdb — 5c7e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ASPR2 protein

Oryza sativa

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–209 链 B； UniProt 1–209 链 C； UniProt 1–209 链 D； UniProt 1–209	片段：N-terminal domain (UNP residues 1-209)	Auxin-responsive protein IAA10 × 4 （Q38828） ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% w/v PEG 3,350, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 3.10 Å R-free 0.229
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–209 链 F； UniProt 1–209	片段：N-terminal domain (UNP residues 1-209)	Auxin-responsive protein IAA10 × 4 （Q38828） ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% w/v PEG 3,350, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 3.10 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5C7E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4ZHE Crystal structure of the SeMet substituted Topless related protein 2 (TPR2) N-terminal domain (1-209) from rice 提交 2015-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–209（209 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN (UNP residues 1-209) 链 B 1–209（209 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN (UNP residues 1-209) 链 C 1–209（209 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN (UNP residues 1-209) 链 D 1–209（209 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN (UNP residues 1-209)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% w/v PEG 3,350, 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M BIS-TRIS, pH 6.5, 19.6 mM 5-Methyl-6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
5C6Q Crystal structure of the apo TOPLESS related protein 2 (TPR2) N-terminal domain (1-209) from rice 提交 2015-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–209（209 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-209)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M BIS-TRIS, pH 6.5	分辨率 3.25 Å R-free 0.270
5C6V Crystal structure of the rice Topless related protein 2 (TPR2) N-terminal domain (1-209) in complex with Arabidopsis NINJA peptide 提交 2015-06-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–209（209 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-209) 链 B 1–209（209 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-209) 链 C 1–209（209 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-209) 链 D 1–209（209 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-209)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% w/v PEG 3,350, 0.2 M NaCl, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 3.0% w/v D-(+)-glucose monohydrate	分辨率 3.10 Å R-free 0.286
5C7F Crystal structure of the rice Topless related protein 2 (TPR2) N-terminal domain (1-209) in complex with Arabidopsis IAA1 peptide 提交 2015-06-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–209（209 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-209) 链 B 1–209（209 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-209) 链 C 1–209（209 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-209) 链 D 1–209（209 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-209)	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% w/v PEG 3,350, 0.2 M NaCl, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.256
5J9K Crystal structure of the rice Topless related protein 2 (TPR2) N-terminal topless domain (1-209) in complex with rice D53 repressor EAR peptide motif 提交 2016-04-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–209（209 aa）片段：N-terminal topless domain (UNP residues 1-209) 链 B 1–209（209 aa）片段：N-terminal topless domain (UNP residues 1-209)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% w/v Polyethylene glycol 3350, 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS, pH 6.5	分辨率 2.55 Å R-free 0.253
5JA5 Crystal structure of the rice Topless related protein 2 (TPR2) N-terminal topless domain (1-209) L111A and L130A mutant in complex with rice D53 repressor EAR peptide motif 提交 2016-04-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–209（209 aa）片段：N-terminal topless domain (UNP residues 1-209)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；293 K；20% w/v Polyethylene glycol 3350, 0.2 M Potassium phosphate monobasic, pH 4.8	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
5JGC Crystal structure of the rice Topless related protein 2 (TPR2) N-terminal topless domain (1-209) L111A, L130A, L179A and I195A mutant 提交 2016-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–209（209 aa）片段：N-terminal topless domain (UNP residues 1-209)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；15% w/v Polyethylene glycol 4000, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5	分辨率 2.08 Å R-free 0.246
5JHP Crystal structure of the rice Topless related protein 2 (TPR2) N-terminal topless domain (1-209) L179A and I195A mutant in complex with rice D53 repressor EAR peptide motif 提交 2016-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–209（209 aa）片段：N-terminal topless domain (UNP residues 1-209) 链 B 1–209（209 aa）片段：N-terminal topless domain (UNP residues 1-209) 链 C 1–209（209 aa）片段：N-terminal topless domain (UNP residues 1-209) 链 D 1–209（209 aa）片段：N-terminal topless domain (UNP residues 1-209)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；20% w/v Polyethylene glycol 3350, 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, pH 6.0	分辨率 3.15 Å R-free 0.284

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5NBT9_ORYSJ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209 作者链 B； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209 作者链 C； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209 作者链 D； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209 作者链 E； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209 作者链 F； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209

Auxin-responsive protein IAA10

物种未注明

UniProt Q38828

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 41–51 链 H； UniProt 41–51 链 I； UniProt 41–51 链 J； UniProt 41–51	片段：UNP residues 41-51	ASPR2 protein × 4 （Q5NBT9） ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% w/v PEG 3,350, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 3.10 Å R-free 0.229
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 41–51 链 L； UniProt 41–51	片段：UNP residues 41-51	ASPR2 protein × 4 （Q5NBT9） ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% w/v PEG 3,350, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 3.10 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IAA10_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–11； UniProt 41–51 作者链 H； PDB构建体 1–11； UniProt 41–51 作者链 I； PDB构建体 1–11； UniProt 41–51 作者链 J； PDB构建体 1–11； UniProt 41–51 作者链 K； PDB构建体 1–11； UniProt 41–51 作者链 L； PDB构建体 1–11； UniProt 41–51

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5c7e
沉积日期 deposition_date	2015-06-24
结构标题 title	Crystal structure of the rice Topless related protein 2 (TPR2) N-terminal domain (1-209) in complex with Arabidopsis IAA10 peptide
关键词 keywords	;transcriptional corepressor, alpha-helical structure, tetrameric protein, plant transcriptional repression, TRANSCRIPTION, Plant development ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.05 Å
零角强度 I(0) i0	310141000.00
分子量 molecular_weight	150960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	191300 Å³
包络体积 envelope_volume	295410 Å³
水化壳体积 shell_volume	52034 Å³
包络直径 envelope_diameter	194.0 Å
壳层 Rg shell_rg	48.59 Å
包络 Rg envelope_rg	51.62 Å
形状 Rg shape_rg	53.00 Å
总 Rg total_rg	53.06 Å
总原子数 total_atoms	10635
残基数 n_residues	1281
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.1 Å
Rg (实空间) rg_real	53.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	309700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8217
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.545
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.327
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.725; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.874; Smooth: 0.646

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ASPR2 protein
分子量 formula_weight	24903.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	10658

MSSLSRELVFLILQFLDEEKFKETVHKLEQESGFFFNMKYFEEKVHAGEWDEVEKYLSGFTKVDDNRYSMKIFFEIRKQKYLEALDRHDRAKAVDILVKDLKVFSTFNEELYKEITQLLTLENFRENEQLSKYGDTKSARSIMLIELKKLIEANPLFREKLVFPTLKASRLRTLINQSLNWQHQLCKNPRPNPDIKTLFTDHTCTPPNG

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa
通用名 common_name	Rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4530
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Auxin-responsive protein IAA10
分子量 formula_weight	1160.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

SETELDLALGL

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	162.668 Å
晶胞边长 b length_b	162.668 Å
晶胞边长 c length_c	157.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	44.995 Å
R 因子 r_factor	0.1977
R_work r_work	0.1961
R_free r_free	0.2287

fit	/app/data/saxs_computation/c7/5c7e/5c7e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c7/5c7e/5c7e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c7/5c7e/5c7e.dat

Crystal structure of the rice Topless related protein 2 (TPR2) N-terminal domain (1-209) in complex with Arabidopsis IAA10 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ASPR2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Auxin-responsive protein IAA10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)