SAXSdb — 5ctv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autolysin

Streptococcus pneumoniae serotype 4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	fragment of peptidoglycan × 2 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside ; × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ALYS_STRPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–182； UniProt 1–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ctv
沉积日期 deposition_date	2015-07-24
结构标题 title	Catalytic domain of LytA, the major autolysin of Streptococcus pneumoniae, (C60A, H133A, C136A mutant) complexed with peptidoglycan fragment
关键词 keywords	LytA, pneumococci, autolysis, amidase, peptidoglycan complex, antibiotics, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ctv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ctv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ctv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.13 Å
Rg（电子密度）	14.97 Å
总 Rg	16.08 Å
原子数	1488
残基数	179
排除体积	26042 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ctv__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Autolysin
分子量 formula_weight	21199.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.28
突变 mutation	C60A, H133A, C136A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1771

ASMEINVSKLRTDLPQVGVQPYRQVHAHSTGNPHSTVQNEADYHWRKDPELGFFSHIVGNGAIMQVGPVDNGAWDVGGGWNAETYAAVELIESHSTKEEFMTDYRLYIELLRNLADEAGLPKTLDTGSLAGIKTAEYATNNQPNNHSDHVDPYPYLAKWGISREQFKHDIENGLTIETGWQKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae serotype 4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	170187
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	fragment of peptidoglycan
分子量 formula_weight	489.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

AEKAA

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside ;
分子量 formula_weight	1003.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	248

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5ctvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidoglycan recognition protein-like

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晶胞边长 a length_a	44.566 Å
晶胞边长 b length_b	54.623 Å
晶胞边长 c length_c	78.877 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.050 Å
最低分辨率 resolution_low	44.910 Å
R 因子 r_factor	0.1348
R_work r_work	0.1338
R_free r_free	0.1527

Catalytic domain of LytA, the major autolysin of Streptococcus pneumoniae, (C60A, H133A, C136A mutant) complexed with peptidoglycan fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autolysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ctv__assembly_1__model_1

5ctv__assembly_1__model_1 | I(q)

5ctv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Catalytic domain of LytA, the major autolysin of Streptococcus pneumoniae, (C60A, H133A, C136A mutant) complexed with peptidoglycan fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autolysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ctv__assembly_1__model_1

5ctv__assembly_1__model_1 | I(q)

5ctv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)