SAXSdb — 5csc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CITRATE SYNTHASE

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–433 链 B； UniProt 1–433	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5CSC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AL6 CHICKEN CITRATE SYNTHASE COMPLEX WITH N-HYDROXYAMIDO-COA AND OXALOACETATE 提交 1997-06-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–429（429 aa）	未记录	OAA OXALOACETATE ION × 2 HAX N-HYDROXYAMIDOCARBOXYMETHYLDETHIA COENZYME *A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；CRYSTALLIZED FROM 1.02M NA CITRATE, PH 6.0 5 MM OXALOACETATE, PH 6 2 MM N-HYDROXYAMIDOCARBOXYMETHYLDETHIA COENZYME A.	分辨率 1.85 Å
1AMZ CHICKEN CITRATE SYNTHASE COMPLEX WITH NITROMETHYLDE-COA AND MALATE 提交 1997-06-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–429（427 aa）	未记录	MLT D-MALATE × 2 NMX NITROMETHYLDETHIA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；CRYSTALLIZED FROM 1.01M NA MALATE, PH 6.0 2 MM NITROMETHYLDETHIA COENZYME A THE CELL ANGLE BETA IS DEFINED AS THE ACUTE ANGLE FOR CONSISTENCY WITH PREVIOUS PDB ENTRIES OF CITRATE SYNTHASE IN THIS SPACE GROUP	分辨率 1.80 Å
1CSC Structure of ternary complexes of citrate synthase with D-and L-malate: Mechanistic implications 提交 1990-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	CMC CARBOXYMETHYL COENZYME A × 2 LMR* (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
1CSH A very short hydrogen bond provides only moderate stabilization of an enzyme: inhibitor complex of citrate synthase 提交 1994-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–460（431 aa）	未记录	OAA OXALOACETATE ION × 2 AMX AMIDOCARBOXYMETHYLDETHIA COENZYME *A × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.65 Å
1CSI A very short hydrogen bond provides only moderate stabilization of an enzyme: inhibitor complex of citrate synthase 提交 1994-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–460（431 aa）	未记录	OAA OXALOACETATE ION × 2 CMX CARBOXYMETHYLDETHIA COENZYME *A × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
1CSR Alpha-fluoro acid and alpha-fluoro amide analogs of acetyl-coa as inhibitors of of citrate synthase: effect of pka matching on binding affinity and hydrogen bond length 提交 1995-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–460（431 aa）	未记录	OAA OXALOACETATE ION × 2 FAM ALPHA-FLUORO-AMIDOCARBOXYMETHYLDETHIA COENZYME A COMPLEX × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
1CSS ALPHA-FLUORO ACID AND ALPHA-FLUORO AMIDE ANALOGS OF ACETYL-COA AS INHIBITORS OF OF CITRATE SYNTHASE: EFFECT OF PKA MATCHING ON BINDING AFFINITY AND HYDROGEN BOND LENGTH 提交 1995-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–460（431 aa）	未记录	OAA OXALOACETATE ION × 2 FCX ALPHA-FLUORO-CARBOXYMETHYLDETHIA COENZYME A COMPLEX × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
2CSC Structure of ternary complexes of CITRATE SYNTHASE WITH D-AND L-MALATE: mechanistic implications 提交 1990-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	CMC CARBOXYMETHYL COENZYME A × 2 MLT* D-MALATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
3CSC STRUCTURE OF TERNARY COMPLEXES OF CITRATE SYNTHASE WITH D-AND L-MALATE: MECHANISTIC IMPLICATIONS 提交 1990-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	ACO ACETYL COENZYME A × 2 LMR* (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
4CSC STRUCTURE OF TERNARY COMPLEXES OF CITRATE SYNTHASE WITH D-AND L-MALATE: MECHANISTIC IMPLICATIONS 提交 1990-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	MLT D-MALATE × 2 ACO ACETYL COENZYME *A × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
5CTS PROPOSED MECHANISM FOR THE CONDENSATION REACTION OF CITRATE SYNTHASE. 1.9-ANGSTROMS STRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX WITH OXALOACETATE AND CARBOXYMETHYL COENZYME A 提交 1989-11-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	OAA OXALOACETATE ION × 2 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
6CSC CHICKEN CITRATE SYNTHASE COMPLEX WITH TRIFLUOROACETONYL-COA AND CITRATE 提交 1997-06-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–429（429 aa）链 B 1–429（429 aa）	未记录	COF TRIFLUOROACETONYL COENZYME A × 2 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；CRYSTALLIZED FROM 1.05M NA CITRATE, PH 6.0 2 MM TRIFLUOROACETONYL COENZYME A	分辨率 2.25 Å
6CTS PROPOSED MECHANISM FOR THE CONDENSATION REACTION OF CITRATE SYNTHASE. 1.9-ANGSTROMS STRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX WITH OXALOACETATE AND CARBOXYMETHYL COENZYME A 提交 1989-11-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	CIC CITRYL-THIOETHER-COENZYME *A × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CISY_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–433； UniProt 1–433 作者链 B； PDB构建体 1–429； UniProt 1–433

