SAXSdb — 5cyz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Casein kinase I homolog HRR25

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–394	突变：K38R, N-terminal Ala from tag 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Monopolin complex subunit MAM1 × 1 （P40065） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；0.1M CHES pH8.9, 5% Tacsimate, 25 mM YCl3, 19% PEG3350	分辨率 1.84 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5CYZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4XHL Structure of S. cerevisiae Hrr25 1-394 (K38R mutant) 提交 2015-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–394（394 aa）片段：UNP residues 1-394	突变：K38R	CKI N-(2-AMINOETHYL)-5-CHLOROISOQUINOLINE-8-SULFONAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 11；293 K；0.1 M CAPS pH 11, 0.2 M lithium sulfate, and 1.5-1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.01 Å R-free 0.285
5CZO Structure of S. cerevisiae Hrr25:Mam1 complex, form 2 提交 2015-07-31	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–394（394 aa）	突变：K38R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Imidazole pH 8.0, 14% PEG3350, 6% Glycerol	分辨率 2.89 Å R-free 0.253
5CZO Structure of S. cerevisiae Hrr25:Mam1 complex, form 2 提交 2015-07-31	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–394（394 aa）	突变：K38R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Imidazole pH 8.0, 14% PEG3350, 6% Glycerol	分辨率 2.89 Å R-free 0.253

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HRR25_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–395； UniProt 1–394

Monopolin complex subunit MAM1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P40065

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 87–191	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Casein kinase I homolog HRR25 × 1 （P29295） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；0.1M CHES pH8.9, 5% Tacsimate, 25 mM YCl3, 19% PEG3350	分辨率 1.84 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5CYZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5CZO Structure of S. cerevisiae Hrr25:Mam1 complex, form 2 提交 2015-07-31	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 87–191（105 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Imidazole pH 8.0, 14% PEG3350, 6% Glycerol	分辨率 2.89 Å R-free 0.253
5CZO Structure of S. cerevisiae Hrr25:Mam1 complex, form 2 提交 2015-07-31	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 87–191（105 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Imidazole pH 8.0, 14% PEG3350, 6% Glycerol	分辨率 2.89 Å R-free 0.253
5KTB Structure of a complex between S. cerevisiae Csm1 and Mam1 提交 2016-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 221–290（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 100 mM magnesium chloride, 6% PEG4000	分辨率 3.05 Å R-free 0.241

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MAM1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–105； UniProt 87–191

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5cyz
沉积日期 deposition_date	2015-07-31
结构标题 title	Structure of S. cerevisiae Hrr25:Mam1 complex, form 1
关键词 keywords	casein kinase, monopolin, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.23 Å
零角强度 I(0) i0	50201200.00
分子量 molecular_weight	56172.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70834 Å³
包络体积 envelope_volume	84439 Å³
水化壳体积 shell_volume	29332 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.17 Å
包络 Rg envelope_rg	23.51 Å
形状 Rg shape_rg	23.20 Å
总 Rg total_rg	24.27 Å
总原子数 total_atoms	3955
残基数 n_residues	452
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8294
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.146
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.549
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Casein kinase I homolog HRR25
分子量 formula_weight	46438.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	K38R, N-terminal Ala from tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4308

AMDLRVGRKFRIGRKIGSGSFGDIYHGTNLISGEEVAIRLESIRSRHPQLDYESRVYRYLSGGVGIPFIRWFGREGEYNAMVIDLLGPSLEDLFNYCHRRFSFKTVIMLALQMFCRIQYIHGRSFIHRDIKPDNFLMGVGRRGSTVHVIDFGLSKKYRDFNTHRHIPYRENKSLTGTARYASVNTHLGIEQSRRDDLESLGYVLIYFCKGSLPWQGLKATTKKQKYDRIMEKKLNVSVETLCSGLPLEFQEYMAYCKNLKFDEKPDYLFLARLFKDLSIKLEYHNDHLFDWTMLRYTKAMVEKQRDLLIEKGDLNANSNAASASNSTDNKSETFNKIKLLAMKKFPTHFHYYKNEDKHNPSPEEIKQQTILNNNAASSLPEELLNALDKGMENLR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Monopolin complex subunit MAM1
分子量 formula_weight	12903.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EATECLTRSNLKKLQEKIFDRELNDIACDHCLCSTENRRDIKYSRLWFLFELEMSENWNENLRLSCYNKYVYSAIDESWKMENILLKEQEKHYEYFPIGQLLIPN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	353

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.190 Å
晶胞边长 b length_b	83.986 Å
晶胞边长 c length_c	67.424 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.841 Å
最低分辨率 resolution_low	48.200 Å
R 因子 r_factor	0.1647
R_work r_work	0.1632
R_free r_free	0.1921

fit	/app/data/saxs_computation/cy/5cyz/5cyz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cy/5cyz/5cyz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cy/5cyz/5cyz.dat

Structure of S. cerevisiae Hrr25:Mam1 complex, form 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Casein kinase I homolog HRR25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Monopolin complex subunit MAM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)