SAXSdb — 5ccv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase NS5

Dengue virus type 3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
10	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与蛋白数一致
11	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与蛋白数一致
12	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与蛋白数一致
13	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与蛋白数一致
14	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_DEN3P
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–894； UniProt 2491–3390 作者链 B； PDB构建体 1–894； UniProt 2491–3390 作者链 C； PDB构建体 1–894； UniProt 2491–3390 作者链 D； PDB构建体 1–894； UniProt 2491–3390 作者链 E； PDB构建体 1–894； UniProt 2491–3390 作者链 F； PDB构建体 1–894； UniProt 2491–3390 作者链 G； PDB构建体 1–894； UniProt 2491–3390 作者链 H； PDB构建体 1–894； UniProt 2491–3390

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ccv
沉积日期 deposition_date	2015-07-02
结构标题 title	Crystal structure of full-length NS5 from dengue virus type 3
关键词 keywords	methyltransferase, nonstructural protein, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ccv__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ccv__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ccv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.30 Å
Rg（电子密度）	30.65 Å
总 Rg	31.34 Å
原子数	6920
残基数	851
排除体积	122610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ccv__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ccv__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5ccv__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5ccv__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5ccv__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5ccv__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`5ccv__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`5ccv__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`5ccv__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`5ccv__assembly_10__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`5ccv__assembly_11__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`5ccv__assembly_12__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`5ccv__assembly_13__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
14	1	`5ccv__assembly_14__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase NS5
分子量 formula_weight	104140.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.56,2.1.1.57,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	52681

GTGSQGETLGEKWKKKLNQLSRKEFDLYKKSGITEVDRTEAKEGLKRGEITHHAVSRGSAKLQWFVERNMVIPEGRVIDLGCGRGGWSYYCAGLKKVTEVRGYTKGGPGHEEPVPMSTYGWNIVKLMSGKDVFYLPPEKCDTLLCDIGESSPSPTVEESRTIRVLKMVEPWLKNNQFCIKVLNPYMPTVIEHLERLQRKHGGMLVRNPLSRNSTHEMYWISNGTGNIVSSVNMVSRLLLNRFTMTHRRPTIEKDVDLGAGTRHVNAEPETPNMDVIGERIKRIKEEHSSTWHYDDENPYKTWAYHGSYEVKATGSASSMINGVVKLLTKPWDVVPMVTQMAMTDTTPFGQQRVFKEKVDTRTPRPMPGTRKVMEITAEWLWRTLGRNKRPRLCTREEFTKKVRTNAAMGAVFTEENQWDSARAAVEDEEFWKLVDRERELHKLGKCGSCVYNMMGKREKKLGEFGKAKGSRAIWYMWLGARYLEFEALGFLNEDHWFSRENSYSGVEGEGLHKLGYILRDISKIPGGAMYADDTAGWDTRITEDDLHNEEKITQQMDPEHRQLANAIFKLTYQNKVVKVQRPTPKGTVMDIISRKDQRGSGQVGTYGLNTFTNMEAQLIRQMEGEGVLSKADLENPHPLEKKITQWLETKGVERLKRMAISGDDCVVKPIDDRFANALLALNDMGKVRKDIPQWQPSKGWHDWQQVPFCSHHFHELIMKDGRKLVVPCRPQDELIGRARISQGAGWSLRETACLGKAYAQMWALMYFHRRDLRLASNAICSAVPVHWVPTSRTTHQWMTTEDMLTVWNRVWIEDNPWMEDKTPVTTWEDVPYLGKREDQWCGSLIGLTSRATWAQNILTAIQQVRSLIGNEEFLDYMPSMKRFRKEEESEGAIWAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus type 3
通用名 common_name	DENV-3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	408870
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5ccvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5ccvB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5ccvC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5ccvD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5ccvE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5ccvF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5ccvG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5ccvH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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晶胞边长 a length_a	215.314 Å
晶胞边长 b length_b	215.314 Å
晶胞边长 c length_c	480.683 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	49.217 Å
R 因子 r_factor	0.2386
R_work r_work	0.2381
R_free r_free	0.2737

Crystal structure of full-length NS5 from dengue virus type 3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase NS5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ccv__assembly_2__model_1

5ccv__assembly_2__model_1 | I(q)

5ccv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of full-length NS5 from dengue virus type 3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase NS5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ccv__assembly_2__model_1

5ccv__assembly_2__model_1 | I(q)

5ccv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)