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5csc
沉积日期 deposition_date	1990-05-07
结构标题 title	STRUCTURE OF AN OPEN FORM OF CHICKEN HEART CITRATE SYNTHASE AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	OXO-ACID-LYASE; OXO-ACID-LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.59 Å
零角强度 I(0) i0	135873000.00
分子量 molecular_weight	93750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117970 Å³
包络体积 envelope_volume	141150 Å³
水化壳体积 shell_volume	41107 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.24 Å
包络 Rg envelope_rg	27.76 Å
形状 Rg shape_rg	27.60 Å
总 Rg total_rg	28.38 Å
总原子数 total_atoms	6606
残基数 n_residues	858
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	135900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8869
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.256
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.318
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.967

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CITRATE SYNTHASE
分子量 formula_weight	47322.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.3.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6606

ASSTNLKDVLAALIPKEQARIKTFRQQHGGTALGQITVDMSYGGMRGMKGLVYETSVLDPDEGIRFRGFSIPECQKLLPKGGXGGEPLPEGLFWLLVTGQIPTGAQVSWLSKEWAKRAALPSHVVTMLDNFPTNLHPMSQLSAAITALNSESNFARAYAEGILRTKYWEMVYESAMDLIAKLPCVAAKIYRNLYRAGSSIGAIDSKLDWSHNFTNMLGYTDAQFTELMRLYLTIHSDHEGGNVSAHTSHLVGSALSDPYLSFAAAMNGLAGPLHGLANQEVLGWLAQLQKAXXXAGADASLRDYIWNTLNSGRVVPGYGHAVLRKTDPRYTCQREFALKHLPGDPMFKLVAQLYKIVPNVLLEQGAAANPWPNVDAHSGVLLQYYGMTEMNYYTVLFGVSRALGVLAQLIWSRALGFPLERPKSMSTDGLIAL

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CITRATE SYNTHASE
分子量 formula_weight	46981.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ASSTNLKDVLAALIPKEQARIKTFRQQHGGTALGQITVDMSYGGMRGMKGLVYETSVLDPDEGIRFRGFSIPECQKLLPKGGGGEPLPEGLFWLLVTGQIPTGAQVSWLSKEWAKRAALPSHVVTMLDNFPTNLHPMSQLSAAITALNSESNFARAYAEGILRTKYWEMVYESAMDLIAKLPCVAAKIYRNLYRAGSSIGAIDSKLDWSHNFTNMLGYTDAQFTELMRLYLTIHSDHEGGNVSAHTSHLVGSALSDPYLSFAAAMNGLAGPLHGLANQEVLGWLAQLQKAAGADASLRDYIWNTLNSGRVVPGYGHAVLRKTDPRYTCQREFALKHLPGDPMFKLVAQLYKIVPNVLLEQGAAANPWPNVDAHSGVLLQYYGMTEMNYYTVLFGVSRALGVLAQLIWSRALGFPLERPKSMSTDGLIAL

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5csca_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.103 — Citrate synthase
超家族 Superfamily superfamily	a.103.1 — Citrate synthase
家族 Family family	a.103.1.1 — Citrate synthase

结构域编号 domain_id	d5cscb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.103 — Citrate synthase
超家族 Superfamily superfamily	a.103.1 — Citrate synthase
家族 Family family	a.103.1.1 — Citrate synthase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5cscA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	580 — Citrate Synthase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Citrate Synthase, domain 1

结构域编号 domain_id	5cscA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	230 — Cytochrome p450-Terp; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450-Terp, domain 2

结构域编号 domain_id	5cscB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	580 — Citrate Synthase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Citrate Synthase, domain 1

结构域编号 domain_id	5cscB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	230 — Cytochrome p450-Terp; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450-Terp, domain 2

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	58.850 Å
晶胞边长 b length_b	58.850 Å
晶胞边长 c length_c	259.220 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/cs/5csc/5csc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cs/5csc/5csc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cs/5csc/5csc.dat

STRUCTURE OF AN OPEN FORM OF CHICKEN HEART CITRATE SYNTHASE AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CITRATE SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)